seq1 = pF1KB5331.tfa, 1245 bp
seq2 = pF1KB5331/gi568815576f_37957810.tfa (gi568815576f:37957810_38175129), 217320 bp

>pF1KB5331 1245
>gi568815576f:37957810_38175129 (Chr22)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-153  (101425-101536)   100% ->
154-282  (107193-107321)   100% ->
283-349  (109895-109961)   100% ->
350-439  (111224-111313)   100% ->
440-493  (113029-113082)   100% ->
494-556  (113873-113935)   100% ->
557-690  (114668-114801)   100% ->
691-783  (115191-115283)   100% ->
784-834  (115964-116014)   100% ->
835-979  (116498-116642)   100% ->
980-1245  (117055-117320)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGCAGACTTGGATTATGACATCGAAGAGGATAAACT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGTTTGCAGACTTGGATTATGACATCGAAGAGGATAAACTGTG...TAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGGAATCCCGACTGTGCCTGGGAAGGTGACCCTGCAGAAGGATGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101425 CGGAATCCCGACTGTGCCTGGGAAGGTGACCCTGCAGAAGGATGCTCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTGATCGGGATCAGCATTGGAGGAGGGGCCCAGTACTGTCCCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101475 ACCTGATCGGGATCAGCATTGGAGGAGGGGCCCAGTACTGTCCCTGCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATATCGTCCAG         GTATTTGACAACACCCCAGCAGCCTTGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101525 TATATCGTCCAGGTA...CAGGTATTTGACAACACCCCAGCAGCCTTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGGCACAGTGGCAGCTGGCGATGAGATCACCGGTGTCAATGGCAGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107222 CGGCACAGTGGCAGCTGGCGATGAGATCACCGGTGTCAATGGCAGGTCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAAAGGGAAAACTAAGGTGGAGGTGGCGAAGATGATTCAGGAGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107272 TCAAAGGGAAAACTAAGGTGGAGGTGGCGAAGATGATTCAGGAGGTGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283          GGGGAGGTGACCATCCACTACAACAAGCTGCAGGCGGACCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107322 GTA...CAGGGGGAGGTGACCATCCACTACAACAAGCTGCAGGCGGACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAGCAGGGCATGTCCCTGGACATTG         TGTTGAAGAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109936 CAAGCAGGGCATGTCCCTGGACATTGGTA...CAGTGTTGAAGAAAGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGCACCGGCTGGTGGAGAACATGAGTTCAGGGACCGCAGATGCTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111239 AGCACCGGCTGGTGGAGAACATGAGTTCAGGGACCGCAGATGCTCTGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGAGCCGGGCCATCCTGTGCAATG         ATGGGCTTGTCAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111289 CTGAGCCGGGCCATCCTGTGCAATGGTG...CAGATGGGCTTGTCAAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCTAGAGGAGCTGGAGCGGACCGCTGAGCTATACAAAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113045 GCTAGAGGAGCTGGAGCGGACCGCTGAGCTATACAAAGGTG...CAGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGACGGAACACACCAAGAACCTCCTACGGGCCTTTTATGAGCTGTCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113876 TGACGGAACACACCAAGAACCTCCTACGGGCCTTTTATGAGCTGTCGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ACTCACCGGG         CCTTTGGGGACGTGTTCTCCGTGATCGGGGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 113926 ACTCACCGGGGTA...CAGCCTTTGGGGACGTGTTCTCCGTGATCGGGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GCGGGAGCCCCAGCCAGCTGCGAGCGAGGCTTTTGTGAAGTTCGCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114699 GCGGGAGCCCCAGCCAGCTGCGAGCGAGGCTTTTGTGAAGTTCGCCGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCCACCGCAGCATCGAGAAGTTCGGCATTCGGCTTCTGAAAACCATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114749 CCCACCGCAGCATCGAGAAGTTCGGCATTCGGCTTCTGAAAACCATCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CCG         ATGCTGACGGATCTGAACACGTACCTCAACAAAGCCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114799 CCGGTA...CAGATGCTGACGGATCTGAACACGTACCTCAACAAAGCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CCCGGACACTCGCCTCACCATCAAGAAGTACCTGGACGTGAAGTTTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115229 CCCGGACACTCGCCTCACCATCAAGAAGTACCTGGACGTGAAGTTTGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACCTG         TCGTACTGCCTGAAGGTGAAGGAGATGGATGACGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115279 ACCTGGTG...CAGTCGTACTGCCTGAAGGTGAAGGAGATGGATGACGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GAATACAGCTGCATT         GCCCTAGGCGAGCCCCTTTACCGGGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 116000 GAATACAGCTGCATTGTG...CAGGCCCTAGGCGAGCCCCTTTACCGGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GAGCACCGGCAACTATGAGTACCGCCTGATCCTGCGCTGCCGCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116524 GAGCACCGGCAACTATGAGTACCGCCTGATCCTGCGCTGCCGCCAGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CGCGCGCCCGCTTCTCCCAGATGCGCAAGGATGTGCTGGAGAAGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116574 CGCGCGCCCGCTTCTCCCAGATGCGCAAGGATGTGCTGGAGAAGATGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTGCTGGACCAGAAGCACG         TCCAGGACATCGTGTTCCAGCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116624 CTGCTGGACCAGAAGCACGGTG...CAGTCCAGGACATCGTGTTCCAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GCAGCGCCTCGTGTCCACCATGTCCAAGTACTACAACGACTGCTACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117077 GCAGCGCCTCGTGTCCACCATGTCCAAGTACTACAACGACTGCTACGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TGCTGCGGGATGCCGACGTCTTCCCCATCGAGGTAGACCTGGCGCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117127 TGCTGCGGGATGCCGACGTCTTCCCCATCGAGGTAGACCTGGCGCACACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ACATTGGCCTATGGCCTCAACCAGGAGGAGTTCACAGATGGGGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117177 ACATTGGCCTATGGCCTCAACCAGGAGGAGTTCACAGATGGGGAGGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGAGGAGGAGGAAGACACGGCAGCTGGGGAGCCGTCCAGGGATACACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117227 GGAGGAGGAGGAAGACACGGCAGCTGGGGAGCCGTCCAGGGATACACGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GGGCTGCTGGGCCCTTGGACAAGGGTGGAAGCTGGTGTGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117277 GGGCTGCTGGGCCCTTGGACAAGGGTGGAAGCTGGTGTGACTCC