seq1 = pF1KB5299.tfa, 1356 bp
seq2 = pF1KB5299/gi568815586f_11652448.tfa (gi568815586f:11652448_11991043), 338596 bp

>pF1KB5299 1356
>gi568815586f:11652448_11991043 (Chr12)

32-163  (100001-100132)   100% ->
164-328  (186693-186857)   99% ->
329-463  (200980-201114)   100% ->
464-1009  (216977-217522)   100% ->
1010-1152  (231998-232140)   100% ->
1153-1253  (233479-233579)   100% ->
1254-1356  (238494-238596)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     32 AGCAGGAACGAATTTCATATACACCTCCAGAGAGCCCAGTGCCGAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGCAGGAACGAATTTCATATACACCTCCAGAGAGCCCAGTGCCGAGTTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     82 GCTTCCTCGACGCCACTTCATGTTCCAGTGCCTCGAGCGCTCAGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTTCCTCGACGCCACTTCATGTTCCAGTGCCTCGAGCGCTCAGGATGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    132 GGAAGACTCGATCCGCCTGCCTGCGCACCTGC         GCTTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 GGAAGACTCGATCCGCCTGCCTGCGCACCTGCGTG...CAGGCTTGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    173 CAATTTACTGGAGCAGGGATGACGTAGCCCAGTGGCTCAAGTGGGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186702 CAATTTACTGGAGCAGGGATGACGTAGCCCAGTGGCTCAAGTGGGCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    223 AATGAGTTTTCTTTAAGGCCAATTGACAGCAACACATTTGAAATGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 186752 AATGAGTTTTCTTTAAGGCCAATTGACAGCAACACGTTTGAAATGAATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    273 CAAAGCTCTCCTGCTGCTGACCAAAGAGGACTTTCGCTATCGATCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186802 CAAAGCTCTCCTGCTGCTGACCAAAGAGGACTTTCGCTATCGATCTCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323 ATTCAG         GTGATGTGCTCTATGAACTCCTTCAGCATATTCTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186852 ATTCAGGTG...CAGGTGATGTGCTCTATGAACTCCTTCAGCATATTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    364 AAGCAGAGGAAACCTCGGATTCTTTTTTCACCATTCTTCCACCCTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201015 AAGCAGAGGAAACCTCGGATTCTTTTTTCACCATTCTTCCACCCTGGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    414 CTCTATACACACACAGCCGGAGGTCATACTGCATCAGAACCATGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201065 CTCTATACACACACAGCCGGAGGTCATACTGCATCAGAACCATGAAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464          ATAACTGTGTCCAGAGGACCCCCAGGCCATCCGTGGATAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201115 GTA...CAGATAACTGTGTCCAGAGGACCCCCAGGCCATCCGTGGATAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505 GTGCACCATAACCCTCCCACCATTGAACTGTTGCACCGCTCCAGGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217018 GTGCACCATAACCCTCCCACCATTGAACTGTTGCACCGCTCCAGGTCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 TATCACGACAAATCACCGGCCTTCTCCTGACCCCGAGCAGCGGCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217068 TATCACGACAAATCACCGGCCTTCTCCTGACCCCGAGCAGCGGCCCCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 GGTCCCCCCTGGACAACATGATCCGCCGCCTCTCCCCGGCTGAGAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217118 GGTCCCCCCTGGACAACATGATCCGCCGCCTCTCCCCGGCTGAGAGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 CAGGGACCCAGGCCGCACCAGGAGAACAACCACCAGGAGTCCTACCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217168 CAGGGACCCAGGCCGCACCAGGAGAACAACCACCAGGAGTCCTACCCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 GTCAGTGTCTCCCATGGAGAATAATCACTGCCCAGCGTCCTCCGAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217218 GTCAGTGTCTCCCATGGAGAATAATCACTGCCCAGCGTCCTCCGAGTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 ACCCGAAGCCATCCAGCCCCCGGCAGGAGAGCACACGCGTGATCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217268 ACCCGAAGCCATCCAGCCCCCGGCAGGAGAGCACACGCGTGATCCAGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 ATGCCCAGCCCCATCATGCACCCTCTGATCCTGAACCCCCGGCACTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217318 ATGCCCAGCCCCATCATGCACCCTCTGATCCTGAACCCCCGGCACTCCGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 GGATTTCAAACAGTCCAGGCTCTCCGAGGACGGGCTGCATAGGGAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217368 GGATTTCAAACAGTCCAGGCTCTCCGAGGACGGGCTGCATAGGGAAGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905 AGCCCATCAACCTCTCTCATCGGGAAGACCTGGCTTACATGAACCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217418 AGCCCATCAACCTCTCTCATCGGGAAGACCTGGCTTACATGAACCACATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    955 ATGGTCTCTGTCTCCCCGCCTGAAGAGCACGCCATGCCCATTGGGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217468 ATGGTCTCTGTCTCCCCGCCTGAAGAGCACGCCATGCCCATTGGGAGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1005 AGCAG         ACTGTAGACTGCTTTGGGATTACGTCTATCAGTTGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217518 AGCAGGTG...TAGACTGTAGACTGCTTTGGGATTACGTCTATCAGTTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1046 TTTCTGACAGCCGGTACGAAAACTTCATCCGATGGGAGGACAAAGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232034 TTTCTGACAGCCGGTACGAAAACTTCATCCGATGGGAGGACAAAGAATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096 AAAATATTCCGGATAGTGGATCCCAACGGACTGGCTCGACTGTGGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232084 AAAATATTCCGGATAGTGGATCCCAACGGACTGGCTCGACTGTGGGGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1146 CCATAAG         AACAGAACAAACATGACCTATGAGAAAATGTCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232134 CCATAAGGTA...CAGAACAGAACAAACATGACCTATGAGAAAATGTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187 GAGCCCTGCGCCACTACTACAAACTAAACATTATCAGGAAGGAGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233513 GAGCCCTGCGCCACTACTACAAACTAAACATTATCAGGAAGGAGCCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237 CAAAGGCTTTTGTTCAG         GTTTATGAAAACCCCAGATGAAAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 233563 CAAAGGCTTTTGTTCAGGTA...AAGGTTTATGAAAACCCCAGATGAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1278 CATGAGTGGCCGAACAGACCGTCTGGAGCACCTAGAGTCCCAGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238518 CATGAGTGGCCGAACAGACCGTCTGGAGCACCTAGAGTCCCAGGAGCTGG

   1350     .    :    .    :    .
   1328 ATGAACAAATATACCAAGAAGATGAATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 238568 ATGAACAAATATACCAAGAAGATGAATGC