seq1 = pF1KB5384.tfa, 618 bp
seq2 = pF1KB5384/gi568815578f_10175492.tfa (gi568815578f:10175492_10406194), 230703 bp

>pF1KB5384 618
>gi568815578f:10175492_10406194 (Chr20)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-114  (102194-102235)   100% ->
115-163  (109233-109281)   100% ->
164-281  (117670-117787)   100% ->
282-407  (121434-121559)   100% ->
408-552  (123777-123921)   100% ->
553-618  (130638-130703)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGAAGACGCAGACATGCGCAATGAGCTGGAGGAGATGCAGCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGAAGACGCAGACATGCGCAATGAGCTGGAGGAGATGCAGCGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTGACCAGTTGGCTGATGAG         TCGCTGGAAAGCACCCGTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 GGCTGACCAGTTGGCTGATGAGGTA...TAGTCGCTGGAAAGCACCCGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTATGCTGCAACTGGTTGAAGAG         AGTAAAGATGCTGGTATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102213 GTATGCTGCAACTGGTTGAAGAGGTA...TAGAGTAAAGATGCTGGTATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGGACTTTGGTTATGTTGGATGAACAAGGAG         AACAACTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109251 AGGACTTTGGTTATGTTGGATGAACAAGGAGGTA...CAGAACAACTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 ACGCATTGAGGAAGGGATGGACCAAATCAATAAGGACATGAAAGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117680 ACGCATTGAGGAAGGGATGGACCAAATCAATAAGGACATGAAAGAAGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAAAGAATTTGACGGACCTAGGAAAATTCTGCGGGCTTTGTGTGTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117730 AAAAGAATTTGACGGACCTAGGAAAATTCTGCGGGCTTTGTGTGTGTCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGTAACAA         GCTTAAATCAAGTGATGCTTACAAAAAAGCCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117780 TGTAACAAGTA...TAGGCTTAAATCAAGTGATGCTTACAAAAAAGCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGGCAATAATCAGGACGGAGTGGTGGCCAGCCAGCCTGCTCGTGTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121467 GGGCAATAATCAGGACGGAGTGGTGGCCAGCCAGCCTGCTCGTGTAGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACGAACGGGAGCAGATGGCCATCAGTGGCGGCTTCATCCGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 121517 ACGAACGGGAGCAGATGGCCATCAGTGGCGGCTTCATCCGCAGGTG...C

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    408   GGTAACAAATGATGCCCGAGAAAATGAAATGGATGAAAACCTAGAGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123775 AGGGTAACAAATGATGCCCGAGAAAATGAAATGGATGAAAACCTAGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGTGAGCGGCATCATCGGGAACCTCCGTCACATGGCCCTGGATATGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123825 GGTGAGCGGCATCATCGGGAACCTCCGTCACATGGCCCTGGATATGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGAGATCGATACACAGAATCGCCAGATCGACAGGATCATGGAGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 123875 ATGAGATCGATACACAGAATCGCCAGATCGACAGGATCATGGAGAAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553       GCTGATTCCAACAAAACCAGAATTGATGAGGCCAACCAACGTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123925 ...TAGGCTGATTCCAACAAAACCAGAATTGATGAGGCCAACCAACGTGC

    650     .    :    .    :
    597 AACAAAGATGCTGGGAAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||
 130682 AACAAAGATGCTGGGAAGTGGT