seq1 = pF1KB5268.tfa, 1104 bp
seq2 = pF1KB5268/gi568815595f_51855653.tfa (gi568815595f:51855653_52056756), 201104 bp

>pF1KB5268 1104
>gi568815595f:51855653_52056756 (Chr3)

1-1104  (100001-101104)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAACTCCACAGGGCTGAACGCCTCAGAAGTCGCAGGCTCGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAACTCCACAGGGCTGAACGCCTCAGAAGTCGCAGGCTCGTTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTGATCCTGGCAGCTGTCGTGGAGGTGGGGGCACTGCTGGGCAACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTGATCCTGGCAGCTGTCGTGGAGGTGGGGGCACTGCTGGGCAACGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTGCTGGTCGTGGTGCTGCGCACGCCGGGACTGCGCGACGCGCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCTGCTGGTCGTGGTGCTGCGCACGCCGGGACTGCGCGACGCGCTCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCGCACCTGTGCGTCGTGGACCTGCTGGCGGCCGCCTCCATCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGCGCACCTGTGCGTCGTGGACCTGCTGGCGGCCGCCTCCATCATGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGGGCCTGCTGGCCGCACCGCCGCCCGGGCTGGGCCGCGTGCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGGGCCTGCTGGCCGCACCGCCGCCCGGGCTGGGCCGCGTGCGCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCCCGCGCCATGCCGCGCCGCTCGCTTCCTCTCCGCCGCTCTGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCCCGCGCCATGCCGCGCCGCTCGCTTCCTCTCCGCCGCTCTGCTGCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCTGCACGCTCGGGGTGGCCGCACTTGGCCTGGCACGCTACCGCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCTGCACGCTCGGGGTGGCCGCACTTGGCCTGGCACGCTACCGCCTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTGCACCCGCTGCGGCCAGGCTCGCGGCCGCCGCCTGTGCTCGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTGCACCCGCTGCGGCCAGGCTCGCGGCCGCCGCCTGTGCTCGTGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGCCGTGTGGGCCGCGGCGGGACTGCTGGGCGCGCTCTCCCTGCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGCCGTGTGGGCCGCGGCGGGACTGCTGGGCGCGCTCTCCCTGCTCGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGCCGCCCGCACCGCCCCCTGCTCCTGCTCGCTGCTCGGTCCTGGCTGG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACGCCGCCCGCACCGCCCCCTGCTCCTGCTCGCTGCTCGGTCCTGGCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGCCTCGGGCCCTTCCGGCCGCTCTGGGCCCTGCTGGCCTTCGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGCCTCGGGCCCTTCCGGCCGCTCTGGGCCCTGCTGGCCTTCGCGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCGCCCTCCTGCTGCTCGGCGCCTACGGCGGCATCTTCGTGGTGGCGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCGCCCTCCTGCTGCTCGGCGCCTACGGCGGCATCTTCGTGGTGGCGCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGCGCTGCCCTGAGGCCCCCACGGCCGGCGCGCGGGTCCCGACTCCGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100601 CGCGCTGCCCTGAGGCCCCCACGGCCGGCGCGCGGGTCCCGACTCCACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGACTCTCTGGATAGCCGCCTTTCCATCTTGCCGCCGCTCCGGCCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGACTCTCTGGATAGCCGCCTTTCCATCTTGCCGCCGCTCCGGCCTCGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGCCCGGGGGCAAGGCGGCCCTGGCCCCAGCGCTGGCCGTGGGCCAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGCCCGGGGGCAAGGCGGCCCTGGCCCCAGCGCTGGCCGTGGGCCAATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCAGCCTGCTGGCTGCCTTATGGCTGCGCGTGCCTGGCGCCCGCAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCAGCCTGCTGGCTGCCTTATGGCTGCGCGTGCCTGGCGCCCGCAGCGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGCCGCGGAAGCCGAAGCGGCTGTCACCTGGGTCGCCTACTCGGCCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGCCGCGGAAGCCGAAGCGGCTGTCACCTGGGTCGCCTACTCGGCCTTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGGCTCACCCCTTCCTGTACGGGCTGCTGCAGCGCCCCGTGCGCTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CGGCTCACCCCTTCCTGTACGGGCTGCTGCAGCGCCCCGTGCGCTTGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGGGCCGCCTCTCTCGCCGTGCACTGCCTGGACCTGTGCGGGCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGGGCCGCCTCTCTCGCCGTGCACTGCCTGGACCTGTGCGGGCCTGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TCCGCAAGCCTGGCACCCGCGGGCACTCTTGCAATGCCTCCAGAGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TCCGCAAGCCTGGCACCCGCGGGCACTCTTGCAATGCCTCCAGAGACCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAGAGGGCCCTGCCGTAGGCCCTTCTGAGGCTCCAGAACAGACCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CAGAGGGCCCTGCCGTAGGCCCTTCTGAGGCTCCAGAACAGACCCCCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TTGGCAGGAGGGCGGAGCCCCGCATACCAGGGGCCACCTGAGAGTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TTGGCAGGAGGGCGGAGCCCCGCATACCAGGGGCCACCTGAGAGTTCTCT

   1100 
   1101 CTCC
        ||||
 101101 CTCC