seq1 = pF1KB5349.tfa, 1128 bp
seq2 = pF1KB5349/gi568815587f_137050.tfa (gi568815587f:137050_352597), 215548 bp

>pF1KB5349 1128
>gi568815587f:137050_352597 (Chr11)

1-95  (100001-100095)   98% ->
96-174  (101949-102027)   100% ->
175-209  (106992-107026)   100% ->
210-265  (107112-107167)   94% ->
266-309  (107377-107420)   100% ->
310-396  (107626-107712)   100% ->
397-568  (110228-110399)   100% ->
569-648  (111727-111806)   100% ->
649-774  (111883-112008)   100% ->
775-837  (113754-113816)   100% ->
838-918  (114497-114577)   100% ->
919-1035  (114771-114887)   100% ->
1036-1128  (115456-115548)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGACGTACCGGGCTTCCTACAGCAGAGCCAGAGCTCCGGGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100001 ATGAAGGACGTACCGGGCTTCCTACAGCAGAGCCAGAACTCCGGGCCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCCCGCTGTGTGGCACCGTCTGGAGGAGCTCTACACGAAGAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 GCAGCCCGCTGTGTGGCACCGTCTGGAGGAGCTCTACACGAAGAAGTG..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     GTTGTGGCATCAGCTGACACTTCAGGTGCTTGATTTTGTGCAGGAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGGTTGTGGCATCAGCTGACACTTCAGGTGCTTGATTTTGTGCAGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCGTGCTTTGCCCAAGGAGATGGTCTCATTAAG         CTTTATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101995 CCGTGCTTTGCCCAAGGAGATGGTCTCATTAAGGTA...CAGCTTTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAACTTTATCAGTGAATTTGAACACAG         GGTGAATCCTCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| ||| |||
 107000 AAACTTTATCAGTGAATTTGAACACAGGTA...CAGGGTGAACCCTTTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCCTCGTGGAAATCATTCTTCACGTAGTTAGACAGATGACTG        
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||>>>...>>
 107126 CCCTCGTGGAAATCATTCTTCATGTAGTTAGACAGATGACTGGTA...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    266  ATCCTAATGTGGCTCTTACTTTTCTGGAAAAGACTCGTGAGAAG     
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107376 GATCCTAATGTGGCTCTTACTTTTCTGGAAAAGACTCGTGAGAAGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    310     GTGAAAAGTAGTGATGAGGCAGTGATCCTGTGTAAAACAGCAATTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107426 .TAGGTGAAAAGTAGTGATGAGGCAGTGATCCTGTGTAAAACAGCAATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GAGCTCTAAAATTAAACATCGGGGACCTACAGGTTACAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107672 GAGCTCTAAAATTAAACATCGGGGACCTACAGGTTACAAAGGTG...TAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 GAAACAATTGAAGATGTTGAAGAAATGCTCAACAACCTTCCTGGTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110228 GAAACAATTGAAGATGTTGAAGAAATGCTCAACAACCTTCCTGGTGTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 ATCGGTTCACAGTCGTTTCTATGATCTCTCCAGTAAATACTATCAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110278 ATCGGTTCACAGTCGTTTCTATGATCTCTCCAGTAAATACTATCAAACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCGGAAACCACGCGTCCTACTACAAAGATGCTCTGCGGTTTTTGGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110328 TCGGAAACCACGCGTCCTACTACAAAGATGCTCTGCGGTTTTTGGGCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTTGACATCAAGGATCTACCAG         TGTCTGAGCAGCAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 110378 GTTGACATCAAGGATCTACCAGGTA...TAGTGTCTGAGCAGCAGGAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGCCTTCACGCTGGGGCTAGCAGGACTTCTCGGCGAGGGAGTTTTTAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111746 AGCCTTCACGCTGGGGCTAGCAGGACTTCTCGGCGAGGGAGTTTTTAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTGGAGAACTC         CTCATGCACCCTGTGCTGGAGTCCCTGAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111796 TTGGAGAACTCGTA...CAGCTCATGCACCCTGTGCTGGAGTCCCTGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AATACTGACCGGCAGTGGCTGATTGACACCCTCTATGCCTTCAACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111913 AATACTGACCGGCAGTGGCTGATTGACACCCTCTATGCCTTCAACAGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CAACGTAGAGCGGTTCCAGACTCTGAAGACTGCCTGGGGCCAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111963 CAACGTAGAGCGGTTCCAGACTCTGAAGACTGCCTGGGGCCAGCAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    775      CCTGATTTAGCAGCTAATGAAGCCCAGCTTCTGAGGAAAATTCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112013 ..CAGCCTGATTTAGCAGCTAATGAAGCCCAGCTTCTGAGGAAAATTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTGTTGTGCCTCATGGAG         ATGACTTTCACACGACCTGCCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113799 TTGTTGTGCCTCATGGAGGTA...CAGATGACTTTCACACGACCTGCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TCACAGACAACTCACTTTTGAAGAAATTGCCAAAAGTGCTAAAATCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114520 TCACAGACAACTCACTTTTGAAGAAATTGCCAAAAGTGCTAAAATCACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TGAATGAG         GTGGAGCTTCTGGTGATGAAGGCCCTTTCGGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114570 TGAATGAGGTA...CAGGTGGAGCTTCTGGTGATGAAGGCCCTTTCGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GGGCTGGTGAAAGGCAGTATAGACGAGGTGGACAAACGAGTCCACATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114804 GGGCTGGTGAAAGGCAGTATAGACGAGGTGGACAAACGAGTCCACATGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CTGGGTGCAGCCCCGAGTGTTGGATTTGCAACAG         ATCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114854 CTGGGTGCAGCCCCGAGTGTTGGATTTGCAACAGGTG...CAGATCAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 GAATGAAGGACCGCCTGGAGTTCTGGTGCACGGATGTGAAGAGCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115463 GAATGAAGGACCGCCTGGAGTTCTGGTGCACGGATGTGAAGAGCATGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1093 ATGCTGGTGGAGCACCAGGCCCATGACATCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115513 ATGCTGGTGGAGCACCAGGCCCATGACATCCTCACC