seq1 = pF1KB5297.tfa, 900 bp
seq2 = pF1KB5297/gi568815594r_87237279.tfa (gi568815594r:87237279_87491070), 253792 bp

>pF1KB5297 900
>gi568815594r:87237279_87491070 (Chr4)

(complement)

1-210  (100001-100210)   100% ->
211-318  (108709-108816)   100% ->
319-450  (116241-116372)   100% ->
451-557  (118256-118362)   100% ->
558-695  (133655-133792)   100% ->
696-812  (150465-150581)   100% ->
813-900  (153705-153792)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAATTTCTTCTGGACATCCTCCTGCTTCTCCCGTTACTGATCGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAATTTCTTCTGGACATCCTCCTGCTTCTCCCGTTACTGATCGTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCCTAGAGTCCTTCGTGAAGCTTTTTATTCCTAAGAGGAGAAAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCCTAGAGTCCTTCGTGAAGCTTTTTATTCCTAAGAGGAGAAAATCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCGGCGAAATCGTGCTGATTACAGGAGCTGGGCATGGAATTGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACCGGCGAAATCGTGCTGATTACAGGAGCTGGGCATGGAATTGGGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGACTGCCTATGAATTTGCTAAACTTAAAAGCAAGCTGGTTCTCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGACTGCCTATGAATTTGCTAAACTTAAAAGCAAGCTGGTTCTCTGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TATAAATAAG         CATGGACTGGAGGAAACAGCTGCCAAATGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TATAAATAAGGTA...TAGCATGGACTGGAGGAAACAGCTGCCAAATGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGACTGGGTGCCAAGGTTCATACCTTTGTGGTAGACTGCAGCAACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108740 AGGGACTGGGTGCCAAGGTTCATACCTTTGTGGTAGACTGCAGCAACCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGATATTTACAGCTCTGCAAAGAAG         GTGAAGGCAGAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108790 GAAGATATTTACAGCTCTGCAAAGAAGGTG...AAGGTGAAGGCAGAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGAGATGTTAGTATTTTAGTAAATAATGCTGGTGTAGTCTATACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116255 TGGAGATGTTAGTATTTTAGTAAATAATGCTGGTGTAGTCTATACATCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTTGTTTGCTACACAAGATCCTCAGATTGAAAAGACTTTTGAAGTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116305 ATTTGTTTGCTACACAAGATCCTCAGATTGAAAAGACTTTTGAAGTTAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTACTTGCACATTTCTGG         ACTACAAAGGCATTTCTTCCTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 116355 GTACTTGCACATTTCTGGGTG...TAGACTACAAAGGCATTTCTTCCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AATGACGAAGAATAACCATGGCCATATTGTCACTGTGGCTTCGGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118279 AATGACGAAGAATAACCATGGCCATATTGTCACTGTGGCTTCGGCAGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GACATGTCTCGGTCCCCTTCTTACTGGCTTACTG         TTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118329 GACATGTCTCGGTCCCCTTCTTACTGGCTTACTGGTA...CAGTTCAAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGTTTGCTGCTGTTGGATTTCATAAAACTTTGACAGATGAACTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133662 AAGTTTGCTGCTGTTGGATTTCATAAAACTTTGACAGATGAACTGGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTACAAATAACTGGAGTCAAAACAACATGTCTGTGTCCTAATTTCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133712 CTTACAAATAACTGGAGTCAAAACAACATGTCTGTGTCCTAATTTCGTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACACTGGCTTCATCAAAAATCCAAGTACAAG         TTTGGGACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 133762 ACACTGGCTTCATCAAAAATCCAAGTACAAGGTA...CAGTTTGGGACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACTCTGGAACCTGAGGAAGTGGTAAACAGGCTGATGCATGGGATTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150475 ACTCTGGAACCTGAGGAAGTGGTAAACAGGCTGATGCATGGGATTCTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGAGCAGAAGATGATTTTTATTCCATCTTCTATAGCTTTTTTAACAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150525 TGAGCAGAAGATGATTTTTATTCCATCTTCTATAGCTTTTTTAACAACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGAAAG         GATCCTTCCTGAGCGTTTCCTGGCAGTTTTAAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150575 TGGAAAGGTA...TAGGATCCTTCCTGAGCGTTTCCTGGCAGTTTTAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CGAAAAATCAGTGTTAAGTTTGATGCAGTTATTGGATATAAAATGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153739 CGAAAAATCAGTGTTAAGTTTGATGCAGTTATTGGATATAAAATGAAAGC

    950 
    897 GCAA
        ||||
 153789 GCAA