seq1 = pF1KB5375.tfa, 675 bp
seq2 = pF1KB5375/gi568815597r_109637074.tfa (gi568815597r:109637074_109840287), 203214 bp

>pF1KB5375 675
>gi568815597r:109637074_109840287 (Chr1)

(complement)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-124  (100380-100455)   100% ->
125-189  (100795-100859)   100% ->
190-271  (101922-102003)   100% ->
272-372  (102097-102197)   100% ->
373-468  (102537-102632)   100% ->
469-579  (102721-102831)   99% ->
580-675  (103119-103214)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTGCGAGTCGTCTATGGTTCTCGGGTACTGGGATATTCGTGGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGTCGTGCGAGTCGTCTATGGTTCTCGGGTACTGGGATATTCGTGGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        CTGGCGCACGCCATCCGCCTGCTCCTGGAGTTCACGGATACCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 G...CAGCTGGCGCACGCCATCCGCCTGCTCCTGGAGTTCACGGATACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTATGAGGAGAAACGGTACACGTGCGGGGAAG         CTCCTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100423 CTTATGAGGAGAAACGGTACACGTGCGGGGAAGGTA...CAGCTCCTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TATGATCGAAGCCAATGGCTGGATGTGAAATTCAAGCTAGACCTGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100803 TATGATCGAAGCCAATGGCTGGATGTGAAATTCAAGCTAGACCTGGACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCCTAAT         CTGCCCTACCTCCTGGATGGGAAGAACAAGATCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100853 TCCTAATGTA...CAGCTGCCCTACCTCCTGGATGGGAAGAACAAGATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCCAGAGCAATGCCATCTTGCGCTACATCGCTCGCAAGCACAACATGT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101956 CCCAGAGCAATGCCATCTTGCGCTACATCGCTCGCAAGCACAACATGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    272        GTGGTGAGACTGAAGAAGAAAAGATTCGAGTGGACATCATAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102006 G...CAGGTGGTGAGACTGAAGAAGAAAAGATTCGAGTGGACATCATAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GAACCAAGTAATGGATTTCCGCACACAACTGATAAGGCTCTGTTACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102140 GAACCAAGTAATGGATTTCCGCACACAACTGATAAGGCTCTGTTACAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGACCAC         GAAAAACTGAAGCCTCAGTACTTGGAAGAGCTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102190 CTGACCACGTG...CAGGAAAAACTGAAGCCTCAGTACTTGGAAGAGCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCTGGACAACTGAAACAATTCTCCATGTTTCTGGGGAAATTCTCATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102570 CCTGGACAACTGAAACAATTCTCCATGTTTCTGGGGAAATTCTCATGGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGCCGGGGAAAAG         CTCACCTTTGTGGATTTTCTCACCTATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102620 TGCCGGGGAAAAGGTA...TAGCTCACCTTTGTGGATTTTCTCACCTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATATCTTGGATCAGAACCGTATATTTGACCCCAAGTGCCTGGATGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102749 ATATCTTGGATCAGAACCGTATATTTGACCCCAAGTGCCTGGATGAGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCAAACCTGAAGGCTTTCATGTGCCGTTTTGAG         GCTTTGGA
         ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102799 CCAAACCTGAAGGCTTTCATGTGCCGTTTTGAGGTG...CAGGCTTTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GAAAATCGCTGCCTACTTACAGTCTGATCAGTTCTGCAAGATGCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103127 GAAAATCGCTGCCTACTTACAGTCTGATCAGTTCTGCAAGATGCCCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .
    638 ACAACAAGATGGCCCAGTGGGGCAACAAGCCTGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103177 ACAACAAGATGGCCCAGTGGGGCAACAAGCCTGTATGC