seq1 = pF1KB5370.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KB5370/gi568815597r_202862530.tfa (gi568815597r:202862530_203066899), 204370 bp

>pF1KB5370 915
>gi568815597r:202862530_203066899 (Chr1)

(complement)

1-15  (99695-99709)   100% ->
16-165  (100002-100151)   100% ->
166-238  (100300-100372)   100% ->
239-345  (100907-101013)   100% ->
346-475  (101400-101529)   100% ->
476-559  (102205-102288)   100% ->
560-645  (103173-103258)   100% ->
646-745  (103735-103834)   100% ->
746-915  (104201-104370)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGATCCAGACG         AGCCCCGTCCTGCTGGCCTCCCTGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
  99695 ATGGGGATCCAGACGGTA...CAGAGCCCCGTCCTGCTGGCCTCCCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTGGGGCTGGTCACTCTGCTCGGCCTGGCTGTGGGCTCCTACTTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 GGTGGGGCTGGTCACTCTGCTCGGCCTGGCTGTGGGCTCCTACTTGGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAGGTCCCGCCGGCCTCAGGTCACTCTCCTGGACCCCAATGAAAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 GGAGGTCCCGCCGGCCTCAGGTCACTCTCCTGGACCCCAATGAAAAGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCTACGACTGCTAGACAAGACG         ACTGTGAGCCACAACAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100128 CTGCTACGACTGCTAGACAAGACGGTA...CAGACTGTGAGCCACAACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGAGGTTCCGCTTTGCCCTGCCCACCGCCCACCACACTCTGGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100317 CAAGAGGTTCCGCTTTGCCCTGCCCACCGCCCACCACACTCTGGGGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGTGG         GCAAACATATCTACCTCTCCACCCGAATTGATGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100367 CTGTGGGTA...CAGGCAAACATATCTACCTCTCCACCCGAATTGATGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGCCTGGTCATCAGGCCATACACTCCTGTCACCAGTGATGAGGATCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100942 AGCCTGGTCATCAGGCCATACACTCCTGTCACCAGTGATGAGGATCAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTATGTGGATCTTGTCATCAAG         GTCTACCTGAAGGGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100992 CTATGTGGATCTTGTCATCAAGGTA...AAGGTCTACCTGAAGGGTGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACCCCAAATTTCCTGAGGGAGGGAAGATGTCTCAGTACCTGGATAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101419 ACCCCAAATTTCCTGAGGGAGGGAAGATGTCTCAGTACCTGGATAGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGGTTGGGGATGTGGTGGAGTTTCGGGGGCCAAGCGGGTTGCTCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101469 AAGGTTGGGGATGTGGTGGAGTTTCGGGGGCCAAGCGGGTTGCTCACTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACTGGAAAAG         GGCATTTTAACATTCAGCCCAACAAGAAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101519 CACTGGAAAAGGTA...CAGGGCATTTTAACATTCAGCCCAACAAGAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTCCACCAGAACCCCGAGTGGCGAAGAAACTGGGAATGATTGCCGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102235 CTCCACCAGAACCCCGAGTGGCGAAGAAACTGGGAATGATTGCCGGCGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACAG         GAATCACCCCAATGCTACAGCTGATCCGGGCCATCCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102285 ACAGGTG...CAGGAATCACCCCAATGCTACAGCTGATCCGGGCCATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAAAGTCCCTGAAGATCCAACCCAGTGCTTTCTGCTTTTTGCCAACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103210 GAAAGTCCCTGAAGATCCAACCCAGTGCTTTCTGCTTTTTGCCAACCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646         ACAGAAAAGGATATCATCTTGCGGGAGGACTTAGAGGAACTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103260 TT...CAGACAGAAAAGGATATCATCTTGCGGGAGGACTTAGAGGAACTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CAGGCCCGCTATCCCAATCGCTTTAAGCTCTGGTTCACTCTGGATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103777 CAGGCCCGCTATCCCAATCGCTTTAAGCTCTGGTTCACTCTGGATCATCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCCAAAAG         ATTGGGCCTACAGCAAGGGCTTTGTGACTGCCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103827 CCCAAAAGGTA...CAGATTGGGCCTACAGCAAGGGCTTTGTGACTGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACATGATCCGGGAACACCTGCCCGCTCCAGGGGATGATGTGCTGGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104234 ACATGATCCGGGAACACCTGCCCGCTCCAGGGGATGATGTGCTGGTACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTTTGTGGGCCACCCCCAATGGTGCAGCTGGCCTGCCATCCCAACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104284 CTTTGTGGGCCACCCCCAATGGTGCAGCTGGCCTGCCATCCCAACTTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .
    879 CAAACTGGGCTACTCACAAAAGATGCGATTCACCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104334 CAAACTGGGCTACTCACAAAAGATGCGATTCACCTAC