seq1 = pF1KB5319.tfa, 1278 bp
seq2 = pF1KB5319/gi568815594f_145414614.tfa (gi568815594f:145414614_145657931), 243318 bp

>pF1KB5319 1278
>gi568815594f:145414614_145657931 (Chr4)

1-400  (100001-100400)   100% ->
401-658  (125191-125448)   100% ->
659-880  (132090-132311)   100% ->
881-1137  (139171-139427)   100% ->
1138-1278  (143178-143318)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGTGACAAGTTTATTTTCCTTTACAAGTCCAGCTGTGAAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGTGACAAGTTTATTTTCCTTTACAAGTCCAGCTGTGAAGAGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTGGGTGGAAACAGGGCGATGAAGAAGAAAAATGGGCAGAGAAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTGGGTGGAAACAGGGCGATGAAGAAGAAAAATGGGCAGAGAAAGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGATGCTTTGGTGAAAAAACTGAAGAAAAAGAAAGGTGCCATGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGATGCTTTGGTGAAAAAACTGAAGAAAAAGAAAGGTGCCATGGAGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGAAAAGGCCTTGAGCTGCCCAGGGCAACCGAGTAACTGTGTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGAAAAGGCCTTGAGCTGCCCAGGGCAACCGAGTAACTGTGTCACCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCCCGCTCTCTGGATGGCAGGCTGCAAGTCTCCCACCGGAAGGGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCCCCGCTCTCTGGATGGCAGGCTGCAAGTCTCCCACCGGAAGGGACTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCATGTCATTTACTGCCGTGTGTGGCGCTGGCCCGATCTTCAGAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTCATGTCATTTACTGCCGTGTGTGGCGCTGGCCCGATCTTCAGAGCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CATGAACTAAAACCACTGGAATGCTGTGAGTTTCCTTTTGGTTCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CATGAACTAAAACCACTGGAATGCTGTGAGTTTCCTTTTGGTTCCAAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAGGAGGTCTGCATCAATCCCTACCACTATAAGAGAGTAGAAAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAGGAGGTCTGCATCAATCCCTACCACTATAAGAGAGTAGAAAGCCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401          TACTTCCTCCTGTGCTGGTTCCAAGACACAGCGAATATAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTA...TAGTACTTCCTCCTGTGCTGGTTCCAAGACACAGCGAATATAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCTCAGCACAGCCTCTTAGCTCAGTTCCGTAACTTAGGACAAAATGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125232 CCTCAGCACAGCCTCTTAGCTCAGTTCCGTAACTTAGGACAAAATGAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCACATGCCACTCAACGCCACTTTTCCAGATTCTTTCCAGCAACCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125282 TCACATGCCACTCAACGCCACTTTTCCAGATTCTTTCCAGCAACCCAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCACCCGTTTCCTCACTCTCCCAATAGCAGTTACCCAAACTCTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125332 GCCACCCGTTTCCTCACTCTCCCAATAGCAGTTACCCAAACTCTCCTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGCAGCAGCAGCACCTACCCTCACTCTCCCACCAGCTCAGACCCAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125382 AGCAGCAGCAGCACCTACCCTCACTCTCCCACCAGCTCAGACCCAGGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCCTTTCCAGATGCCAG         ATGTTCAGGCGGTTGCTTATGAGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 125432 CCCTTTCCAGATGCCAGGTA...TAGATGTTCAGGCGGTTGCTTATGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AACCAAAACACTGGTGCTCTATTGTCTACTATGAGCTCAACAATCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132114 AACCAAAACACTGGTGCTCTATTGTCTACTATGAGCTCAACAATCGTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGTGAAGCGTTCCATGCCTCCTCCACAAGTGTGTTGGTGGATGGTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132164 GGTGAAGCGTTCCATGCCTCCTCCACAAGTGTGTTGGTGGATGGTTTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGATCCTTCCAACAATAAGAACCGTTTCTGCCTTGGGCTGCTCTCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132214 TGATCCTTCCAACAATAAGAACCGTTTCTGCCTTGGGCTGCTCTCCAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTAACCGGAATTCCACTATTGAAAACACCAGGCGGCATATTGGAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 132264 TTAACCGGAATTCCACTATTGAAAACACCAGGCGGCATATTGGAAAAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    881        GAGTTCATCTTTATTATGTTGGAGGGGAGGTGTATGCCGAATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132314 G...TAGGAGTTCATCTTTATTATGTTGGAGGGGAGGTGTATGCCGAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCTTAGTGACAGTAGCATCTTTGTGCAAAGTCGGAACTGCAACTACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139214 CCTTAGTGACAGTAGCATCTTTGTGCAAAGTCGGAACTGCAACTACCATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ATGGATTTCATCCTACTACTGTTTGCAAGATCCCTAGTGGGTGTAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139264 ATGGATTTCATCCTACTACTGTTTGCAAGATCCCTAGTGGGTGTAGTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AAAATTTTTAACAACCAAGAATTTGCTCAGTTATTGGCACAGTCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139314 AAAATTTTTAACAACCAAGAATTTGCTCAGTTATTGGCACAGTCTGTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCATGGATTTGAGACAGTCTATGAGCTTACAAAAATGTGTACTATACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139364 CCATGGATTTGAGACAGTCTATGAGCTTACAAAAATGTGTACTATACGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TGAGCTTTGTGAAG         GGCTGGGGAGCAGAATACCACCGCCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 139414 TGAGCTTTGTGAAGGTA...TAGGGCTGGGGAGCAGAATACCACCGCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GATGTTACTAGCACCCCCTGCTGGATTGAGATACATCTGCACGGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143205 GATGTTACTAGCACCCCCTGCTGGATTGAGATACATCTGCACGGCCCCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CCAGTGGCTGGATAAAGTTCTTACTCAAATGGGTTCACCTCATAATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143255 CCAGTGGCTGGATAAAGTTCTTACTCAAATGGGTTCACCTCATAATCCTA

   1300     .    :
   1265 TTTCATCTGTATCT
        ||||||||||||||
 143305 TTTCATCTGTATCT