seq1 = pF1KB5302.tfa, 927 bp
seq2 = pF1KB5302/gi568815593r_134097775.tfa (gi568815593r:134097775_134325861), 228087 bp

>pF1KB5302 927
>gi568815593r:134097775_134325861 (Chr5)

(complement)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-312  (119731-119940)   100% ->
313-486  (123841-124014)   100% ->
487-576  (124788-124877)   100% ->
577-738  (125366-125527)   100% ->
739-857  (126658-126776)   100% ->
858-927  (128018-128087)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGAGAAGGTGTTCACCAAGGAGCTGGACCAGTGGATCGAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGAGAAGGTGTTCACCAAGGAGCTGGACCAGTGGATCGAGCAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACGAGTGCAAGCAGCTGTCCGAGTCCCAGGTCAAGAGCCTCTGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAACGAGTGCAAGCAGCTGTCCGAGTCCCAGGTCAAGAGCCTCTGCGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         GCTAAAGAAATCCTGACAAAAGAATCCAACGTGCAAGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTG...TAGGCTAAAGAAATCCTGACAAAAGAATCCAACGTGCAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTCGATGTCCAGTTACTGTCTGTGGAGATGTGCATGGGCAATTTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119770 GTTCGATGTCCAGTTACTGTCTGTGGAGATGTGCATGGGCAATTTCATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTCATGGAACTGTTTAGAATTGGTGGCAAATCACCAGATACAAATTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119820 TCTCATGGAACTGTTTAGAATTGGTGGCAAATCACCAGATACAAATTACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTTTATGGGAGATTATGTTGACAGAGGATATTATTCAGTTGAAACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119870 TGTTTATGGGAGATTATGTTGACAGAGGATATTATTCAGTTGAAACAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACACTGCTTGTAGCTCTTAAG         GTTCGTTACCGTGAACGCAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 119920 ACACTGCTTGTAGCTCTTAAGGTA...TAGGTTCGTTACCGTGAACGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCATTCTTCGAGGGAATCATGAGAGCAGACAGATCACACAAGTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123861 CACCATTCTTCGAGGGAATCATGAGAGCAGACAGATCACACAAGTTTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTTTCTATGATGAATGTTTAAGAAAATATGGAAATGCAAATGTTTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123911 GTTTCTATGATGAATGTTTAAGAAAATATGGAAATGCAAATGTTTGGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TATTTTACAGATCTTTTTGACTATCTTCCTCTCACTGCCTTGGTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123961 TATTTTACAGATCTTTTTGACTATCTTCCTCTCACTGCCTTGGTGGATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCAG         ATCTTCTGTCTACATGGTGGTCTCTCGCCATCTATAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124011 GCAGGTA...CAGATCTTCTGTCTACATGGTGGTCTCTCGCCATCTATAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATACACTGGATCATATCAGAGCACTTGATCGCCTACAAGAAGTTCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124825 ATACACTGGATCATATCAGAGCACTTGATCGCCTACAAGAAGTTCCCCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAG         GGTCCAATGTGTGACTTGCTGTGGTCAGATCCAGATGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124875 GAGGTA...TAGGGTCCAATGTGTGACTTGCTGTGGTCAGATCCAGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCGTGGTGGTTGGGGTATATCTCCTCGAGGAGCTGGTTACACCTTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125404 CCGTGGTGGTTGGGGTATATCTCCTCGAGGAGCTGGTTACACCTTTGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGATATTTCTGAGACATTTAATCATGCCAATGGCCTCACGTTGGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125454 AAGATATTTCTGAGACATTTAATCATGCCAATGGCCTCACGTTGGTGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGAGCTCACCAGCTAGTGATGGAG         GGATATAACTGGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 125504 AGAGCTCACCAGCTAGTGATGGAGGTA...CAGGGATATAACTGGTGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGACCGGAATGTAGTAACGATTTTCAGTGCTCCAAACTATTGTTATCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126675 TGACCGGAATGTAGTAACGATTTTCAGTGCTCCAAACTATTGTTATCGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGGTAACCAAGCTGCAATCATGGAACTTGACGATACTCTAAAATACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126725 GTGGTAACCAAGCTGCAATCATGGAACTTGACGATACTCTAAAATACTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TT         CTTGCAGTTTGACCCAGCACCTCGTAGAGGCGAGCCACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126775 TTGTA...CAGCTTGCAGTTTGACCCAGCACCTCGTAGAGGCGAGCCACA

    950     .    :    .    :    .    :
    897 TGTTACTCGTCGTACCCCAGACTACTTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 128057 TGTTACTCGTCGTACCCCAGACTACTTCCTG