seq1 = pF1KB5356.tfa, 1344 bp
seq2 = pF1KB5356/gi568815597f_226781908.tfa (gi568815597f:226781908_226995576), 213669 bp

>pF1KB5356 1344
>gi568815597f:226781908_226995576 (Chr1)

1-141  (100001-100141)   98% ->
142-356  (101798-102012)   99% ->
357-498  (103631-103772)   100% ->
499-566  (106184-106251)   100% ->
567-787  (106922-107142)   100% ->
788-886  (108128-108226)   100% ->
887-970  (109371-109454)   100% ->
971-1072  (109836-109937)   100% ->
1073-1191  (112100-112218)   100% ->
1192-1344  (113517-113669)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCACATTCATGGCCTCTGACAGCGAGGAAGAAGTGTGTGATGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCACATTCATGGCCTCTGACAGCGAGGAAGAAGTGTGTGATGAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACGTCCCTAATGTCGGCCGAGAGCCCCACGCCGCGCTCCTGCCAGGAGG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACGTCCCTAATGTCGGCTGAGAGCCCCACGCCGCGCTCCTGCCAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGGCAGGGCCCAGAGGATGGAGAGAATACTGCCCAGTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>
 100101 GCAGGCAGGGCCCAGAGGATGGAGAGAACACTGCCCAGTGGGTA...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAAGCCAGGAGAACGAGGAGGACGGTGAGGAGGACCCTGACCGCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101798 AGAAGCCAGGAGAACGAGGAGGACGGTGAGGAGGACCCTGACCGCTATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGTAGTGGGGTTCCCGGGCGGCCGCCAGGCCTGGAGGAAGAGCTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101848 CTGTAGTGGGGTTCCCGGGCGGCCGCCAGGCCTGGAGGAAGAGCTGACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAAATACGGAGCGAAGCATGTGATCATGCTGTTTGTGCCTGTCACTCTG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 101898 TCAAATACGGAGCGAAGCACGTGATCATGCTGTTTGTGCCTGTCACTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCATGATCGTGGTGGTAGCCACCATCAAGTCTGTGCGCTTCTACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101948 TGCATGATCGTGGTGGTAGCCACCATCAAGTCTGTGCGCTTCTACACAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAGAATGGACAGCT         CATCTACACGCCATTCACTGAGGACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101998 GAAGAATGGACAGCTGTG...CAGCATCTACACGCCATTCACTGAGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACCCTCGGTGGGCCAGCGCCTCCTCAACTCCGTGCTGAACACCCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103657 CACCCTCGGTGGGCCAGCGCCTCCTCAACTCCGTGCTGAACACCCTCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGATCAGCGTCATCGTGGTTATGACCATCTTCTTGGTGGTGCTCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103707 ATGATCAGCGTCATCGTGGTTATGACCATCTTCTTGGTGGTGCTCTACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTACCGCTGCTACAAG         TTCATCCATGGCTGGTTGATCATGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103757 GTACCGCTGCTACAAGGTG...TAGTTCATCCATGGCTGGTTGATCATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTTCACTGATGCTGCTGTTCCTCTTCACCTATATCTACCTTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106209 CTTCACTGATGCTGCTGTTCCTCTTCACCTATATCTACCTTGGGTA...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    567   GGAAGTGCTCAAGACCTACAATGTGGCCATGGACTACCCCACCCTCTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106920 AGGGAAGTGCTCAAGACCTACAATGTGGCCATGGACTACCCCACCCTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGACTGTCTGGAACTTCGGGGCAGTGGGCATGGTGTGCATCCACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106970 GCTGACTGTCTGGAACTTCGGGGCAGTGGGCATGGTGTGCATCCACTGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGGCCCTCTGGTGCTGCAGCAGGCCTACCTCATCATGATCAGTGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107020 AGGGCCCTCTGGTGCTGCAGCAGGCCTACCTCATCATGATCAGTGCGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATGGCCCTAGTGTTCATCAAGTACCTCCCAGAGTGGTCCGCGTGGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107070 ATGGCCCTAGTGTTCATCAAGTACCTCCCAGAGTGGTCCGCGTGGGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTGGGCGCCATCTCTGTGTATG         ATCTCGTGGCTGTGCTGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107120 CCTGGGCGCCATCTCTGTGTATGGTA...TAGATCTCGTGGCTGTGCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTCCCAAAGGGCCTCTGAGAATGCTGGTAGAAACTGCCCAGGAGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108146 GTCCCAAAGGGCCTCTGAGAATGCTGGTAGAAACTGCCCAGGAGAGAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGCCCATATTCCCTGCCCTGATATACTCAT         CTGCCATGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108196 GAGCCCATATTCCCTGCCCTGATATACTCATGTG...CAGCTGCCATGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GTGGACGGTTGGCATGGCGAAGCTGGACCCCTCCTCTCAGGGTGCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109381 GTGGACGGTTGGCATGGCGAAGCTGGACCCCTCCTCTCAGGGTGCCCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCTCCCCTACGACCCGGAGATGG         AAGAAGACTCCTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109431 AGCTCCCCTACGACCCGGAGATGGGTG...CAGAAGAAGACTCCTATGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGTTTTGGGGAGCCTTCATACCCCGAAGTCTTTGAGCCTCCCTTGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109853 AGTTTTGGGGAGCCTTCATACCCCGAAGTCTTTGAGCCTCCCTTGACTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTACCCAGGGGAGGAGCTGGAGGAAGAGGAGGAAA         GGGGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109903 CTACCCAGGGGAGGAGCTGGAGGAAGAGGAGGAAAGTA...CAGGGGGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGAAGCTTGGCCTCGGGGACTTCATCTTCTACAGTGTGCTGGTGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112106 TGAAGCTTGGCCTCGGGGACTTCATCTTCTACAGTGTGCTGGTGGGCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCGGCTGCCACGGGCAGCGGGGACTGGAATACCACGCTGGCCTGCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112156 GCGGCTGCCACGGGCAGCGGGGACTGGAATACCACGCTGGCCTGCTTCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGCCATCCTCATT         GGCTTGTGTCTGACCCTCCTGCTGCTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 112206 GGCCATCCTCATTGTG...CAGGGCTTGTGTCTGACCCTCCTGCTGCTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTGTGTTCAAGAAGGCGCTGCCCGCCCTCCCCATCTCCATCACGTTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113545 CTGTGTTCAAGAAGGCGCTGCCCGCCCTCCCCATCTCCATCACGTTCGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTCATCTTTTACTTCTCCACGGACAACCTGGTGCGGCCGTTCATGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113595 CTCATCTTTTACTTCTCCACGGACAACCTGGTGCGGCCGTTCATGGACAC

   1400     .    :    .    :    .
   1320 CCTGGCCTCCCATCAGCTCTACATC
        |||||||||||||||||||||||||
 113645 CCTGGCCTCCCATCAGCTCTACATC