seq1 = pF1KB5316.tfa, 1350 bp
seq2 = pF1KB5316/gi568815583r_49027953.tfa (gi568815583r:49027953_49255578), 227626 bp

>pF1KB5316 1350
>gi568815583r:49027953_49255578 (Chr15)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-168  (110501-110614)   100% ->
169-246  (111275-111352)   100% ->
247-372  (115926-116051)   100% ->
373-483  (118121-118231)   100% ->
484-561  (118352-118429)   100% ->
562-736  (121065-121239)   100% ->
737-915  (121471-121649)   100% ->
916-968  (121768-121820)   100% ->
969-1066  (124763-124860)   100% ->
1067-1149  (126020-126102)   100% ->
1150-1208  (126819-126877)   100% ->
1209-1350  (127485-127626)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGACATGGAGGATGATTTCATGTGCGATGATGAGGAGGACTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGACATGGAGGATGATTTCATGTGCGATGATGAGGAGGACTACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTG         GAATACTCTGAAGATAGTAACTCCGAGCCAAATGTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGTG...CAGGAATACTCTGAAGATAGTAACTCCGAGCCAAATGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTTGGAAAATCAGTACTATAATTCCAAAGCATTAAAAGAAGATGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110538 ATTTGGAAAATCAGTACTATAATTCCAAAGCATTAAAAGAAGATGACCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGCGGCATTAAGCAGTTTCCAAAAG         GTTTTGGAACTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110588 AAAGCGGCATTAAGCAGTTTCCAAAAGGTT...TAGGTTTTGGAACTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGTGAAAAAGGAGAATGGGGATTTAAAGCACTGAAACAAATGATTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111289 AGGTGAAAAAGGAGAATGGGGATTTAAAGCACTGAAACAAATGATTAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTAACTTCAAGTTG         ACAAACTTTCCAGAAATGATGAATAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111339 TTAACTTCAAGTTGGTA...CAGACAAACTTTCCAGAAATGATGAATAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TATAAGCAGCTATTGACCTATATTCGGAGTGCAGTCACAAGAAATTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115953 TATAAGCAGCTATTGACCTATATTCGGAGTGCAGTCACAAGAAATTATTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAAAAATCCATTAATTCTATTCTTGATTATATCTCTACTTCTAAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116003 TGAAAAATCCATTAATTCTATTCTTGATTATATCTCTACTTCTAAACAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         AATTCTGATTTTTTATGTCAGATGGATTTACTGCAGGAATTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116053 TT...TAGAATTCTGATTTTTTATGTCAGATGGATTTACTGCAGGAATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TATGAAACAACACTGGAAGCTTTGAAAGATGCTAAGAATGATAGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118163 TATGAAACAACACTGGAAGCTTTGAAAGATGCTAAGAATGATAGACTGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTTTAAGACAAACACAAAG         CTTGGAAAATTATATTTAGAAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 118213 GTTTAAGACAAACACAAAGGTA...CAGCTTGGAAAATTATATTTAGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAGAGGAATATGGAAAGCTTCAAAAAATTTTACGCCAGTTACATCAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118374 GAGAGGAATATGGAAAGCTTCAAAAAATTTTACGCCAGTTACATCAGTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGCCAG         ACTGATGATGGAGAAGATGATCTGAAAAAAGGTAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118424 TGCCAGGTA...TAGACTGATGATGGAGAAGATGATCTGAAAAAAGGTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACAGTTATTAGAAATATATGCTTTGGAAATTCAAATGTACACAGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121100 ACAGTTATTAGAAATATATGCTTTGGAAATTCAAATGTACACAGCACAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAAATAACAAAAAACTTAAAGCACTCTATGAACAGTCACTTCACATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121150 AAAATAACAAAAAACTTAAAGCACTCTATGAACAGTCACTTCACATCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCTGCCATCCCTCATCCACTGATTATGGGAGTTATCAGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 121200 TCTGCCATCCCTCATCCACTGATTATGGGAGTTATCAGAGGCA...CAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATGTGGTGGTAAAATGCACTTGAGGGAAGGTGAATTTGAAAAGGCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121472 ATGTGGTGGTAAAATGCACTTGAGGGAAGGTGAATTTGAAAAGGCACACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGATTTTTTTGAAGCCTTCAAGAATTATGATGAATCTGGAAGTCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121522 CTGATTTTTTTGAAGCCTTCAAGAATTATGATGAATCTGGAAGTCCAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CGAACCACTTGCTTAAAATATTTGGTCTTAGCAAATATGCTTATGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121572 CGAACCACTTGCTTAAAATATTTGGTCTTAGCAAATATGCTTATGAAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGGAATAAATCCATTTGACTCACAGGAG         GCCAAGCCGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 121622 GGGAATAAATCCATTTGACTCACAGGAGGTA...TAGGCCAAGCCGTACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAAATGATCCAGAAATTTTAGCAATGACGAATTTAGTAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 121781 AAAATGATCCAGAAATTTTAGCAATGACGAATTTAGTAAGGTA...TAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCCTATCAGAATAATGACATCACTGAATTTGAAAAGATTCTAAAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124764 GCCTATCAGAATAATGACATCACTGAATTTGAAAAGATTCTAAAAACAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCACAGCAACATCATGGATGATCCTTTCATAAGAGAACACATTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 124814 TCACAGCAACATCATGGATGATCCTTTCATAAGAGAACACATTGAAGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1067       AGCTTTTGCGAAACATCAGAACACAAGTGCTTATAAAATTAATT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124864 ...CAGAGCTTTTGCGAAACATCAGAACACAAGTGCTTATAAAATTAATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AAGCCTTACACAAGAATACATATTCCTTTTATTTCTAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 126064 AAGCCTTACACAAGAATACATATTCCTTTTATTTCTAAGGTA...TAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GTTAAACATAGATGTAGCTGATGTGGAGAGCTTGCTGGTGCAGTGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126821 GTTAAACATAGATGTAGCTGATGTGGAGAGCTTGCTGGTGCAGTGCATAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGGATAA         CACTATTCATGGCCGAATTGATCAAGTCAACCAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126871 TGGATAAGTA...TAGCACTATTCATGGCCGAATTGATCAAGTCAACCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTCCTTGAACTGGATCATCAGAAGAGGGGTGGTGCACGATATACTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127519 CTCCTTGAACTGGATCATCAGAAGAGGGGTGGTGCACGATATACTGCACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGATAAATGGACCAACCAACTAAATTCTCTCAACCAGGCTGTAGTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127569 AGATAAATGGACCAACCAACTAAATTCTCTCAACCAGGCTGTAGTCAGTA

   1450     .
   1343 AACTGGCT
        ||||||||
 127619 AACTGGCT