seq1 = pF1KB5360.tfa, 1104 bp
seq2 = pF1KB5360/gi568815578f_57254039.tfa (gi568815578f:57254039_57478096), 224058 bp

>pF1KB5360 1104
>gi568815578f:57254039_57478096 (Chr20)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-195  (100674-100778)   100% ->
196-288  (102408-102500)   100% ->
289-375  (111318-111404)   100% ->
376-462  (112769-112855)   100% ->
463-534  (112970-113041)   100% ->
535-642  (114667-114774)   100% ->
643-749  (119437-119543)   100% ->
750-825  (119625-119700)   100% ->
826-1020  (120569-120763)   100% ->
1021-1104  (123975-124058)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCTGTTTGGAACAACCTCAGGTTTTGGAACCAGTGGGACCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCTGTTTGGAACAACCTCAGGTTTTGGAACCAGTGGGACCAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTGGCAGTGCAACTACAGACAATCACAATCCCATGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 GTTTGGCAGTGCAACTACAGACAATCACAATCCCATGAAGGTA...CAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATATTGAAGTAACATCATCTCCTGATGATAGCATTGGTTGTCTGTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100675 ATATTGAAGTAACATCATCTCCTGATGATAGCATTGGTTGTCTGTCTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCCACCAACCTTGCCGGGGAACTTTCTTATTGCAGGATCATGGGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100725 AGCCCACCAACCTTGCCGGGGAACTTTCTTATTGCAGGATCATGGGCTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAT         GTTCGCTGCTGGGAAGTTCAAGACAGTGGACAGACCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100775 TGATGTA...CAGGTTCGCTGCTGGGAAGTTCAAGACAGTGGACAGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCCAAAAGCCCAGCAGATGCACACTGGGCCTGTGCTTGATGTCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102445 TTCCAAAAGCCCAGCAGATGCACACTGGGCCTGTGCTTGATGTCTGCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTGAC         GATGGGAGCAAAGTGTTTACGGCATCGTGTGATAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102495 AGTGACGTA...TAGGATGGGAGCAAAGTGTTTACGGCATCGTGTGATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AACTGCCAAAATGTGGGACCTCAGCAGTAACCAAGCGATACAGATCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111353 AACTGCCAAAATGTGGGACCTCAGCAGTAACCAAGCGATACAGATCGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AG         CATGATGCTCCTGTTAAAACCATCCATTGGATCAAAGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111403 AGGTA...AAGCATGATGCTCCTGTTAAAACCATCCATTGGATCAAAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCAAACTACAGCTGTGTGATGACTGGGAGCTGGGATAAGACTTTAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112808 CCAAACTACAGCTGTGTGATGACTGGGAGCTGGGATAAGACTTTAAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        TTTTGGGATACTCGATCGTCAAATCCTATGATGGTTTTGCAAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112858 A...TAGTTTTGGGATACTCGATCGTCAAATCCTATGATGGTTTTGCAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCCCTGAAAGGTGTTACTGTGCTGACGTG         ATATACCCCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113013 TCCCTGAAAGGTGTTACTGTGCTGACGTGGTA...TAGATATACCCCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCTGTGGTGGCAACTGCAGAGAGGGGCCTGATTGTCTATCAGCTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114679 GCTGTGGTGGCAACTGCAGAGAGGGGCCTGATTGTCTATCAGCTAGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TCAACCTTCTGAATTCAGGAGGATAGAATCTCCACTGAAACATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 114729 TCAACCTTCTGAATTCAGGAGGATAGAATCTCCACTGAAACATCAGGTG.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643      CATCGGTGTGTGGCTATTTTTAAAGACAAACAGAACAAGCCTACT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114779 ..TAGCATCGGTGTGTGGCTATTTTTAAAGACAAACAGAACAAGCCTACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGTTTTGCCCTGGGAAGTATCGAGGGGAGAGTTGCTATTCACTATATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119482 GGTTTTGCCCTGGGAAGTATCGAGGGGAGAGTTGCTATTCACTATATCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCCCCCGAACCC         CGCCAAAGATAACTTCACCTTTAAATGTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119532 CCCCCCGAACCCGTA...CAGCGCCAAAGATAACTTCACCTTTAAATGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATCGATCTAATGGAACCAACACTTCAGCTCCTCAGGACATTTATGCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 119654 ATCGATCTAATGGAACCAACACTTCAGCTCCTCAGGACATTTATGCGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    826       GTAAATGGAATCGCGTTCCATCCTGTTCATGGCACCCTTGCAAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119704 ...CAGGTAAATGGAATCGCGTTCCATCCTGTTCATGGCACCCTTGCAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGTGGGATCTGATGGTAGATTCAGCTTCTGGGACAAAGATGCCAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120613 TGTGGGATCTGATGGTAGATTCAGCTTCTGGGACAAAGATGCCAGAACAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AACTAAAAACTTCGGAACAGTTAGATCAGCCCATCTCAGCTTGCTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120663 AACTAAAAACTTCGGAACAGTTAGATCAGCCCATCTCAGCTTGCTGTTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AATCACAATGGAAACATATTTGCATACGCTTCCAGCTACGACTGGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120713 AATCACAATGGAAACATATTTGCATACGCTTCCAGCTACGACTGGTCAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 G         GGACATGAATTTTATAATCCCCAGAAAAAAAATTACATTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120763 GGTG...TAGGGACATGAATTTTATAATCCCCAGAAAAAAAATTACATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCCTGCGTAATGCAGCCGAAGAGCTAAAGCCCAGGAATAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124015 TCCTGCGTAATGCAGCCGAAGAGCTAAAGCCCAGGAATAAGAAG