seq1 = pF1KB5378.tfa, 2217 bp
seq2 = pF1KB5378/gi568815597r_113795068.tfa (gi568815597r:113795068_114004717), 209650 bp

>pF1KB5378 2217
>gi568815597r:113795068_114004717 (Chr1)

(complement)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-338  (101856-102080)   100% ->
339-469  (102833-102963)   99% ->
470-617  (103335-103482)   100% ->
618-1114  (104318-104814)   100% ->
1115-1198  (105917-106000)   100% ->
1199-1302  (106775-106878)   100% ->
1303-1510  (108253-108460)   99% ->
1511-1792  (108680-108961)   100% ->
1793-2217  (109226-109650)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGTACCTTGGCTCCGAGGACGTGGTGAAGGAGCTGAAGAAGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGTACCTTGGCTCCGAGGACGTGGTGAAGGAGCTGAAGAAGGCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGCAATCCTCACATTCAAGCTGATAGGCTGCGCTACCGGAATGTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGCAATCCTCACATTCAAGCTGATAGGCTGCGCTACCGGAATGTCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCGAGTGATTAG         GTACATGACTCAAGGCTTGGACATGTCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCGAGTGATTAGGTA...CAGGTACATGACTCAAGGCTTGGACATGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGTTTTTATGGAAATGGTGAAGGCCAGTGCCACTGTAGATATTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101884 GGTGTTTTTATGGAAATGGTGAAGGCCAGTGCCACTGTAGATATTGTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGAAGTTGGTTTATCTGTACATGTGCACATATGCTCCCCTGAAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101934 GAAGAAGTTGGTTTATCTGTACATGTGCACATATGCTCCCCTGAAACCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCTGGCTCTCCTGGCCATCAATACGCTGTGCAAAGACTGCTCAGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101984 ATCTGGCTCTCCTGGCCATCAATACGCTGTGCAAAGACTGCTCAGACCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATCCAATGGTGCGAGGGCTGGCGTTACGGAGCATGTGTAGCCTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102034 AATCCAATGGTGCGAGGGCTGGCGTTACGGAGCATGTGTAGCCTCAGGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339       GATGCCTGGTGTGCAGGAGTATATACAACAGCCTATTCTCAATG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102084 ...TAGGATGCCTGGTGTGCAGGAGTATATACAACAGCCTATTCTCAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTCTGCGGGATAAGGCTTCCTATGTCAGGAGAGTGGCAGTCCTTGGATGT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 102877 GTCTGCGGGATAAGGCTTCATATGTCAGGAGAGTGGCAGTCCTTGGATGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCAAGATGCATAATCTTCATGGAGACTCTGAAGTAG         ATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102927 GCCAAGATGCATAATCTTCATGGAGACTCTGAAGTAGGTA...TAGATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCCCTGGTAAATGAATTATACAGTTTGCTGCGTGACCAGGATCCAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103339 TGCCCTGGTAAATGAATTATACAGTTTGCTGCGTGACCAGGATCCAATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGTTGTGAACTGCTTGAGGTCTCTAGAGGAAATTCTGAAACAGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103389 TAGTTGTGAACTGCTTGAGGTCTCTAGAGGAAATTCTGAAACAGGAAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCGTTGTCATCAATAAGCCCATTGCTCACCATCTCTTAAATCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103439 GGCGTTGTCATCAATAAGCCCATTGCTCACCATCTCTTAAATCGGTT...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    618    AATGTCAAAACTGGACCAATGGGGCCAGGCTGAAGTATTGAACTTTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104315 TAGAATGTCAAAACTGGACCAATGGGGCCAGGCTGAAGTATTGAACTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCTACGCTACCAACCCCGCAGTGAGGAAGAACTATTTGACATTCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104365 TGCTACGCTACCAACCCCGCAGTGAGGAAGAACTATTTGACATTCTCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTGTTGGATAGTTTCCTCAAGAGCAGTAGCCCAGGTGTGGTGATGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104415 CTGTTGGATAGTTTCCTCAAGAGCAGTAGCCCAGGTGTGGTGATGGGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TACCAAACTTTTTCTGATCTTGGCAAAAATGTTTCCCCACGTACAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104465 TACCAAACTTTTTCTGATCTTGGCAAAAATGTTTCCCCACGTACAAACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATGTCCTTGTGCGGGTCAAGGGACCTTTGCTAGCTGCCTGTTCTTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104515 ATGTCCTTGTGCGGGTCAAGGGACCTTTGCTAGCTGCCTGTTCTTCAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGCCGTGAGCTCTGTTTTGTTGCTCTTTGTCATGTACGCCAGATCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104565 AGCCGTGAGCTCTGTTTTGTTGCTCTTTGTCATGTACGCCAGATCTTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TAGTTTACCAGGTCACTTTAGCAGCCACTACAAAAAGTTTTTTTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104615 TAGTTTACCAGGTCACTTTAGCAGCCACTACAAAAAGTTTTTTTGCTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACTCGGAGCCCCACTACATCAAACTACAGAAAGTGGAGGTGCTGTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104665 ACTCGGAGCCCCACTACATCAAACTACAGAAAGTGGAGGTGCTGTGTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CTGGTGAACGATGAGAATGTGCAGCAGGTGCTAGAGGAGCTTCGAGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104715 CTGGTGAACGATGAGAATGTGCAGCAGGTGCTAGAGGAGCTTCGAGGGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CTGCACGGATGTGTCTGCGGACTTTGCACAGGCTGCCATCTTTGCCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104765 CTGCACGGATGTGTCTGCGGACTTTGCACAGGCTGCCATCTTTGCCATAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115          GTGGCATTGCCAGGACTTACACAGATCAATGTGTTCAGATT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104815 GTA...TAGGTGGCATTGCCAGGACTTACACAGATCAATGTGTTCAGATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TTAACAGAGTTGCTGGGTCTTCGACAAGAGCACATTACCACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105958 TTAACAGAGTTGCTGGGTCTTCGACAAGAGCACATTACCACAGGTA...T

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1199   TGGTGGTGCAGACTTTCCGAGACCTGGTTTGGTTGTGTCCTCAGTGTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106773 AGTGGTGGTGCAGACTTTCCGAGACCTGGTTTGGTTGTGTCCTCAGTGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTGAAGCTGTATGTCAGGCCCTGCCCGGCTGTGAAGAGAACATTCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106823 CTGAAGCTGTATGTCAGGCCCTGCCCGGCTGTGAAGAGAACATTCAAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AGTGAG         GGGAAGCAAGCACTTATTTGGCTACTTGGTGTCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106873 AGTGAGGTA...TAGGGGAAGCAAGCACTTATTTGGCTACTTGGTGTCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGGGGAAAGAATTCCTAATGCTCCTTATGTGTTAGAGGACTTTGTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108288 TGGGGAAAGAATTCCTAATGCTCCTTATGTGTTAGAGGACTTTGTTGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATGTGAAGTCGGAAACATTTCCAGCTGTTAAGATGGAGCTGCTCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108338 ATGTGAAGTCGGAAACATTTCCAGCTGTTAAGATGGAGCTGCTCACTGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TCGCTGCGCCTTTTCCTCTCCCGACCTGCTGAGTGCCAGGACATGCTAGG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108388 TTGCTGCGCCTTTTCCTCTCCCGACCTGCTGAGTGCCAGGACATGCTAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 ACGTTTGTTGTATTACTGCATAG         AGGAAGAAAAAGATATGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108438 ACGTTTGTTGTATTACTGCATAGGTG...CAGAGGAAGAAAAAGATATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CTGTACGGGACCGAGGTCTCTTCTATTATCGCCTCCTCTTAGTTGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108698 CTGTACGGGACCGAGGTCTCTTCTATTATCGCCTCCTCTTAGTTGGCATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GATGAAGTTAAGCGGATTCTGTGTAGCCCTAAATCTGACCCTACTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108748 GATGAAGTTAAGCGGATTCTGTGTAGCCCTAAATCTGACCCTACTCTTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 ACTTTTGGAGGATCCGGCAGAAAGACCTGTGAATAGCTGGGCCTCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108798 ACTTTTGGAGGATCCGGCAGAAAGACCTGTGAATAGCTGGGCCTCAGACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TCAACACACTGGTGCCAGTGTATGGCAAAGCCCACTGGGCAACTATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108848 TCAACACACTGGTGCCAGTGTATGGCAAAGCCCACTGGGCAACTATCTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 AAATGCCAGGGGGCAGAGCGTTGTGACCCAGAGCTTCCTAAAACTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108898 AAATGCCAGGGGGCAGAGCGTTGTGACCCAGAGCTTCCTAAAACTTCATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CTTTGCCGCATCAG         GACCCTTGATTCCTGAAGAGAACAAGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108948 CTTTGCCGCATCAGGTA...TAGGACCCTTGATTCCTGAAGAGAACAAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGAGGGTACAAGAACTCCCTGATTCTGGAGCCCTCATGCTAGTCCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109253 AGAGGGTACAAGAACTCCCTGATTCTGGAGCCCTCATGCTAGTCCCCAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 CGCCAGCTTACTGCTGATTATTTTGAGAAAACTTGGCTTAGCCTTAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109303 CGCCAGCTTACTGCTGATTATTTTGAGAAAACTTGGCTTAGCCTTAAAGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TGCTCATCAGCAAGTGTTGCCTTGGCGGGGAGAATTCCATCCTGACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109353 TGCTCATCAGCAAGTGTTGCCTTGGCGGGGAGAATTCCATCCTGACACCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TCCAGATGGCTCTTCAAGTAGTGAACATCCAGACCATCGCAATGAGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109403 TCCAGATGGCTCTTCAAGTAGTGAACATCCAGACCATCGCAATGAGTAGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GCTGGGTCTCGGCCATGGAAAGCATACCTCAGTGCTCAGGATGATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109453 GCTGGGTCTCGGCCATGGAAAGCATACCTCAGTGCTCAGGATGATACTGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CTGTCTGTTCTTAACAGAACTGCTATTGGAGCCTGGAAACTCAGAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109503 CTGTCTGTTCTTAACAGAACTGCTATTGGAGCCTGGAAACTCAGAAATGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 AGATCTCTGTGAAACAAAATGAAGCAAGAACGGAGACGCTGAATAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109553 AGATCTCTGTGAAACAAAATGAAGCAAGAACGGAGACGCTGAATAGTTTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2170 ATTTCTGTATTAGAAACTGTGATTGGAACAATTGAAGAAATAAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109603 ATTTCTGTATTAGAAACTGTGATTGGAACAATTGAAGAAATAAAATCA