seq1 = pF1KB5288.tfa, 1650 bp
seq2 = pF1KB5288/gi568815596r_74326246.tfa (gi568815596r:74326246_74539622), 213377 bp

>pF1KB5288 1650
>gi568815596r:74326246_74539622 (Chr2)

(complement)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-272  (106957-107156)   100% ->
273-334  (108946-109007)   100% ->
335-388  (109105-109158)   100% ->
389-506  (109254-109371)   100% ->
507-716  (109586-109795)   100% ->
717-811  (110681-110775)   100% ->
812-918  (110886-110992)   100% ->
919-1047  (111227-111355)   100% ->
1048-1216  (112031-112199)   100% ->
1217-1321  (112350-112454)   100% ->
1322-1650  (113049-113377)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGACAGATTGCACATCCTGGAGGACCTGAATATGCTCTACATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGACAGATTGCACATCCTGGAGGACCTGAATATGCTCTACATTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGATGGCACTCAGCCTGGAG         GACACGGAGTTGCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 GCAGATGGCACTCAGCCTGGAGGTA...TAGGACACGGAGTTGCAGAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCTAGACCATGAGATCCGGATGAGGGAAGGGGCCTGTAAGCTGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106976 AGCTAGACCATGAGATCCGGATGAGGGAAGGGGCCTGTAAGCTGCTGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCTGCTCCCAGCGAGAGCAGGCTCTGGAGGCCACCAAGAGCCTGCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107026 GCCTGCTCCCAGCGAGAGCAGGCTCTGGAGGCCACCAAGAGCCTGCTAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTGCAACAGCCGCATCCTCAGCTACATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107076 GTGCAACAGCCGCATCCTCAGCTACATGGGCGAGCTGCAGCGGCGCAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCGCAGGTGCTGGGGAAGACAAGCCGGCG         GCCTTCTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107126 AGGCGCAGGTGCTGGGGAAGACAAGCCGGCGGTG...CAGGCCTTCTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTGGCCCGCCCGCTGAGCGCTCCCCCTGCCGCGGCCGGGTCTGCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108956 AGTGGCCCGCCCGCTGAGCGCTCCCCCTGCCGCGGCCGGGTCTGCATCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TG         ACCTCCGGATTCCACTCATGTGGAAGGACACAGAATATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109006 TGGTA...TAGACCTCCGGATTCCACTCATGTGGAAGGACACAGAATATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAAGAACAAAGGTG         ACTTGCACCGCTGGGCTGTGTTCCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109144 TCAAGAACAAAGGTGGTG...CAGACTTGCACCGCTGGGCTGTGTTCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGCTGCAGCTGGGGGAACACATCCAGGACACAGAGATGATCCTAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109280 CTGCTGCAGCTGGGGGAACACATCCAGGACACAGAGATGATCCTAGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGGACCCTCACAGACATCTCCTTTCAGAGCAATGTGCTCTT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109330 CAGGACCCTCACAGACATCTCCTTTCAGAGCAATGTGCTCTTGTG...CA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    507  CGCTGAGGCGGGGCCAGACTTTGAACTGCGGTTAGAGCTGTATGGGGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109585 GCGCTGAGGCGGGGCCAGACTTTGAACTGCGGTTAGAGCTGTATGGGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGTGTGGAAGAAGAGGGGGCCCTGACTGGCGGCCCCAAGAGGCTTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109635 TGTGTGGAAGAAGAGGGGGCCCTGACTGGCGGCCCCAAGAGGCTTGCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAAACTCAGCAGCTCCCTGGGCCGCTCCTCAGGGAGGCGTGTCCGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109685 CAAACTCAGCAGCTCCCTGGGCCGCTCCTCAGGGAGGCGTGTCCGGGCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGCTGGACAGTGCTGGGGGTTCAGGGAGCAGTCCCATCTTGCTCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109735 CGCTGGACAGTGCTGGGGGTTCAGGGAGCAGTCCCATCTTGCTCCCCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCAGTTGTTGG         TGGTCCTCGTTACCACCTCTTGGCTCACAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109785 CCAGTTGTTGGGTA...CAGTGGTCCTCGTTACCACCTCTTGGCTCACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CACACTCACCCTGGCAGCAGTGCAAGATGGATTCCGCACACATGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110711 CACACTCACCCTGGCAGCAGTGCAAGATGGATTCCGCACACATGACCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCCTTGCCAGTCATG         AGGAGAACCCTGCCTGGCTGCCCCTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110761 CCCTTGCCAGTCATGGTA...CAGAGGAGAACCCTGCCTGGCTGCCCCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TATGGTAGCGTGTGTTGCCGTCTGGCAGCTCAGCCTCTCTGCATGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110912 TATGGTAGCGTGTGTTGCCGTCTGGCAGCTCAGCCTCTCTGCATGACTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCCCACTGCAAGTGGTACCCTCAGGGTGCAG         CAAGCTGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110962 GCCCACTGCAAGTGGTACCCTCAGGGTGCAGGTG...CAGCAAGCTGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGATGCAGAACTGGGCACAAGTGCATGGAGTTCTGAAAGGCACAAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111237 AGATGCAGAACTGGGCACAAGTGCATGGAGTTCTGAAAGGCACAAACCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTCTGTTACCGGCAACCTGAGGATGCAGACACTGGGGAAGAGCCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111287 TTCTGTTACCGGCAACCTGAGGATGCAGACACTGGGGAAGAGCCGCTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TACTATTGCTGTCAACAAG         GAGACTCGAGTCCGGGCAGGGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 111337 TACTATTGCTGTCAACAAGGTG...CAGGAGACTCGAGTCCGGGCAGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCTGGACCAGGCTCTAGGACGGCCCTTCACCCTAAGCATCAGTAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112053 AGCTGGACCAGGCTCTAGGACGGCCCTTCACCCTAAGCATCAGTAACCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TATGGGGATGATGAGGTGACACACACCCTTCAGACAGAAAGTCGGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112103 TATGGGGATGATGAGGTGACACACACCCTTCAGACAGAAAGTCGGGAAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ACTGCAGAGCTGGATGGAGGCTCTGTGGCAGCTTTTCTTTGACATGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112153 ACTGCAGAGCTGGATGGAGGCTCTGTGGCAGCTTTTCTTTGACATGAGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1217       GCCAATGGAAGCAGTGCTGTGATGAAATCATGAAAATTGAAACT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112203 ...CAGGCCAATGGAAGCAGTGCTGTGATGAAATCATGAAAATTGAAACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CCTGCTCCCCGGAAACCACCCCAAGCACTGGCAAAGCAGGGGTCCTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112394 CCTGCTCCCCGGAAACCACCCCAAGCACTGGCAAAGCAGGGGTCCTTGTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCATGAGATGG         CTATTGAGCCGCTGGATGACATCGCAGCGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112444 CCATGAGATGGGTA...CAGCTATTGAGCCGCTGGATGACATCGCAGCGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGACAGACATCCTGACCCAGCGGGAGGGCGCAAGGCTGGAGACACCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113079 TGACAGACATCCTGACCCAGCGGGAGGGCGCAAGGCTGGAGACACCCCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCCTGGCTGGCAATGTTTACAGACCAGCCTGCCCTGCCTAACCCCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113129 CCCTGGCTGGCAATGTTTACAGACCAGCCTGCCCTGCCTAACCCCTGCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GCCTGCCTCAGTGGCCCCAGCCCCAGACTGGACCCACCCCCTGCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113179 GCCTGCCTCAGTGGCCCCAGCCCCAGACTGGACCCACCCCCTGCCCTGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GGAGACCCCGAACCTTTTCCCTGGATGCTGTCCCCCCAGACCACTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113229 GGAGACCCCGAACCTTTTCCCTGGATGCTGTCCCCCCAGACCACTCCCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGGGCTCGCTCGGTTGCCCCCCTCCCACCTCAGCGATCCCCACGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113279 AGGGCTCGCTCGGTTGCCCCCCTCCCACCTCAGCGATCCCCACGGACCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1602 AGGCCTCTGCAGCAAAGGCCAACCTCGCACTTGGCTCCAGTCACCAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113329 AGGCCTCTGCAGCAAAGGCCAACCTCGCACTTGGCTCCAGTCACCAGTG