seq1 = pF1KB5341.tfa, 1038 bp
seq2 = pF1KB5341/gi568815579f_47030931.tfa (gi568815579f:47030931_47309248), 278318 bp

>pF1KB5341 1038
>gi568815579f:47030931_47309248 (Chr19)

1-98  (100001-100098)   100% ->
99-210  (112564-112675)   100% ->
211-384  (119272-119445)   100% ->
385-527  (121968-122110)   100% ->
528-627  (124184-124283)   100% ->
628-733  (138888-138993)   100% ->
734-878  (166303-166447)   100% ->
879-948  (172741-172810)   100% ->
949-1038  (178229-178318)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGAGAAGGAGGAGGCTGGCGGCGGCATTAGCGAGGAGGAGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGAGAAGGAGGAGGCTGGCGGCGGCATTAGCGAGGAGGAGGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAGTATGACCGGCAGATCCGCCTGTGGGGACTGGAGGCCCAGAAACG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100051 ACAGTATGACCGGCAGATCCGCCTGTGGGGACTGGAGGCCCAGAAACGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99        GCTGCGGGCCTCTCGGGTGCTTCTTGTCGGCTTGAAAGGACTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 C...CAGGCTGCGGGCCTCTCGGGTGCTTCTTGTCGGCTTGAAAGGACTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGCTGAAATTGCCAAGAATCTCATCTTGGCAGGAGTGAAAGGACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112607 GGGGCTGAAATTGCCAAGAATCTCATCTTGGCAGGAGTGAAAGGACTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATGCTGGATCACGAACAG         GTAACTCCAGAAGATCCCGGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 112657 CATGCTGGATCACGAACAGGTG...TAGGTAACTCCAGAAGATCCCGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCAGTTCTTGATTCGTACTGGGTCTGTTGGCCGAAATAGGGCTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119294 CTCAGTTCTTGATTCGTACTGGGTCTGTTGGCCGAAATAGGGCTGAAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTTTGGAGCGAGCTCAGAATCTCAACCCCATGGTGGATGTGAAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119344 TCTTTGGAGCGAGCTCAGAATCTCAACCCCATGGTGGATGTGAAGGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACTGAGGATATAGAGAAGAAACCAGAGTCATTTTTCACTCAATTCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119394 CACTGAGGATATAGAGAAGAAACCAGAGTCATTTTTCACTCAATTCGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CT         GTGTGTCTGACTTGCTGCTCCAGGGATGTCATAGTTAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119444 CTGTA...CAGGTGTGTCTGACTTGCTGCTCCAGGGATGTCATAGTTAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTGACCAGATCTGTCACAAAAATAGCATCAAGTTCTTTACAGGAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122007 GTTGACCAGATCTGTCACAAAAATAGCATCAAGTTCTTTACAGGAGATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTTGGCTACCATGGATACACATTTGCCAATCTAGGAGAGCATGAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122057 TTTTGGCTACCATGGATACACATTTGCCAATCTAGGAGAGCATGAGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGA         GGAGAAAACTAAAGTTGCCAAAGTTAGCCAAGGAGTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122107 TAGAGTA...TAGGGAGAAAACTAAAGTTGCCAAAGTTAGCCAAGGAGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGATGGGCCCGACACCAAGAGAGCAAAACTTGATTCTTCTGAGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124221 GAAGATGGGCCCGACACCAAGAGAGCAAAACTTGATTCTTCTGAGACAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATGGTCAAAAAG         AAGGTGGTCTTCTGCCCTGTTAAAGAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 124271 GATGGTCAAAAAGGTA...CAGAAGGTGGTCTTCTGCCCTGTTAAAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCTGGAGGTGGACTGGAGCAGTGAGAAAGCAAAGGCTGCTCTGAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138916 CCCTGGAGGTGGACTGGAGCAGTGAGAAAGCAAAGGCTGCTCTGAAGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACGACCTCCGACTACTTTCTCCTTCAAG         TGCTCTTAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 138966 ACGACCTCCGACTACTTTCTCCTTCAAGGTG...CAGTGCTCTTAAAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCGTACAGATAAAGGAAGAGATCCCAGTTCTGATACATATGAGGAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166316 CCGTACAGATAAAGGAAGAGATCCCAGTTCTGATACATATGAGGAAGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGAGTTGTTGCTCCAGATACGAAATGATGTGCTTGACTCACTGGGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166366 CTGAGTTGTTGCTCCAGATACGAAATGATGTGCTTGACTCACTGGGTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGTCCTGACCTGCTTCCTGAGGACTTTGTCAG         GTACTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 166416 AGTCCTGACCTGCTTCCTGAGGACTTTGTCAGGTT...TAGGTACTGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTCCGAGATGGCCCCAGTGTGTGCGGTGGTTGGAGGGATTTTGGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172750 CTCCGAGATGGCCCCAGTGTGTGCGGTGGTTGGAGGGATTTTGGCACAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAATTGTGAAG         GCCCTGTCTCAGCGGGACCCTCCTCACAAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 172800 AAATTGTGAAGGTA...CAGGCCCTGTCTCAGCGGGACCCTCCTCACAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AACTTCTTCTTCTTCGATGGCATGAAGGGGAATGGGATTGTGGAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178259 AACTTCTTCTTCTTCGATGGCATGAAGGGGAATGGGATTGTGGAGTGCCT

   1100     .    :
   1029 TGGCCCCAAG
        ||||||||||
 178309 TGGCCCCAAG