seq1 = pF1KB5332.tfa, 825 bp
seq2 = pF1KB5332/gi568815582f_57362725.tfa (gi568815582f:57362725_57571116), 208392 bp

>pF1KB5332 825
>gi568815582f:57362725_57571116 (Chr16)

1-86  (100001-100086)   100% ->
87-136  (100305-100354)   100% ->
137-205  (103229-103297)   98% ->
206-258  (103451-103503)   100% ->
259-387  (106441-106569)   100% ->
388-439  (106986-107037)   100% ->
440-608  (107237-107405)   100% ->
609-683  (107556-107630)   100% ->
684-825  (108251-108392)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGTACGCCAACCAGCCTACCGTGCGGATCACGGAGCTCACTGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGTACGCCAACCAGCCTACCGTGCGGATCACGGAGCTCACTGACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATGTCAAGTTCATCATCGAGAACACCGACCTGGC         GGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 GAATGTCAAGTTCATCATCGAGAACACCGACCTGGCGTA...CAGGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAATTCGATTCGGAGGGTCTTCATCGCTGAGGTTCCCATAATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100310 CCAATTCGATTCGGAGGGTCTTCATCGCTGAGGTTCCCATAATAGGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     CCATTGACTGGGTTCAGATTGATGCCAATTCCTCAGTCCTTCATGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100360 .TAGCCATTGACTGGGTTCAGATTGATGCCAATTCCTCAGTTCTTCATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAATTCATTGCTCACAGGCTTG         GATTAATTCCCCTCATTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103275 TGAATTCATTGCTCACAGGCTTGGTG...CAGGATTAATTCCCCTCATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTGATGACATTGTGGACAAGCTGCAGTACTCTCGG         GACTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103469 GTGATGACATTGTGGACAAGCTGCAGTACTCTCGGGTA...TAGGACTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 ACATGTGAGGAGTTCTGCCCCGAGTGCTCGGTGGAGTTCACCCTCGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106447 ACATGTGAGGAGTTCTGCCCCGAGTGCTCGGTGGAGTTCACCCTCGATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCGGTGCAATGAAGACCAGACGCGACATGTCACGTCTCGAGACCTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106497 GCGGTGCAATGAAGACCAGACGCGACATGTCACGTCTCGAGACCTCATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCAACAGCCCCCGGGTCATTCCG         GTGACATCCCGGAACCGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106547 CCAACAGCCCCCGGGTCATTCCGGTC...CAGGTGACATCCCGGAACCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GATAATGACCCCAATGACTACGTGGAGCAGGATG         ACATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107004 GATAATGACCCCAATGACTACGTGGAGCAGGATGGTA...CAGACATCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CATCGTCAAGTTGAGAAAGGGCCAGGAGCTGAGACTTCGAGCCTATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107244 CATCGTCAAGTTGAGAAAGGGCCAGGAGCTGAGACTTCGAGCCTATGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAAAGGGCTTTGGCAAGGAGCATGCCAAGTGGAACCCTACTGCAGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107294 AAAAGGGCTTTGGCAAGGAGCATGCCAAGTGGAACCCTACTGCAGGGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCTTTTGAATACGATCCAGACAATGCCCTGAGGCACACAGTGTACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107344 GCTTTTGAATACGATCCAGACAATGCCCTGAGGCACACAGTGTACCCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCCCGAGGAATG         GCCAAAGAGTGAGTACTCGGAGCTGGATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107394 GCCCGAGGAATGGTA...CAGGCCAAAGAGTGAGTACTCGGAGCTGGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGGATGAGTCGCAGGCTCCCTATGACCCCAACGGCAAGCCAGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107585 AGGATGAGTCGCAGGCTCCCTATGACCCCAACGGCAAGCCAGAAAGGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    684      GTTTTACTACAATGTGGAGTCCTGTGGCTCTCTGCGTCCTGAAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107635 ..TAGGTTTTACTACAATGTGGAGTCCTGTGGCTCTCTGCGTCCTGAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CATTGTCCTGTCAGCCCTCTCAGGATTGAAGAAGAAACTGAGTGATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108296 CATTGTCCTGTCAGCCCTCTCAGGATTGAAGAAGAAACTGAGTGATTTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    779 AAACTCAATTAAGCCACGAGATCCAGAGTGATGTGCTAACCATAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108346 AAACTCAATTAAGCCACGAGATCCAGAGTGATGTGCTAACCATAAAT