seq1 = pF1KB5339.tfa, 1602 bp
seq2 = pF1KB5339/gi568815579f_29842610.tfa (gi568815579f:29842610_30115066), 272457 bp

>pF1KB5339 1602
>gi568815579f:29842610_30115066 (Chr19)

1-117  (99939-100055)   99% ->
118-152  (128584-128618)   100% ->
153-231  (142614-142692)   100% ->
232-367  (143673-143808)   100% ->
368-459  (162752-162843)   100% ->
460-517  (163042-163099)   100% ->
518-686  (164861-165029)   100% ->
687-1032  (166396-166744)   99% ->
1033-1175  (168485-168627)   100% ->
1176-1422  (169676-169922)   100% ->
1423-1602  (172278-172457)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGCCCACCGTGGAGACGCCCCCCGACCCCTCGCCCCCTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99939 ATGGAGGCGCCCACCGTGGAGACGCCCCCCGACCCCTCGCCCCCTTCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGGCCCCTGTCCTGGTTCCGTTGCGCGCCCCGGATGTGGCGCGGCTGC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99989 CCCGGCCCCTGCCCTGGTTCCGTTGCGCGCCCCGGATGTGGCGCGGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAGGAGCAGGAAAAG         GTGGTCACTAACTGCCAAGAGAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100039 GCGAGGAGCAGGAAAAGGTA...CAGGTGGTCACTAACTGCCAAGAGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCAGCATTG         GAAGAAGGTAGATAATGACTATAATGCCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 128608 ATCCAGCATTGGTG...CAGGAAGAAGGTAGATAATGACTATAATGCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCGAGAAAGACTCAGCACCTTGCCTGATAAATTGTCTTATAATATAATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 142644 TCGAGAAAGACTCAGCACCTTGCCTGATAAATTGTCTTATAATATAATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232         GTACCATTTGGCCCTTTTGCCTTCATGCCAGGAAAACTTGTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142694 TA...TAGGTACCATTTGGCCCTTTTGCCTTCATGCCAGGAAAACTTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CATACTAATGAAGTCACTGTTTTACTGGGGGACAACTGGTTTGCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143715 CATACTAATGAAGTCACTGTTTTACTGGGGGACAACTGGTTTGCAAAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTCAGCAAAGCAGGCTGTAGGTTTAGTTGAGCACCGGAAAGAAC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 143765 CTCAGCAAAGCAGGCTGTAGGTTTAGTTGAGCACCGGAAAGAACGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    368    ATGTAAGAAAAACAATAGATGACTTAAAAAAAGTGATGAAAAATTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162749 CAGATGTAAGAAAAACAATAGATGACTTAAAAAAAGTGATGAAAAATTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAATCCAGAGTTGAATTCACAGAAGATTTGCAGAAAATGAGCGAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 162799 GAATCCAGAGTTGAATTCACAGAAGATTTGCAGAAAATGAGCGATGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460     GCTGCAGGTGATATTGTTGACATACGAGAAGAAATTAAATGTGACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162849 .CAGGCTGCAGGTGATATTGTTGACATACGAGAAGAAATTAAATGTGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCGAATTTAAAG         CAAAACACCGAATTGCTCATAAACCGCAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 163088 TCGAATTTAAAGGTA...TAGCAAAACACCGAATTGCTCATAAACCGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCCAAACCAAAAACTTCAGATATTTTTGAAGCAGATATTGCAAATGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164890 TCCAAACCAAAAACTTCAGATATTTTTGAAGCAGATATTGCAAATGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAAATCCAAGGATTTGCTAGCTGATAAAGAACTGTGGGCTCGACTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164940 GAAATCCAAGGATTTGCTAGCTGATAAAGAACTGTGGGCTCGACTTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACTAGAGAGACAGGAAGAATTGCTGGGTGAACTTGATAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 164990 AACTAGAGAGACAGGAAGAATTGCTGGGTGAACTTGATAGGTA...TAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGCCTGATACTGTGATTGCAAATGGAGAAGATACGACATCTTCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166397 AAGCCTGATACTGTGATTGCAAATGGAGAAGATACGACATCTTCTGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAAAAGGAAGATCGTAACACAAATGTGAATGCGATGCATCAAGTAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166447 GGAAAAGGAAGATCGTAACACAAATGTGAATGCGATGCATCAAGTAACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACTCTCATACTCCTTGTCATAAGGATGTTGCAAGTTCAGAACCATTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166497 ACTCTCATACTCCTTGTCATAAGGATGTTGCAAGTTCAGAACCATTCAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGTCAAGTGAATAGTCAGTTGAACTGTTCAGTGAATGGTTCCAGTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166547 GGTCAAGTGAATAGTCAGTTGAACTGTTCAGTGAATGGTTCCAGTTCTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCACAGTGATGATGATGATGATGATGATGA   CGACGACGACGACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||---|||||||||||||||||
 166597 CCACAGTGATGATGATGATGATGATGATGATGACGACGACGACGACAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    935 TTGACGACGATGATGGTGATAACGACCATGAGGCTTTAGGGGTTGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166647 TTGACGACGATGATGGTGATAACGACCATGAGGCTTTAGGGGTTGGAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    985 AATTCTATACCAACAATATATTTTTCACATACTGTTGAGCCTAAGAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 166697 AATTCTATACCAACAATATATTTTTCACATACTGTTGAGCCTAAGAGGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033        GTCCGAATAAATACTGGAAAGAATACCACTTTAAAATTCAGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166747 T...TAGGTCCGAATAAATACTGGAAAGAATACCACTTTAAAATTCAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1076 AAAAGAAAGAAGAAGCCAAACGTAAACGAAAGAACAGCACTGGCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168528 AAAAGAAAGAAGAAGCCAAACGTAAACGAAAGAACAGCACTGGCAGTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1126 CACTCTGCCCAGGAGCTGCCGACCATCAGGACGCCTGCAGACATTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168578 CACTCTGCCCAGGAGCTGCCGACCATCAGGACGCCTGCAGACATTTACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1176          AGCCTTTGTTGATGTTGTGAATGGAGAATATGTCCCTCGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168628 GTG...CAGAGCCTTTGTTGATGTTGTGAATGGAGAATATGTCCCTCGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1217 AATCCATCCTGAAGTCTCGAAGTAGAGAGAATAGTGTGTGTAGCGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169717 AATCCATCCTGAAGTCTCGAAGTAGAGAGAATAGTGTGTGTAGCGACACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1267 AGTGAAAGCAGTGCTGCTGAATTTGATGATAGGCGGGGAGTTTTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169767 AGTGAAAGCAGTGCTGCTGAATTTGATGATAGGCGGGGAGTTTTGAGGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1317 TATCAGCTGCGAAGAAGCCACTTGCAGTGACACCAGTGAGAGCATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169817 TATCAGCTGCGAAGAAGCCACTTGCAGTGACACCAGTGAGAGCATTTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1367 AAGAGGAACCACAAGAAAATCAAAAGAAACTTTTGCCCTTATCAGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169867 AAGAGGAACCACAAGAAAATCAAAAGAAACTTTTGCCCTTATCAGTAACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1417 CCTGAG         GCTTTTTCTGGAACTGTTATAGAAAAAGAATTTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169917 CCTGAGGTG...TAGGCTTTTTCTGGAACTGTTATAGAAAAAGAATTTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1458 ATCACCTTCCTTAACACCACCCCCAGCCATTGCTCATCCCGCACTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172313 ATCACCTTCCTTAACACCACCCCCAGCCATTGCTCATCCCGCACTACCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1508 CTATTCCAGAACGAAAGGAAGTTCTGTTGGAAGCATCTGAAGAAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172363 CTATTCCAGAACGAAAGGAAGTTCTGTTGGAAGCATCTGAAGAAACTGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1558 AAGAGGGTTTCAAAGTTTAAAGCTGCCAGATTGCAACAGAAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172413 AAGAGGGTTTCAAAGTTTAAAGCTGCCAGATTGCAACAGAAAGAC