seq1 = pF1KB5337.tfa, 774 bp
seq2 = pF1KB5337/gi568815581f_40343736.tfa (gi568815581f:40343736_40556580), 212845 bp

>pF1KB5337 774
>gi568815581f:40343736_40556580 (Chr17)

1-349  (100001-100349)   99% ->
350-507  (109250-109407)   99% ->
508-642  (110193-110327)   100% ->
643-774  (112714-112845)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCCCCTCTGCCTCGTGGCCGCCCTGCTGCTGGCCGCCGGGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCCCCTCTGCCTCGTGGCCGCCCTGCTGCTGGCCGCCGGGCCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGAGCCTGGGCGACGAAGCCATCCACTGCCCGCCCTGCTCCGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGAGCCTGGGCGACGAAGCCATCCACTGCCCGCCCTGCTCCGAGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTAGCGCGCTGCCGCCCCCCCGTGGGCTGCGAGGAGCTGGTGCGAGAG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTGGCGCGCTGCCGCCCCCCCGTGGGCTGCGAGGAGCTGGTGCGAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGGCTGCGGCTGTTGCGCCACTTGCGCCCTGGGCTTGGGGATGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGGGCTGCGGCTGTTGCGCCACTTGCGCCCTGGGCTTGGGGATGCCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGGGTGTACACCCCCCGTTGCGGCTCGGGCCTGCGCTGCTACCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGGGTGTACACCCCCCGTTGCGGCTCGGGCCTGCGCTGCTACCCGCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGGGGTGGAGAAGCCCCTGCACACACTGATGCACGGGCAAGGCGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGGGGTGGAGAAGCCCCTGCACACACTGATGCACGGGCAAGGCGTGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGGAGCTGGCGGAGATCGAGGCCATCCAGGAAAGCCTGCAGCCCTCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100301 ATGGAGCTGGCGGAGATCGAGGCCATCCAGGAAAGCCTGCAGCCCTCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350         ACAAGGACGAGGGTGACCACCCCAACAACAGCTTCAGCCCCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TA...CAGACAAGGACGAGGGTGACCACCCCAACAACAGCTTCAGCCCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTAGTGCCCATGACCGCAGGTGCCTGCAGAAGCACTTCGCCAAAATTCGA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109292 GTAGCGCCCATGACCGCAGGTGCCTGCAGAAGCACTTCGCCAAAATTCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GACCGGAGCACCAGTGGGGGCAAGATGAAGGTCAATGGGGCGCCCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109342 GACCGGAGCACCAGTGGGGGCAAGATGAAGGTCAATGGGGCGCCCCGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGATGCCCGGCCTGTG         CCCCAGGGCTCCTGCCAGAGCGAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109392 GGATGCCCGGCCTGTGGTA...CAGCCCCAGGGCTCCTGCCAGAGCGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCACCGGGCGCTGGAGCGGCTGGCCGCTTCACAGAGCCGCACCCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110218 TGCACCGGGCGCTGGAGCGGCTGGCCGCTTCACAGAGCCGCACCCACGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACCTCTACATCATCCCCATCCCCAACTGCGACCGCAACGGCAACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110268 GACCTCTACATCATCCCCATCCCCAACTGCGACCGCAACGGCAACTTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCCAAGCAG         TGTCACCCAGCTCTGGATGGGCAGCGTGGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110318 CCCCAAGCAGGTG...CAGTGTCACCCAGCTCTGGATGGGCAGCGTGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGTGCTGGTGTGTGGACCGGAAGACGGGGGTGAAGCTTCCGGGGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112745 AGTGCTGGTGTGTGGACCGGAAGACGGGGGTGAAGCTTCCGGGGGGCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGCCAAAGGGGGAGCTGGACTGCCACCAGCTGGCTGACAGCTTTCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112795 GAGCCAAAGGGGGAGCTGGACTGCCACCAGCTGGCTGACAGCTTTCGAGA

    800 
    774 G
        |
 112845 G