seq1 = pF1KB5344.tfa, 696 bp
seq2 = pF1KB5344/gi568815586r_48757999.tfa (gi568815586r:48757999_48965767), 207769 bp

>pF1KB5344 696
>gi568815586r:48757999_48965767 (Chr12)

(complement)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-208  (100898-100985)   100% ->
209-318  (103650-103759)   100% ->
319-453  (104637-104771)   100% ->
454-696  (107527-107769)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGAGAGACGGGCCCCCCAGCCAGTCGTGGCCAGATGTAAGCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGAGAGACGGGCCCCCCAGCCAGTCGTGGCCAGATGTAAGCTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGGTCGGGGACGTGCAGTGTGGGAAGACCGCGATGTTGCAAGTGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGGTCGGGGACGTGCAGTGTGGGAAGACCGCGATGTTGCAAGTGTTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGAAGGATTGCTATCCAGAG         ACCTATGTGCCCACCGTGTTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 CGAAGGATTGCTATCCAGAGGTG...CAGACCTATGTGCCCACCGTGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAAATTACACAGCCTGTTTGGAGACAGAGGAACAGAGGGTGGAGCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100919 GAAAATTACACAGCCTGTTTGGAGACAGAGGAACAGAGGGTGGAGCTTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTCTGGGATACCTCAG         GATCTCCCTACTACGATAATGTCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100969 TCTCTGGGATACCTCAGGTA...CAGGATCTCCCTACTACGATAATGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCCACTCTGCTACAGCGACTCGGATGCAGTATTACTATGTTTTGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103674 GTCCACTCTGCTACAGCGACTCGGATGCAGTATTACTATGTTTTGACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCCGTCCAGAGACAGTGGACAGCGCACTCAAGAAG         TGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103724 AGCCGTCCAGAGACAGTGGACAGCGCACTCAAGAAGGTA...CAGTGGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACAGAAATCCTAGATTATTGTCCCAGCACCCGCGTTTTGCTCATTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104642 GACAGAAATCCTAGATTATTGTCCCAGCACCCGCGTTTTGCTCATTGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAAGACAGACCTGCGAACAGACCTGAGTACTCTGATGGAGCTGTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104692 GCAAGACAGACCTGCGAACAGACCTGAGTACTCTGATGGAGCTGTCCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGAAGCAGGCGCCCATCTCCTATGAGCAG         GGTTGTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104742 CAGAAGCAGGCGCCCATCTCCTATGAGCAGGTG...CAGGGTTGTGCAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCAAAGCAGCTGGGTGCAGAAATCTACCTGGAAGGCTCAGCTTTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107538 AGCAAAGCAGCTGGGTGCAGAAATCTACCTGGAAGGCTCAGCTTTCACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGAAAAGAGCATCCACAGCATCTTTCGGACGGCATCCATGCTGTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107588 CAGAAAAGAGCATCCACAGCATCTTTCGGACGGCATCCATGCTGTGTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACAAGCCTAGCCCACTGCCCCAGAAGAGCCCTGTCCGAAGCCTCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107638 AACAAGCCTAGCCCACTGCCCCAGAAGAGCCCTGTCCGAAGCCTCTCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACGACTGCTCCACCTCCCCAGTCGCTCTGAACTCATCTCTTCTACCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107688 ACGACTGCTCCACCTCCCCAGTCGCTCTGAACTCATCTCTTCTACCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :
    665 AGAAGGAAAAGGCCAAAAGCTGTTCCATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 107738 AGAAGGAAAAGGCCAAAAGCTGTTCCATTATG