seq1 = pF1KB5266.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KB5266/gi568815586f_15782708.tfa (gi568815586f:15782708_16002975), 220268 bp

>pF1KB5266 1050
>gi568815586f:15782708_16002975 (Chr12)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-248  (100834-100969)   100% ->
249-330  (107221-107302)   100% ->
331-403  (107890-107962)   100% ->
404-500  (111340-111436)   100% ->
501-638  (112652-112789)   100% ->
639-775  (115175-115311)   100% ->
776-925  (117197-117346)   100% ->
926-991  (118240-118305)   100% ->
992-1050  (120210-120268)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAATGAGACAGACGCCGCTCACCTGCTCTGGCCACACGCGACCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAATGAGACAGACGCCGCTCACCTGCTCTGGCCACACGCGACCCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTGATTTGGCCTTCAGTGGCATCACGCCTTATGGGTATTTCTTAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTTGATTTGGCCTTCAGTGGCATCACGCCTTATGGGTATTTCTTAATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCTTGCAAAG         ATGGTAAACCTATGCTACGCCAGGGAGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGCTTGCAAAGGTG...TAGATGGTAAACCTATGCTACGCCAGGGAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGGAGACTGGATTGGAACATTTTTGGGTCATAAAGGTGCTGTTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100863 ACAGGAGACTGGATTGGAACATTTTTGGGTCATAAAGGTGCTGTTTGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCAACACTGAATAAGGATGCCACCAAAGCAGCTACAGCAGCTGCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100913 TGCAACACTGAATAAGGATGCCACCAAAGCAGCTACAGCAGCTGCAGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCACAGC         CAAAGTGTGGGATGCTGTCTCAGGAGATGAATTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100963 TCACAGCGTA...TAGCAAAGTGTGGGATGCTGTCTCAGGAGATGAATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGACCCTGGCTCATAAACACATTGTCAAGACTGTGGATTTCACGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107255 ATGACCCTGGCTCATAAACACATTGTCAAGACTGTGGATTTCACGCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GATAGTAATTATTTGTTAACCGGGGGACAGGATAAACTGTTAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107305 A...CAGGATAGTAATTATTTGTTAACCGGGGGACAGGATAAACTGTTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCATATATGACTTGAACAAACCTGAAGCAG         AACCTAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107933 GCATATATGACTTGAACAAACCTGAAGCAGGTA...AAGAACCTAAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATTAGTGGTCATACTTCTGGTATAAAAAAAGCTCTGTGGTGCAGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111351 ATTAGTGGTCATACTTCTGGTATAAAAAAAGCTCTGTGGTGCAGTGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAAACAGATTCTTTCTGCTGATGACAAAACTGTTCG         ACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111401 TAAACAGATTCTTTCTGCTGATGACAAAACTGTTCGGTA...CAGACTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGGATCATGCTACTATGACAGAAGTGAAATCTCTAAATTTTAATATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112657 GGGATCATGCTACTATGACAGAAGTGAAATCTCTAAATTTTAATATGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTAGTAGTATGGAATATATTCCTGAGGGAGAGATTTTGGTTATAACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112707 GTTAGTAGTATGGAATATATTCCTGAGGGAGAGATTTTGGTTATAACTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGACGATCTATTGCTTTTCATAGTGCAGTAAG         TTTGGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112757 TGGACGATCTATTGCTTTTCATAGTGCAGTAAGGTA...CAGTTTGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAATTAAATCCTTTGAAGCTCCTGCAACCATCAATTCTGCATCTCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115183 CAATTAAATCCTTTGAAGCTCCTGCAACCATCAATTCTGCATCTCTTCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCTGAGAAAGAATTTCTTGTTGCAGGCGGTGAAGATTTTAAACTTTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115233 CCTGAGAAAGAATTTCTTGTTGCAGGCGGTGAAGATTTTAAACTTTATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTATGATTATAATAGTGGAGAAGAATTAG         AATCCTACAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115283 GTATGATTATAATAGTGGAGAAGAATTAGGTG...CAGAATCCTACAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GACACTTTGGTCCTATTCACTGTGTGAGATTTAGTCCTGATGGAGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117209 GACACTTTGGTCCTATTCACTGTGTGAGATTTAGTCCTGATGGAGAACTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TATGCCAGTGGTTCAGAAGATGGAACATTGAGACTATGGCAAACTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117259 TATGCCAGTGGTTCAGAAGATGGAACATTGAGACTATGGCAAACTGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGGAAAAACGTATGGCCTTTGGAAATGTGTGCTTCCTG         AAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117309 AGGAAAAACGTATGGCCTTTGGAAATGTGTGCTTCCTGGTA...CAGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGATAGTGGTGAGCTGGCAAAGCCAAAGATTGGTTTTCCAGAGACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118243 AAGATAGTGGTGAGCTGGCAAAGCCAAAGATTGGTTTTCCAGAGACAACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAAGAGGAGCTAG         AAGAAATTGCTTCAGAGAATTCAGATTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 118293 GAAGAGGAGCTAGGTA...TAGAAGAAATTGCTTCAGAGAATTCAGATTG

   1100     .    :    .    :    .    :
   1020 CATCTTTCCTTCAGCTCCTGATGTTAAGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 120238 CATCTTTCCTTCAGCTCCTGATGTTAAGGCC