seq1 = pF1KB5346.tfa, 1854 bp
seq2 = pF1KB5346/gi568815584f_103554565.tfa (gi568815584f:103554565_103800727), 246163 bp

>pF1KB5346 1854
>gi568815584f:103554565_103800727 (Chr14)

1-261  (100001-100261)   100% ->
262-492  (102982-103212)   100% ->
493-571  (107552-107630)   100% ->
572-797  (108138-108363)   100% ->
798-885  (114947-115034)   100% ->
886-987  (115618-115719)   100% ->
988-1161  (118450-118623)   100% ->
1162-1261  (118768-118867)   100% ->
1262-1311  (120988-121037)   100% ->
1312-1379  (121125-121192)   100% ->
1380-1488  (122851-122959)   100% ->
1489-1650  (124820-124981)   100% ->
1651-1781  (132517-132647)   100% ->
1782-1854  (146091-146163)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATGACAACATGTCCACAATGGTGTACATAAAGGAAGACAAGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTATGACAACATGTCCACAATGGTGTACATAAAGGAAGACAAGTTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGCTTACACAGGATGAAATTATTTCTAAGACAAAGCAAGTAATTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGCTTACACAGGATGAAATTATTTCTAAGACAAAGCAAGTAATTCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTGGAAGCTTTGAAGAATGAGCACAATTCCATTTTACAAAGTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTGGAAGCTTTGAAGAATGAGCACAATTCCATTTTACAAAGTTTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGACACTGAAGTGTTTGAAGAAAGATGATGAAAGTAATTTGGTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGACACTGAAGTGTTTGAAGAAAGATGATGAAAGTAATTTGGTGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAATCAAACATGATCCGGAAGTCACTGGAGATGTTGGAGCTCGGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAATCAAACATGATCCGGAAGTCACTGGAGATGTTGGAGCTCGGCCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTGAGGCACAG         GTTATGATGGCTTTGTCAAATCACCTGAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTGAGGCACAGGTA...CAGGTTATGATGGCTTTGTCAAATCACCTGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGTGGAGTCCGAGAAGCAGAAACTGCGTGCGCAGGTTCGTCGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103012 GCTGTGGAGTCCGAGAAGCAGAAACTGCGTGCGCAGGTTCGTCGTCTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAGGAGAATCAGTGGCTACGGGATGAACTGGCCAACACGCAGCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103062 CCAGGAGAATCAGTGGCTACGGGATGAACTGGCCAACACGCAGCAGAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCAGAAGAGTGAGCAGTCTGTGGCTCAACTGGAGGAGGAGAAGAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103112 TGCAGAAGAGTGAGCAGTCTGTGGCTCAACTGGAGGAGGAGAAGAAGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGGAGTTTATGAATCAGCTAAAAAAATATGATGACGACATTTCCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103162 CTGGAGTTTATGAATCAGCTAAAAAAATATGATGACGACATTTCCCCATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 C         GAGGACAAAGACACTGATTCTACCAAAGAGCCTCTGGATG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103212 CGTG...TAGGAGGACAAAGACACTGATTCTACCAAAGAGCCTCTGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCTTTTCCCCAATGATGAAGACGACCCAGGGCAAGGAA         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 107592 ACCTTTTCCCCAATGATGAAGACGACCCAGGGCAAGGAAGTG...CAGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGCAGCAGCACAGCAGTGCAGCCGCGGCTGCCCAGCAGGGCGGCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108140 CAGCAGCAGCACAGCAGTGCAGCCGCGGCTGCCCAGCAGGGCGGCTACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GATCCCCGCGCGGCTGCGGACGCTCCACAACCTGGTGATCCAGTACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108190 GATCCCCGCGCGGCTGCGGACGCTCCACAACCTGGTGATCCAGTACGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CGCAGGGGCGCTACGAGGTAGCTGTGCCCCTCTGCAAGCAGGCCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108240 CGCAGGGGCGCTACGAGGTAGCTGTGCCCCTCTGCAAGCAGGCCCTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GACCTGGAGAAGACTTCAGGACACGACCACCCGGACGTGGCCACCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108290 GACCTGGAGAAGACTTCAGGACACGACCACCCGGACGTGGCCACCATGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAACATCCTGGCCTTGGTGTACAG         GGATCAGAATAAATACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108340 CAACATCCTGGCCTTGGTGTACAGGCT...TAGGGATCAGAATAAATACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGATGCAGCTAACCTACTGAATGATGCCTTGGCTATTCGTGAGAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114964 AAGATGCAGCTAACCTACTGAATGATGCCTTGGCTATTCGTGAGAAAACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTGGGCAAAGATCATCCTGCG         GTGGCGGCGACTTTGAATAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 115014 TTGGGCAAAGATCATCCTGCGGTT...CAGGTGGCGGCGACTTTGAATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCTTGCAGTCCTTTATGGTAAAAGAGGGAAGTACAAAGAAGCAGAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115638 CCTTGCAGTCCTTTATGGTAAAAGAGGGAAGTACAAAGAAGCAGAGCCGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGTGTAAAAGAGCTCTGGAAATCCGAGAAAAG         GTTTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115688 TGTGTAAAAGAGCTCTGGAAATCCGAGAAAAGGTA...CAGGTTTTGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAGGATCACCCCGATGTTGCCAAGCAGTTAAATAACTTGGCCTTACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118459 AAGGATCACCCCGATGTTGCCAAGCAGTTAAATAACTTGGCCTTACTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCAGAACCAGGGCAAGTATGAAGAAGTAGAATATTATTATCAAAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118509 CCAGAACCAGGGCAAGTATGAAGAAGTAGAATATTATTATCAAAGAGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCGAGATCTACCAGACAAAACTGGGACCTGATGACCCCAACGTGGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118559 TCGAGATCTACCAGACAAAACTGGGACCTGATGACCCCAACGTGGCTAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACGAAAAATAACCTG         GCATCCTGCTATTTGAAACAAGGAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118609 ACGAAAAATAACCTGGTG...AAGGCATCCTGCTATTTGAAACAAGGAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GTTCAAGCAAGCAGAAACACTGTACAAAGAGATTCTCACTCGTGCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118794 GTTCAAGCAAGCAGAAACACTGTACAAAGAGATTCTCACTCGTGCACATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AAAGGGAGTTTGGTTCTGTAGATG         ATGAAAATAAACCCATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118844 AAAGGGAGTTTGGTTCTGTAGATGGTA...TAGATGAAAATAAACCCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TGGATGCATGCTGAAGAAAGAGAAGAATGCAAA         GGAAAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121005 TGGATGCATGCTGAAGAAAGAGAAGAATGCAAAGTA...TAGGGAAAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AAAGGATGGGACATCTTTTGGAGAGTATGGCGGCTGGTACAAAGCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121133 AAAGGATGGGACATCTTTTGGAGAGTATGGCGGCTGGTACAAAGCCTGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAGTTGATAG         TCCAACTGTTACAACCACTCTAAAAAACCTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121183 AAGTTGATAGGTA...CAGTCCAACTGTTACAACCACTCTAAAAAACCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGGGCACTTTACAGACGTCAAGGCAAATTTGAAGCTGCAGAAACGTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122882 GGGGCACTTTACAGACGTCAAGGCAAATTTGAAGCTGCAGAAACGTTAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGAAGCTGCTATGAGGTCTCGTAAACAG         GGTCTTGACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 122932 AGAAGCTGCTATGAGGTCTCGTAAACAGGTT...CAGGGTCTTGACAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TTCACAAACAGAGGGTGGCAGAAGTGCTCAATGACCCTGAGAACATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124833 TTCACAAACAGAGGGTGGCAGAAGTGCTCAATGACCCTGAGAACATGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAGCGCAGGAGCCGTGAGAGCCTCAACGTGGACGTGGTCAAGTACGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124883 AAGCGCAGGAGCCGTGAGAGCCTCAACGTGGACGTGGTCAAGTACGAGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGGCCCTGACGGAGGGGAGGAAGTGAGTATGAGCGTAGAGTGGAACGGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 124933 TGGCCCTGACGGAGGGGAGGAAGTGAGTATGAGCGTAGAGTGGAACGGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651         GATGGCACTGGATCTTTAAAACGCAGTGGTTCCTTTAGCAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124983 TA...CAGGATGGCACTGGATCTTTAAAACGCAGTGGTTCCTTTAGCAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CTCCGGGCTTCCATTAGACGCAGCAGTGAGAAGCTGGTTAGGAAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132559 CTCCGGGCTTCCATTAGACGCAGCAGTGAGAAGCTGGTTAGGAAGCTGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GGGAGGAAGTTCACGAGAGAGTGAGCCAAAGAACCCCGG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 132609 GGGAGGAAGTTCACGAGAGAGTGAGCCAAAGAACCCCGGGTA...CAGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CGTCTCTGGCCGAGCCTCTTTTTGTGGAAAACGACAGCAGCAGCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146093 CGTCTCTGGCCGAGCCTCTTTTTGTGGAAAACGACAGCAGCAGCAGTGGC

   1950     .    :    .    :
   1834 CTGGAAGACGCCACCGCTAAC
        |||||||||||||||||||||
 146143 CTGGAAGACGCCACCGCTAAC