seq1 = pF1KB5251.tfa, 825 bp
seq2 = pF1KB5251/gi568815586f_6624657.tfa (gi568815586f:6624657_6831036), 206380 bp

>pF1KB5251 825
>gi568815586f:6624657_6831036 (Chr12)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-238  (103270-103345)   100% ->
239-327  (103567-103655)   100% ->
328-530  (104591-104793)   100% ->
531-636  (105746-105851)   100% ->
637-788  (106013-106164)   100% ->
789-825  (106344-106380)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGCGGAAGTGAAGGTGACAGGGCAGAACCAGGAGCAATTTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGCGGAAGTGAAGGTGACAGGGCAGAACCAGGAGCAATTTCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTAGCCAAGTCGGCCAAGGGGGCAGCGCTGGCCACACTCATCCATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTAGCCAAGTCGGCCAAGGGGGCAGCGCTGGCCACACTCATCCATCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGGAGGCCCCTGGTGTCTACGTGTTTGGAGAACTGCTGGACATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGGAGGCCCCTGGTGTCTACGTGTTTGGAGAACTGCTGGACATGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGTTAGAGAG         CTGGCTGAGAGTGACTTTGCCTCTACCTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGTTAGAGAGGTG...CAGCTGGCTGAGAGTGACTTTGCCTCTACCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGGCTGCTCACAGTGTTTGCTTATGGGACATACGCTGACTACTTAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103299 CCGGCTGCTCACAGTGTTTGCTTATGGGACATACGCTGACTACTTAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       CTGAAGCCCGGAATCTTCCTCCACTAACAGAGGCTCAGAAGAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103349 ...TAGCTGAAGCCCGGAATCTTCCTCCACTAACAGAGGCTCAGAAGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCTTCGACACCTCTCAGTTGTCACCCTGGCTGCTAAAGTAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103611 AAGCTTCGACACCTCTCAGTTGTCACCCTGGCTGCTAAAGTAAAGGTG..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328     TGTATCCCATATGCAGTGTTGCTGGAGGCTCTTGCCCTGCGTAATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103661 .CAGTGTATCCCATATGCAGTGTTGCTGGAGGCTCTTGCCCTGCGTAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCGGCAGCTGGAAGACCTTGTGATTGAGGCTGTGTATGCTGACGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104637 TGCGGCAGCTGGAAGACCTTGTGATTGAGGCTGTGTATGCTGACGTGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGTGGCTCCCTGGACCAGCGCAACCAGCGGCTCGAGGTTGACTACAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104687 CGTGGCTCCCTGGACCAGCGCAACCAGCGGCTCGAGGTTGACTACAGCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGGGCGGGACATCCAGCGCCAGGACCTCAGTGCCATTGCCCGAACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104737 CGGGCGGGACATCCAGCGCCAGGACCTCAGTGCCATTGCCCGAACCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGAATG         GTGTGTGGGCTGTGAGGTCGTGCTGTCAGGCATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104787 AGGAATGGTG...CAGGTGTGTGGGCTGTGAGGTCGTGCTGTCAGGCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGAGCAGGTGAGCCGTGCCAACCAACACAAGGAGCAGCAGCTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105780 GAGGAGCAGGTGAGCCGTGCCAACCAACACAAGGAGCAGCAGCTGGGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAGCAGCAGATTGAGAGTGAG         GTTGCCAACCTTAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105830 GAAGCAGCAGATTGAGAGTGAGGTG...TAGGTTGCCAACCTTAAAAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCATTAAAGTTACGACGGCAGCAGCAGCCGCAGCCACATCTCAGGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106032 CCATTAAAGTTACGACGGCAGCAGCAGCCGCAGCCACATCTCAGGACCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGCAACACCTGACTGAGCTGAGGGAACCAGCTCCTGGCACCAACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106082 GAGCAACACCTGACTGAGCTGAGGGAACCAGCTCCTGGCACCAACCAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCAGCCCAGCAAGAAAGCCTCAAAGGGCAAGGG         GCTCCGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106132 CCAGCCCAGCAAGAAAGCCTCAAAGGGCAAGGGGTG...CAGGCTCCGAG

    850     .    :    .    :    .
    797 GGAGCGCCAAGATTTGGTCCAAGTCGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||
 106352 GGAGCGCCAAGATTTGGTCCAAGTCGAAT