seq1 = pF1KB5280.tfa, 738 bp
seq2 = pF1KB5280/gi568815576f_31844734.tfa (gi568815576f:31844734_32056789), 212056 bp

>pF1KB5280 738
>gi568815576f:31844734_32056789 (Chr22)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-738  (111406-112056)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGACCGGGAGCAGCTGCTGCAGCGGGCGCGGCTGGCCGAGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGACCGGGAGCAGCTGCTGCAGCGGGCGCGGCTGGCCGAGCAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCGCTACGACGACATGGCCTCCGCTATGAAGGCG         GTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GGAGCGCTACGACGACATGGCCTCCGCTATGAAGGCGGTG...CAGGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGCTGAATGAACCTCTCTCCAATGAAGATCGAAATCTCCTCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111410 CAGAGCTGAATGAACCTCTCTCCAATGAAGATCGAAATCTCCTCTCTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCTACAAGAATGTGGTTGGTGCCAGGCGATCTTCCTGGAGGGTCATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111460 GCCTACAAGAATGTGGTTGGTGCCAGGCGATCTTCCTGGAGGGTCATTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCATTGAGCAGAAAACCATGGCTGATGGAAACGAAAAGAAATTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111510 CAGCATTGAGCAGAAAACCATGGCTGATGGAAACGAAAAGAAATTGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGTTAAAGCTTACCGGGAGAAGATTGAGAAGGAGCTGGAGACAGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111560 AAGTTAAAGCTTACCGGGAGAAGATTGAGAAGGAGCTGGAGACAGTTTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATGATGTCCTGTCTCTGCTTGACAAGTTCCTGATCAAGAACTGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111610 AATGATGTCCTGTCTCTGCTTGACAAGTTCCTGATCAAGAACTGCAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTCCAGTATGAGAGCAAGGTGTTTTACCTGAAAATGAAGGGTGATTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111660 TTTCCAGTATGAGAGCAAGGTGTTTTACCTGAAAATGAAGGGTGATTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCGCTACTTAGCAGAGGTCGCTTCTGGGGAGAAGAAAAACAGTGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111710 ACCGCTACTTAGCAGAGGTCGCTTCTGGGGAGAAGAAAAACAGTGTGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAAGCTTCTGAAGCTGCCTACAAGGAAGCCTTTGAAATCAGCAAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111760 GAAGCTTCTGAAGCTGCCTACAAGGAAGCCTTTGAAATCAGCAAAGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GATGCAACCCACGCATCCCATCCGGCTGGGCCTGGCCCTCAACTTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111810 GATGCAACCCACGCATCCCATCCGGCTGGGCCTGGCCCTCAACTTCTCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGTTCTACTATGAGATCCAGAATGCACCTGAGCAAGCCTGCCTCTTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111860 TGTTCTACTATGAGATCCAGAATGCACCTGAGCAAGCCTGCCTCTTAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAACAAGCCTTCGATGATGCCATAGCTGAGCTGGACACACTAAACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111910 AAACAAGCCTTCGATGATGCCATAGCTGAGCTGGACACACTAAACGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTCCTATAAGGACTCCACGCTGATCATGCAGTTGCTGCGAGACAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111960 TTCCTATAAGGACTCCACGCTGATCATGCAGTTGCTGCGAGACAACCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    692 CCCTCTGGACGAGCGACCAGCAGGATGAAGAAGCAGGAGAAGGCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112010 CCCTCTGGACGAGCGACCAGCAGGATGAAGAAGCAGGAGAAGGCAAC