seq1 = pF1KB5294.tfa, 1029 bp
seq2 = pF1KB5294/gi568815595r_197411898.tfa (gi568815595r:197411898_197646443), 234546 bp

>pF1KB5294 1029
>gi568815595r:197411898_197646443 (Chr3)

(complement)

1-83  (100001-100083)   100% ->
84-156  (112883-112955)   100% ->
157-267  (113922-114032)   100% ->
268-409  (123663-123804)   100% ->
410-562  (132028-132180)   100% ->
563-1029  (134080-134546)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGCCACCCGCCTCTCCAGACCCCTGTCACGGCTCCCAGGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGCCACCCGCCTCTCCAGACCCCTGTCACGGCTCCCAGGAAAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTAAGTGCCTGTGATAGAGAAAATGGAGCAAG         ACGCCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100051 CCTAAGTGCCTGTGATAGAGAAAATGGAGCAAGGTA...CAGACGCCCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATTGCTTGGTTCTACTTCCTTTATCCCGATTGGCCGTCGGACTTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112891 TATTGCTTGGTTCTACTTCCTTTATCCCGATTGGCCGTCGGACTTATGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTGCGGCGGAGCCG         GTTGGCAGCAAAGCTGTCCTGGTCAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112941 AGTGCGGCGGAGCCGGTG...CAGGTTGGCAGCAAAGCTGTCCTGGTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGCTGTGACTCTGGATTTGGGTTCTCATTGGCCAAGCATCTGCATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113948 AGGCTGTGACTCTGGATTTGGGTTCTCATTGGCCAAGCATCTGCATTCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGGCTTCCTTGTGTTTGCTGGCTGCTTGATGAAG         GACAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113998 AAGGCTTCCTTGTGTTTGCTGGCTGCTTGATGAAGGTA...CAGGACAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGCCATGATGGGGTCAAGGAGCTGGACAGCCTAAACAGTGACCGATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123669 GGCCATGATGGGGTCAAGGAGCTGGACAGCCTAAACAGTGACCGATTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AACCGTCCAGCTCAATGTCTGCAGCAGCGAAGAGGTGGAGAAAGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123719 AACCGTCCAGCTCAATGTCTGCAGCAGCGAAGAGGTGGAGAAAGTGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGATTGTCCGCTCGAGCCTGAAGGACCCTGAGAAAG         GCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123769 AGATTGTCCGCTCGAGCCTGAAGGACCCTGAGAAAGGTA...CAGGCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGGGGCCTCGTTAACAATGCCGGCATCTCAACGTTCGGGGAGGTGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132033 TGGGGCCTCGTTAACAATGCCGGCATCTCAACGTTCGGGGAGGTGGAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACCAGCCTGGAGACCTACAAGCAGGTGGCAGAAGTGAACCTTTGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132083 CACCAGCCTGGAGACCTACAAGCAGGTGGCAGAAGTGAACCTTTGGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGTGCGGATGACGAAATCCTTTCTCCCCCTCATCCGAAGGGCCAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 132133 CAGTGCGGATGACGAAATCCTTTCTCCCCCTCATCCGAAGGGCCAAAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563        GCCGCGTCGTCAATATCAGCAGCATGCTGGGCCGCATGGCCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132183 G...TAGGCCGCGTCGTCAATATCAGCAGCATGCTGGGCCGCATGGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCCGGCCCGCTCCCCGTACTGCATCACCAAGTTCGGGGTAGAGGCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134123 CCCGGCCCGCTCCCCGTACTGCATCACCAAGTTCGGGGTAGAGGCTTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGGACTGCCTGCGCTATGAGATGTACCCCCTGGGCGTGAAGGTCAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134173 CGGACTGCCTGCGCTATGAGATGTACCCCCTGGGCGTGAAGGTCAGCGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGGAGCCCGGCAACTTCATCGCTGCCACCAGCCTTTACAGCCCTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134223 GTGGAGCCCGGCAACTTCATCGCTGCCACCAGCCTTTACAGCCCTGAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATTCAGGCCATCGCCAAGAAGATGTGGGAGGAGCTGCCTGAGGTCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134273 CATTCAGGCCATCGCCAAGAAGATGTGGGAGGAGCTGCCTGAGGTCGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCAAGGACTACGGCAAGAAGTACTTTGATGAAAAGATCGCCAAGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134323 GCAAGGACTACGGCAAGAAGTACTTTGATGAAAAGATCGCCAAGATGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACCTACTGCAGCAGTGGCTCCACAGACACGTCCCCTGTCATCGATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134373 ACCTACTGCAGCAGTGGCTCCACAGACACGTCCCCTGTCATCGATGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CACACACGCCCTGACCGCCACCACCCCCTACACCCGCTACCACCCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134423 CACACACGCCCTGACCGCCACCACCCCCTACACCCGCTACCACCCCATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACTACTACTGGTGGCTGCGAATGCAGATCATGACCCACTTGCCTGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134473 ACTACTACTGGTGGCTGCGAATGCAGATCATGACCCACTTGCCTGGAGCC

   1050     .    :    .    :
   1006 ATCTCCGACATGATCTACATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||
 134523 ATCTCCGACATGATCTACATCCGC