seq1 = pF1KB5343.tfa, 1764 bp
seq2 = pF1KB5343/gi568815576r_30477049.tfa (gi568815576r:30477049_30689272), 212224 bp

>pF1KB5343 1764
>gi568815576r:30477049_30689272 (Chr22)

(complement)

1-24  (97440-97463)   100% ->
25-104  (100003-100082)   100% ->
105-258  (101099-101252)   100% ->
259-368  (101878-101987)   100% ->
369-540  (104556-104727)   100% ->
541-630  (104819-104908)   100% ->
631-747  (107629-107745)   100% ->
748-822  (107865-107939)   100% ->
823-912  (108172-108261)   100% ->
913-1043  (108572-108702)   100% ->
1044-1169  (109095-109220)   100% ->
1170-1354  (109338-109522)   100% ->
1355-1521  (109970-110136)   100% ->
1522-1683  (110275-110436)   100% ->
1684-1764  (112144-112224)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGGCCTTGAGAAGAAGAAG         TATGAACGAGGCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  97440 ATGGGAGGCCTTGAGAAGAAGAAGGTG...CAGTATGAACGAGGCTCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACCAACTACATCACCCGGAACAAAGCCCGGAAGAAGCTCCAGCTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 CACCAACTACATCACCCGGAACAAAGCCCGGAAGAAGCTCCAGCTGAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCTGACTTTAG         GCGGCTGTGCATTCTGAAGGGCATTTAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100070 TGGCTGACTTTAGGTG...CAGGCGGCTGTGCATTCTGAAGGGCATTTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCCCATGAACCCAAACACAAGAAGAAGGTTAACAAGGGTTCTACAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101127 CCCCATGAACCCAAACACAAGAAGAAGGTTAACAAGGGTTCTACAGCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCGAACGTTTTACCTTATCAAAGACATCAGGTTTCTCCTCCACGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101177 CCGAACGTTTTACCTTATCAAAGACATCAGGTTTCTCCTCCACGAACCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGTCAACAAGTTCCGTGAATACAAG         GTGTTCGTCCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101227 TTGTCAACAAGTTCCGTGAATACAAGGTG...CAGGTGTTCGTCCGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTCCGGAAGGCTTATGGGAAGAGCGAGTGGAACACTGTAGAGCGTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101893 CTCCGGAAGGCTTATGGGAAGAGCGAGTGGAACACTGTAGAGCGTTTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGACAATAAGCCCAACTACAAACTCGACCACATCATCAAGGAACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101943 GGACAATAAGCCCAACTACAAACTCGACCACATCATCAAGGAACGGTG..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    369     GTATCCCACGTTCATCGATGCCCTGCGGGACCTGGACGATGCCCTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101993 .CAGGTATCCCACGTTCATCGATGCCCTGCGGGACCTGGACGATGCCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCCATGTGCTTCCTGTTTTCCACCTTCCCGCGGACTGGCAAGTGCCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104602 TCCATGTGCTTCCTGTTTTCCACCTTCCCGCGGACTGGCAAGTGCCACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCAGACCATTCAGCTGTGCCGCCGGCTCACTGTGGAGTTCATGCACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104652 GCAGACCATTCAGCTGTGCCGCCGGCTCACTGTGGAGTTCATGCACTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTATCGCTGCCCGTGCCCTGCGCAAG         GTCTTCCTGTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104702 TTATCGCTGCCCGTGCCCTGCGCAAGGTG...TAGGTCTTCCTGTCCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAAGGCATTTACTACCAGGCCGAGGTACTGGGGCAGCCCATCGTGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104834 AAAGGCATTTACTACCAGGCCGAGGTACTGGGGCAGCCCATCGTGTGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACTCCCTATGCCTTCTCCCATGAC         CACCCGACAGACGTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104884 CACTCCCTATGCCTTCTCCCATGACGTG...CAGCACCCGACAGACGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACTACAGGGTCATGGCCACCTTCACCGAGTTCTACACCACGCTGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107645 ACTACAGGGTCATGGCCACCTTCACCGAGTTCTACACCACGCTGCTGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTTGTCAACTTCCGCCTTTACCAGTTGCTCAACCTCCACTATCCCCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107695 TTTGTCAACTTCCGCCTTTACCAGTTGCTCAACCTCCACTATCCCCCGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         CTCGAGGGTCAGGCCCAAGCAGAGGCAAAGGCCGGTGAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107745 GGTA...TAGCTCGAGGGTCAGGCCCAAGCAGAGGCAAAGGCCGGTGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCACCTACGCGTTGGACTCCGAGAGTTGTATGGAG         AAACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107905 GCACCTACGCGTTGGACTCCGAGAGTTGTATGGAGGTG...TAGAAACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCAGCCCTCAGTGCCAGCCTGGCCCGCGTGGTGGTGCCTGCCACAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108178 GCAGCCCTCAGTGCCAGCCTGGCCCGCGTGGTGGTGCCTGCCACAGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGAGGCCGAGGTGGATGAGTTTCCCACCGATGGG         GAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108228 GGAGGCCGAGGTGGATGAGTTTCCCACCGATGGGGTG...CAGGAGATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CAGCGCAGGAGGAAGACCGCAGGAAGGAGCTGGAGGCGCAGGAGAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108579 CAGCGCAGGAGGAAGACCGCAGGAAGGAGCTGGAGGCGCAGGAGAAGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGAAGCTTTTTGAGGGCCTGAAGTTCTTCCTGAACCGAGAGGTGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108629 AAGAAGCTTTTTGAGGGCCTGAAGTTCTTCCTGAACCGAGAGGTGCCCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGAGGCCCTGGCCTTCATCATCAG         GAGTTTTGGTGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108679 TGAGGCCCTGGCCTTCATCATCAGGTA...TAGGAGTTTTGGTGGGGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGTCCTGGGACAAATCTTTGTGCATTGGGGCCACCTATGACGTCACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109112 TGTCCTGGGACAAATCTTTGTGCATTGGGGCCACCTATGACGTCACAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TCCCGCATCACCCATCAGATTGTCGACCGGCCTGGGCAGCAGACCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109162 TCCCGCATCACCCATCAGATTGTCGACCGGCCTGGGCAGCAGACCTCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CATTGGCAG         GTGCTACGTGCAGCCCCAGTGGGTGTTTGACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109212 CATTGGCAGGTA...CAGGTGCTACGTGCAGCCCCAGTGGGTGTTTGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CAGTGAACGCCAGGCTCCTTCTCCCCGTGGCAGAGTACTTCTCTGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109370 CAGTGAACGCCAGGCTCCTTCTCCCCGTGGCAGAGTACTTCTCTGGGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CAGCTGCCCCCACACCTTTCACCCTTTGTGACCGAGAAGGAAGGAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109420 CAGCTGCCCCCACACCTTTCACCCTTTGTGACCGAGAAGGAAGGAGATTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CGTTCCACCTGAGAAGCTGAAGCTGCTGGCTCTGCAGCGGGGAGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109470 CGTTCCACCTGAGAAGCTGAAGCTGCTGGCTCTGCAGCGGGGAGAGGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAG         GAAACCTGAATGAGTCAGAAGAGGAGGAGGAAGAGGAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109520 CAGGTG...TAGGAAACCTGAATGAGTCAGAAGAGGAGGAGGAAGAGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GACAACAACGAAGGTGATGGTGATGAAGAGGGAGAAAATGAGGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110008 GACAACAACGAAGGTGATGGTGATGAAGAGGGAGAAAATGAGGAGGAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGAAGATGCAGAGGCTGGTTCAGAAAAGGAGGAAGAGGCCCGGCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110058 GGAAGATGCAGAGGCTGGTTCAGAAAAGGAGGAAGAGGCCCGGCTGGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CCCTGGAAGAGCAGAGGATGGAGGGGAAG         AAGCCCAGGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110108 CCCTGGAAGAGCAGAGGATGGAGGGGAAGGTA...CAGAAGCCCAGGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ATGGCAGGCACCTTGAAGCTGGAGGATAAGCAGCGGCTGGCCCAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110287 ATGGCAGGCACCTTGAAGCTGGAGGATAAGCAGCGGCTGGCCCAGGAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGAGAGTGAGGCCAAGCGCCTGGCCATTATGATGATGAAGAAGCGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110337 GGAGAGTGAGGCCAAGCGCCTGGCCATTATGATGATGAAGAAGCGGGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGTACCTGTACCAGAAGATCATGTTTGGCAAGAGGCGAAAAATCCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110387 AGTACCTGTACCAGAAGATCATGTTTGGCAAGAGGCGAAAAATCCGAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684          GCCAACAAGCTGGCGGAGAAGCGGAAAGCCCACGATGAGGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110437 GTG...CAGGCCAACAAGCTGGCGGAGAAGCGGAAAGCCCACGATGAGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGTGAGGTCTGAGAAGAAGGCCAAGAAGGCAAGGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112185 GGTGAGGTCTGAGAAGAAGGCCAAGAAGGCAAGGCCGGAG