seq1 = pF1KB5335.tfa, 1959 bp
seq2 = pF1KB5335/gi568815578f_18205687.tfa (gi568815578f:18205687_18416813), 211127 bp

>pF1KB5335 1959
>gi568815578f:18205687_18416813 (Chr20)

1-121  (100001-100121)   100% ->
122-217  (100612-100707)   100% ->
218-1959  (109386-111127)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATTCAGGGATGTGGCTGTGGATTTCACCCAGGATGAGTGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATTCAGGGATGTGGCTGTGGATTTCACCCAGGATGAGTGGAGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGAGCCCTGCTCAAAGGACTCTGTACAGAGAGGTGATGCTGGAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGAGCCCTGCTCAAAGGACTCTGTACAGAGAGGTGATGCTGGAGAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGCAACCTGGTCTCACTGG         GAATTTCATTTTCTAAACCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100101 ACAGCAACCTGGTCTCACTGGGTA...CAGGAATTTCATTTTCTAAACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAACTCATCACCCAGCTGGAGCAAGGGAAAGAGACCTGGAGAGAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100632 GAACTCATCACCCAGCTGGAGCAAGGGAAAGAGACCTGGAGAGAGGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAATGTTCACCGGCAACCTGTCCAG         ATCCAGAGCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100682 AAAATGTTCACCGGCAACCTGTCCAGGTG...CAGATCCAGAGCCAGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTACCTCGATCCTTTCTGCCCTCCGGGTTTCTCCAGTCAGAAATTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109401 TCTACCTCGATCCTTTCTGCCCTCCGGGTTTCTCCAGTCAGAAATTCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGCAGCATGTGCTGTGTAATCATCCCCCCTGGATCTTCACATGCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109451 ATGCAGCATGTGCTGTGTAATCATCCCCCCTGGATCTTCACATGCTTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAGAAGGTAACATCCAGCCTGGGGATCCGGGCCCAGGGGACCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109501 TGCAGAAGGTAACATCCAGCCTGGGGATCCGGGCCCAGGGGACCAGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCAGCAACAAGCCTCTGAGGGGAGACCCTGGAGTGATCAAGCAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109551 AGCAGCAACAAGCCTCTGAGGGGAGACCCTGGAGTGATCAAGCAGAAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTGAGGGAGAAGGTGCCATGCCTTTGTTTGGAAGAACCAAGAAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109601 CCTGAGGGAGAAGGTGCCATGCCTTTGTTTGGAAGAACCAAGAAAAGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCTGGGAGCGTTCTCCAGGCCACCCCAGAGGCAGCCAGTCAGCTCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109651 TCTGGGAGCGTTCTCCAGGCCACCCCAGAGGCAGCCAGTCAGCTCTCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACGGCCTCAGAGGGGTGGAGTTAGAAGCCAGCCCAGCTCAGACAGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 109701 ACGGCCTCAGAGGGGTGGAGTTAGAAGCCAGCCCAGCTCAGTCAGGGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCTGAGGAAACAGACAAATTGTTGAAGAGGATAGAAGTCTTAGGATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109751 CCTGAGGAAACAGACAAATTGTTGAAGAGGATAGAAGTCTTAGGATTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AACAGTCAACTGTGGAGAGTGTGGACTGAGCTTCAGCAAGATGACAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109801 AACAGTCAACTGTGGAGAGTGTGGACTGAGCTTCAGCAAGATGACAAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGCTCAGTCACCAGCGGATACACTCAGGGGAGAAGCCCTACGTGTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109851 TGCTCAGTCACCAGCGGATACACTCAGGGGAGAAGCCCTACGTGTGTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTATGTGAGAAGGGCTTCAGCCTAAAGAAGAGCCTCGCCAGACACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109901 GTATGTGAGAAGGGCTTCAGCCTAAAGAAGAGCCTCGCCAGACACCAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGCACACTCGGGGGAGAAGCCAATTGTGTGCAGGGAGTGTGGACGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109951 GGCACACTCGGGGGAGAAGCCAATTGTGTGCAGGGAGTGTGGACGAGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTAACCGGAAGTCAACGCTAATCATACACGAACGGACACACTCCGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110001 TTAACCGGAAGTCAACGCTAATCATACACGAACGGACACACTCCGGTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AAACCTTACATGTGCAGTGAGTGTGGGCGAGGCTTCAGCCAGAAGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110051 AAACCTTACATGTGCAGTGAGTGTGGGCGAGGCTTCAGCCAGAAGTCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCTCATCATACACCAGAGGACACACTCAGGGGAAAAGCCTTACGTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110101 CCTCATCATACACCAGAGGACACACTCAGGGGAAAAGCCTTACGTGTGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GGGAATGTGGCAAAGGCTTCAGCCAGAAGTCAGCTGTCGTGAGACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110151 GGGAATGTGGCAAAGGCTTCAGCCAGAAGTCAGCTGTCGTGAGACACCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AGGACACACTTGGAGGAGAAGACCATCGTGTGCAGTGACTGTGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110201 AGGACACACTTGGAGGAGAAGACCATCGTGTGCAGTGACTGTGGCCTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CTTCAGCGACAGGTCAAACCTCATCTCCCACCAGAGGACGCACTCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110251 CTTCAGCGACAGGTCAAACCTCATCTCCCACCAGAGGACGCACTCTGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGAAGCCCTACGCCTGCAAGGAGTGTGGGCGATGCTTCAGGCAGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110301 AGAAGCCCTACGCCTGCAAGGAGTGTGGGCGATGCTTCAGGCAGAGGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ACCCTTGTCAACCACCAGAGGACACACTCAAAGGAGAAGCCCTATGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110351 ACCCTTGTCAACCACCAGAGGACACACTCAAAGGAGAAGCCCTATGTGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CGGGGTGTGTGGGCACAGCTTCAGCCAGAATTCAACCCTCATCTCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110401 CGGGGTGTGTGGGCACAGCTTCAGCCAGAATTCAACCCTCATCTCTCACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GGCGGACACACACTGGGGAGAAGCCGTATGTTTGTGGGGTGTGTGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110451 GGCGGACACACACTGGGGAGAAGCCGTATGTTTGTGGGGTGTGTGGGCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GGCTTTAGTCTCAAGTCACACCTCAACAGACACCAGAACATACACTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110501 GGCTTTAGTCTCAAGTCACACCTCAACAGACACCAGAACATACACTCAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AGAGAAGCCCATTGTGTGCAAGGACTGTGGCCGGGGCTTCAGCCAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110551 AGAGAAGCCCATTGTGTGCAAGGACTGTGGCCGGGGCTTCAGCCAGCAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CCAACCTCATCAGACACCAGAGGACGCACTCAGGCGAGAAGCCCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110601 CCAACCTCATCAGACACCAGAGGACGCACTCAGGCGAGAAGCCCATGGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 TGTGGGGAGTGCGGGCGAGGCTTCAGCCAGAAGTCAAACCTTGTTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110651 TGTGGGGAGTGCGGGCGAGGCTTCAGCCAGAAGTCAAACCTTGTTGCACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 CCAGAGGACGCACTCAGGGGAGAGGCCGTATGTGTGCCGAGAGTGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110701 CCAGAGGACGCACTCAGGGGAGAGGCCGTATGTGTGCCGAGAGTGCGGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 GAGGCTTTAGCCACCAGGCCGGTCTCATCAGGCACAAGCGGAAGCACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110751 GAGGCTTTAGCCACCAGGCCGGTCTCATCAGGCACAAGCGGAAGCACTCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 AGGGAGAAGCCCTACATGTGCAGGCAGTGTGGACTGGGCTTTGGCAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110801 AGGGAGAAGCCCTACATGTGCAGGCAGTGTGGACTGGGCTTTGGCAATAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 GTCAGCTCTAATTACACACAAGCGGGCTCACTCGGAAGAGAAGCCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110851 GTCAGCTCTAATTACACACAAGCGGGCTCACTCGGAAGAGAAGCCTTGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 TGTGCAGAGAGTGTGGCCAAGGCTTTCTCCAAAAGTCACACCTCACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110901 TGTGCAGAGAGTGTGGCCAAGGCTTTCTCCAAAAGTCACACCTCACCTTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 CATCAAATGACACATACGGGGGAGAAGCCATATGTGTGCAAGACGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110951 CATCAAATGACACATACGGGGGAGAAGCCATATGTGTGCAAGACGTGTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 GCGGGGCTTCAGCCTCAAGTCTCACCTCAGCAGACACAGGAAGACCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111001 GCGGGGCTTCAGCCTCAAGTCTCACCTCAGCAGACACAGGAAGACCACGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 CTGTCCACCACAGACTGCCAGTGCAGCCCGACCCTGAGCCGTGTGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111051 CTGTCCACCACAGACTGCCAGTGCAGCCCGACCCTGAGCCGTGTGCAGGG

   1950     .    :    .    :    .
   1933 CAACCTTCGGATTCCTTATACTCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||
 111101 CAACCTTCGGATTCCTTATACTCTCTC