seq1 = pF1KB5305.tfa, 1563 bp
seq2 = pF1KB5305/gi568815589f_113176547.tfa (gi568815589f:113176547_113391657), 215111 bp

>pF1KB5305 1563
>gi568815589f:113176547_113391657 (Chr9)

1-27  (99198-99224)   100% ->
28-205  (100002-100179)   100% ->
206-392  (102399-102585)   100% ->
393-480  (106100-106187)   100% ->
481-560  (106586-106665)   100% ->
561-654  (106843-106936)   100% ->
655-749  (107749-107843)   100% ->
750-808  (109686-109744)   100% ->
809-932  (110159-110282)   100% ->
933-1022  (111629-111718)   100% ->
1023-1145  (113920-114042)   100% ->
1146-1253  (114154-114261)   100% ->
1254-1372  (114352-114470)   100% ->
1373-1563  (114921-115111)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCCTCGCGAGCCTCTTCCACG         GCAACCAAAACTAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  99198 ATGGCTTCCTCGCGAGCCTCTTCCACGGTA...CAGGCAACCAAAACTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGCACCCGACGACTTAGTTGCTCCGGTCGTGAAGAAACCACACATCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 AGCACCCGACGACTTAGTTGCTCCGGTCGTGAAGAAACCACACATCTATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGAAGTTTGGAAGAGAAGGAGAGGGAGCGTCTGGCCAAAGGAGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 ATGGAAGTTTGGAAGAGAAGGAGAGGGAGCGTCTGGCCAAAGGAGAGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGATTTTGGGGAAAGACGGACTTAAAGCAGGGATCGAAGCTGGAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100116 GGGATTTTGGGGAAAGACGGACTTAAAGCAGGGATCGAAGCTGGAAATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAATATAACCTCTG         GAGAAGTGTTTGAAATTGAAGAGCATA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100166 TAATATAACCTCTGGTA...TAGGAGAAGTGTTTGAAATTGAAGAGCATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAGCGAGCGACAGGCAGAAGTATTGGCTGAGTTTGAGAGAAGGAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102426 TCAGCGAGCGACAGGCAGAAGTATTGGCTGAGTTTGAGAGAAGGAAGCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCGGCAGATCAATGTTTCCACAGATGACTCAGAGGTCAAAGCTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102476 GCCCGGCAGATCAATGTTTCCACAGATGACTCAGAGGTCAAAGCTTGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAGAGCCTTGGGGGAACCCATCACACTTTTTGGAGAGGGTCCTGCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102526 TAGAGCCTTGGGGGAACCCATCACACTTTTTGGAGAGGGTCCTGCTGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAAGAGAAAG         GTTAAGAAATATCCTCTCAGTTGTCGGTACT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102576 GAAGAGAAAGGTT...CAGGTTAAGAAATATCCTCTCAGTTGTCGGTACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGCCTTGAAAAAGACCAAAAAGGATGATGAGAAGTCTAAAAAGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106131 GATGCCTTGAAAAAGACCAAAAAGGATGATGAGAAGTCTAAAAAGTCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAAGAG         TATCAGCAAACCTGGTATCATGAAGGACCAAATA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106181 AGAAGAGGTA...CAGTATCAGCAAACCTGGTATCATGAAGGACCAAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTTGAAGGTGGCAAGACTATGGATTGCTAATTATTCGTTGCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106620 GCTTGAAGGTGGCAAGACTATGGATTGCTAATTATTCGTTGCCCAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    561      GGCAATGAAACGCTTGGAAGAGGCCCGACTCCATAAGGAGATTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106670 ..CAGGGCAATGAAACGCTTGGAAGAGGCCCGACTCCATAAGGAGATTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAGACAACAAGGACCTCCCAGATGCAAGAGCTGCACAAGTCTCTCCGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106888 TGAGACAACAAGGACCTCCCAGATGCAAGAGCTGCACAAGTCTCTCCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655         TCTTTGAATAATTTTTGCAGTCAGATTGGGGATGATCGGCCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106938 TA...AAGTCTTTGAATAATTTTTGCAGTCAGATTGGGGATGATCGGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATCTCCTACTGTCACTTTAGTCCCAATTCCAAGATGCTGGCCACAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107791 ATCTCCTACTGTCACTTTAGTCCCAATTCCAAGATGCTGGCCACAGCTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTG         GAGTGGGCTTTGCAAGCTCTGGTCTGTTCCTGATTGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107841 TTGGTA...TAGGAGTGGGCTTTGCAAGCTCTGGTCTGTTCCTGATTGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACCTCCTTCACACTCTTCGAG         GGCATAACACAAATGTAGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109724 ACCTCCTTCACACTCTTCGAGGTA...TAGGGCATAACACAAATGTAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCAATTGTATTCCATCCCAAATCCACTGTCTCCTTGGACCCAAAAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110179 GCAATTGTATTCCATCCCAAATCCACTGTCTCCTTGGACCCAAAAGATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAACCTGGCCTCTTGTGCGGCTGATGGCTCTGTGAAGCTTTGGAGTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110229 CAACCTGGCCTCTTGTGCGGCTGATGGCTCTGTGAAGCTTTGGAGTCTCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACAG         TGATGAACCAGTGGCAGATATTGAAGGCCATACAGTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110279 ACAGGTG...CAGTGATGAACCAGTGGCAGATATTGAAGGCCATACAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGTGTGGCGCGGGTAATGTGGCATCCTTCAGGACGTTTCCTGGGCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111666 CGTGTGGCGCGGGTAATGTGGCATCCTTCAGGACGTTTCCTGGGCACCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTG         CTATGACCGTTCATGGCGCTTATGGGATTTGGAGGCTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111716 CTGGTG...TAGCTATGACCGTTCATGGCGCTTATGGGATTTGGAGGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AAGAGGAGATCCTGCATCAGGAAGGCCATAGCATGGGTGTGTATGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113958 AAGAGGAGATCCTGCATCAGGAAGGCCATAGCATGGGTGTGTATGACATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCCTTCCATCAAGATGGCTCTTTGGCTGGCACTGG         GGGACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114008 GCCTTCCATCAAGATGGCTCTTTGGCTGGCACTGGGTA...CAGGGGACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGATGCATTTGGTCGAGTTTGGGACCTACGCACAGGACGTTGTATCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114160 GGATGCATTTGGTCGAGTTTGGGACCTACGCACAGGACGTTGTATCATGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCTTAGAAGGCCACCTGAAAGAAATCTATGGAATAAATTTCTCCCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114210 TCTTAGAAGGCCACCTGAAAGAAATCTATGGAATAAATTTCTCCCCCAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GG         CTATCACATTGCAACCGGCAGTGGTGACAACACCTGCAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114260 GGGTA...CAGCTATCACATTGCAACCGGCAGTGGTGACAACACCTGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGTGTGGGACCTCCGACAGCGGCGTTGCGTCTACACCATCCCTGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114391 AGTGTGGGACCTCCGACAGCGGCGTTGCGTCTACACCATCCCTGCTCATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AGAACTTAGTGACTGGTGTCAAGTTTGAGC         CTATCCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 114441 AGAACTTAGTGACTGGTGTCAAGTTTGAGCGTA...TAGCTATCCATGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AACTTCTTGCTTACTGGTGCCTATGATAACACAGCCAAGATCTGGACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114932 AACTTCTTGCTTACTGGTGCCTATGATAACACAGCCAAGATCTGGACGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCCAGGCTGGTCCCCGCTGAAGACTCTGGCTGGCCACGAAGGCAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114982 CCCAGGCTGGTCCCCGCTGAAGACTCTGGCTGGCCACGAAGGCAAAGTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGGGCCTAGATATTTCTTCCGATGGGCAGCTCATAGCCACTTGCTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115032 TGGGCCTAGATATTTCTTCCGATGGGCAGCTCATAGCCACTTGCTCATAT

   1650     .    :    .    :    .    :
   1534 GACAGGACCTTCAAGCTGTGGATGGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 115082 GACAGGACCTTCAAGCTGTGGATGGCTGAA