seq1 = pF1KB5361.tfa, 1287 bp
seq2 = pF1KB5361/gi568815597f_40274121.tfa (gi568815597f:40274121_40522098), 247978 bp

>pF1KB5361 1287
>gi568815597f:40274121_40522098 (Chr1)

1-103  (100001-100103)   100% ->
104-237  (132616-132749)   100% ->
238-323  (134533-134618)   100% ->
324-402  (135637-135715)   100% ->
403-489  (138896-138982)   100% ->
490-571  (140039-140120)   100% ->
572-681  (141152-141261)   99% ->
682-847  (142056-142221)   100% ->
848-1164  (142660-142976)   100% ->
1165-1287  (147856-147978)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGGCAAGTCGGTGAAGGACGTGGATCGGTACCAGGCTGTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAGGCAAGTCGGTGAAGGACGTGGATCGGTACCAGGCTGTCCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACCTGCTGCTGGAGGAGGATAACAAGTTTTGTGCAGATTGCCAGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACCTGCTGCTGGAGGAGGATAACAAGTTTTGTGCAGATTGCCAGTCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAG         GGCCGCGATGGGCCTCTTGGAACATTGGTGTGTTCATC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGGTA...CAGGGCCGCGATGGGCCTCTTGGAACATTGGTGTGTTCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCATTCGATGTGCTGGAATCCACAGGAATCTGGGGGTGCACATATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132654 TGCATTCGATGTGCTGGAATCCACAGGAATCTGGGGGTGCACATATCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTAAAGTCAGTTAACCTCGACCAGTGGACTCAAGAACAGATTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 132704 GGTAAAGTCAGTTAACCTCGACCAGTGGACTCAAGAACAGATTCAGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      TGCATGCAAGAGATGGGAAATGGAAAGGCAAACCGACTTTATGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132754 ..CAGTGCATGCAAGAGATGGGAAATGGAAAGGCAAACCGACTTTATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCTATCTTCCTGAGACCTTTCGGCGACCTCAGATAGACCC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 134578 GCCTATCTTCCTGAGACCTTTCGGCGACCTCAGATAGACCCGTA...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCTGTTGAAGGATTTATTCGAGACAAATATGAGAAGAAGAAATACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135637 AGCTGTTGAAGGATTTATTCGAGACAAATATGAGAAGAAGAAATACATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCGAAGTCTGGACATCAATGCCTTTAGG         AAAGAAAAAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 135687 ACCGAAGTCTGGACATCAATGCCTTTAGGGTT...TAGAAAGAAAAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACAAGTGGAAAAGAGGGAGCGAACCAGTTCCAGAAAAAAAATTGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138908 GACAAGTGGAAAAGAGGGAGCGAACCAGTTCCAGAAAAAAAATTGGAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTTGTTTTTGAGAAGGTGAAAATG         CCACAGAAAAAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 138958 TGTTGTTTTTGAGAAGGTGAAAATGGTA...TAGCCACAGAAAAAAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACCCACAGCTACCTCGGAAAAGCTCCCCGAAATCCACAGCGCCTGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140055 ACCCACAGCTACCTCGGAAAAGCTCCCCGAAATCCACAGCGCCTGTCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATTTGTTGGGCCTTG         ATGCTCCTGTGGCCTGCTCCATTGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 140105 GATTTGTTGGGCCTTGGTA...TAGATGCTCCTGTGGCCTGCTCCATTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAATAGTAAGACCAGCAATACCCTAGAGAAGGATTTAGATCTGTTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141177 AAATAGTAAGACCAGCAATACCCTAGAGAAGGATTTAGATCTGTTGGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGTTCCATCCCCTTCTTCTTCGGGTTCCAGAAAG         GTTGTA
        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>||||||
 141227 CTGTTCCATCCCCTTCTTCTTCCGGTTCCAGAAAGGTG...AAGGTTGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGTTCCATGCCAACTGCAGGGAGTGCCGGCTCTGTTCCTGAAAATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142062 GGTTCCATGCCAACTGCAGGGAGTGCCGGCTCTGTTCCTGAAAATCTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCTGTTTCCGGAGCCAGGGAGCAAATCAGAAGAAATAGGCAAGAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142112 CCTGTTTCCGGAGCCAGGGAGCAAATCAGAAGAAATAGGCAAGAAACAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCTCTAAAGACTCCATTCTTTCACTGTATGGATCCCAGACGCCTCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142162 TCTCTAAAGACTCCATTCTTTCACTGTATGGATCCCAGACGCCTCAAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCTACTCAAG         CAATGTTCATGGCTCCCGCTCAGATGGCATA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 142212 CCTACTCAAGGTA...CAGCAATGTTCATGGCTCCCGCTCAGATGGCATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCCCACAGCCTACCCCAGCTTCCCCGGGGTTACACCTCCTAACAGCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142691 TCCCACAGCCTACCCCAGCTTCCCCGGGGTTACACCTCCTAACAGCATAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGGGAGCATGATGCCTCCACCAGTAGGCATGGTTGCTCAGCCAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142741 TGGGGAGCATGATGCCTCCACCAGTAGGCATGGTTGCTCAGCCAGGAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCTGGGATGGTTGCCCCCATGGCCATGCCTGCAGGCTATATGGGTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142791 TCTGGGATGGTTGCCCCCATGGCCATGCCTGCAGGCTATATGGGTGGCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCAGGCATCAATGATGGGTGTGCCGAATGGAATGATGACCACCCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142841 GCAGGCATCAATGATGGGTGTGCCGAATGGAATGATGACCACCCAGCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGGCTACATGGCAGGCATGGCAGCTATGCCCCAGACTGTGTATGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142891 CTGGCTACATGGCAGGCATGGCAGCTATGCCCCAGACTGTGTATGGGGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGCCAGCTCAGCAGCTGCAATGGAACCTTACTCAG         ATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 142941 CAGCCAGCTCAGCAGCTGCAATGGAACCTTACTCAGGTA...CAGATGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCAGCAGATGGCTGGGATGAACTTCTATGGAGCCAATGGCATGATGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147861 CCAGCAGATGGCTGGGATGAACTTCTATGGAGCCAATGGCATGATGAACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATGGACAGTCAATGAGTGGCGGAAATGGACAGGCAGCAAATCAGACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147911 ATGGACAGTCAATGAGTGGCGGAAATGGACAGGCAGCAAATCAGACTCTC

   1350     .    :    .
   1270 AGTCCTCAGATGTGGAAA
        ||||||||||||||||||
 147961 AGTCCTCAGATGTGGAAA