seq1 = pF1KB5278.tfa, 1125 bp
seq2 = pF1KB5278/gi568815597f_43636263.tfa (gi568815597f:43636263_44030218), 393956 bp

>pF1KB5278 1125
>gi568815597f:43636263_44030218 (Chr1)

1-118  (100001-100118)   100% ==
292-397  (258112-258215)   96% ->
398-461  (261973-262036)   100% ->
462-557  (262906-263001)   100% ->
558-744  (263279-263465)   100% ->
745-891  (284142-284288)   100% ->
892-1038  (284520-284666)   100% ->
1039-1125  (293870-293956)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACTCTTGGTATTTGTGCGCAATCTGCTGCTAGCCCTCTGCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGACTCTTGGTATTTGTGCGCAATCTGCTGCTAGCCCTCTGCCTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGGTACTGGGATTTTTGTATTATTCTGCGTGGAAGCTACACTTACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGGTACTGGGATTTTTGTATTATTCTGCGTGGAAGCTACACTTACTCC

    100     .    :    .
    101 AGTGGGAGGAGGACTCCA
        ||||||||||||||||||
 100101 AGTGGGAGGAGGACTCCA

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCTTCCCCCGGTTCTCCAAGCCAGCACCCATGTTCCTGGATGACTCCTT
        || |||| --||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258112 ATATTCCA  GGTTCTCCAAGCCAGCACCCATGTTCCTGGATGACTCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCGCAAGTGGGCTAGAATCCGGGAGTTCGTGCCGCCTTTTGGGATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258160 TCGCAAGTGGGCTAGAATCCGGGAGTTCGTGCCGCCTTTTGGGATCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTCAAG         ACAATCTGATCAAAGCCATCTTGTCAGTCACCAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258210 GTCAAGGTA...CAGACAATCTGATCAAAGCCATCTTGTCAGTCACCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGTACCGCCTGACCCCTGCCTTGGACAG         CCTCCGCTGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 262008 GAGTACCGCCTGACCCCTGCCTTGGACAGGTG...CAGCCTCCGCTGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCGCTGCATCATCGTGGGCAATGGAGGCGTTCTTGCCAACAAGTCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262918 CCGCTGCATCATCGTGGGCAATGGAGGCGTTCTTGCCAACAAGTCTCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGTCACGAATTGACGACTATGACATTGTGGTGAG         ACTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 262968 GGTCACGAATTGACGACTATGACATTGTGGTGAGGTG...TAGACTGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCAGCACCAGTGAAAGGCTTTGAGAAGGACGTGGGCAGCAAAACGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263286 TCAGCACCAGTGAAAGGCTTTGAGAAGGACGTGGGCAGCAAAACGACACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCGCATCACCTACCCCGAGGGCGCCATGCAGCGGCCTGAGCAGTACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263336 GCGCATCACCTACCCCGAGGGCGCCATGCAGCGGCCTGAGCAGTACGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCGATTCTCTCTTTGTCCTCGCCGGCTTCAAGTGGCAGGACTTTAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263386 GCGATTCTCTCTTTGTCCTCGCCGGCTTCAAGTGGCAGGACTTTAAGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTGAAATACATCGTCTACAAGGAGAGAGTG         AGTGCATCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 263436 TTGAAATACATCGTCTACAAGGAGAGAGTGGTA...CAGAGTGCATCGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGCTTCTGGAAATCTGTGGCCACTCGAGTGCCCAAGGAGCCCCCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284153 TGGCTTCTGGAAATCTGTGGCCACTCGAGTGCCCAAGGAGCCCCCTGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTCGAATCCTCAACCCATATTTCATCCAGGAGGCCGCCTTCACCCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284203 TTCGAATCCTCAACCCATATTTCATCCAGGAGGCCGCCTTCACCCTCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCCTGCCCTTCAACAATGGCCTCATGGGCCGGGGG         AACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 284253 GGCCTGCCCTTCAACAATGGCCTCATGGGCCGGGGGGTG...TAGAACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCTACCCTTGGCAGTGTGGCAGTGACCATGGCACTACACGGCTGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284525 CCCTACCCTTGGCAGTGTGGCAGTGACCATGGCACTACACGGCTGTGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGTGGCAGTCGCAGGATTTGGCTATGACATGAGCACACCCAACGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284575 AGGTGGCAGTCGCAGGATTTGGCTATGACATGAGCACACCCAACGCACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGCACTACTATGAGACCGTTCGCATGGCAGCCATCAAAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 284625 CTGCACTACTATGAGACCGTTCGCATGGCAGCCATCAAAGAGGTT...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039  TCCTGGACGCACAATATCCAGCGAGAGAAAGAGTTTCTGCGGAAGCTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293869 GTCCTGGACGCACAATATCCAGCGAGAGAAAGAGTTTCTGCGGAAGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .
   1088 TGAAAGCTCGCGTCATCACTGATCTAAGCAGTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293919 TGAAAGCTCGCGTCATCACTGATCTAAGCAGTGGCATC