seq1 = pF1KB5244.tfa, 1068 bp
seq2 = pF1KB5244/gi568815596r_181577793.tfa (gi568815596r:181577793_181778860), 201068 bp

>pF1KB5244 1068
>gi568815596r:181577793_181778860 (Chr2)

(complement)

1-1068  (100001-101068)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCAAATCGTACAGCGAGAGTGGGCTGATGGGCGAGCCTCAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCAAATCGTACAGCGAGAGTGGGCTGATGGGCGAGCCTCAGCCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGTCCTCCAAGCTGGACAGACGAGTGTCTCAGTTCTCAGGACGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTCCTCCAAGCTGGACAGACGAGTGTCTCAGTTCTCAGGACGAGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGAGGCAGACAAGAAGGAGGACGACCTCGAAGCCATGAACGCAGAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100101 ACGAGGCAGACAAGAAGGAGGACGACCTCGAAACCATGAACGCAGAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACTCACTGAGGAACGGGGGAGAGGAGGAGGACGAAGATGAGGACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACTCACTGAGGAACGGGGGAGAGGAGGAGGACGAAGATGAGGACCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAGGATGACGATCAAAAGCCCAAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAGGATGACGATCAAAAGCCCAAGAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGGCCCCAAAAAGAAGAAGATGACTAAGGCTCGCCTGGAGCGTTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGGCCCCAAAAAGAAGAAGATGACTAAGGCTCGCCTGGAGCGTTTTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGAGACGCATGAAGGCTAACGCCCGGGAGCGGAACCGCATGCACGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTGAGACGCATGAAGGCTAACGCCCGGGAGCGGAACCGCATGCACGGACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAACGCGGCGCTAGACAACCTGCGCAAGGTGGTGCCTTGCTATTCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAACGCGGCGCTAGACAACCTGCGCAAGGTGGTGCCTTGCTATTCTAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCAGAAGCTGTCCAAAATCGAGACTCTGCGCTTGGCCAAGAACTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGCAGAAGCTGTCCAAAATCGAGACTCTGCGCTTGGCCAAGAACTACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGGGCTCTGTCGGAGATCCTGCGCTCAGGCAAAAGCCCAGACCTGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGGGCTCTGTCGGAGATCCTGCGCTCAGGCAAAAGCCCAGACCTGGTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCGTTCAGACGCTTTGCAAGGGCTTATCCCAACCCACCACCAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCGTTCAGACGCTTTGCAAGGGCTTATCCCAACCCACCACCAACCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTGCGGGCTGCCTGCAACTCAATCCTCGGACTTTTCTGCCTGAGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTGCGGGCTGCCTGCAACTCAATCCTCGGACTTTTCTGCCTGAGCAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGGACATGCCCCCCCACCTGCCGACGGCCAGCGCTTCCTTCCCTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGGACATGCCCCCCCACCTGCCGACGGCCAGCGCTTCCTTCCCTGTACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCCCTACTCCTACCAGTCGCCTGGGCTGCCCAGTCCGCCTTACGGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCCCTACTCCTACCAGTCGCCTGGGCTGCCCAGTCCGCCTTACGGTACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGACAGCTCCCATGTCTTCCACGTTAAGCCTCCGCCGCACGCCTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGACAGCTCCCATGTCTTCCACGTTAAGCCTCCGCCGCACGCCTACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCAGCGCTGGAGCCCTTCTTTGAAAGCCCTCTGACTGATTGCACCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCAGCGCTGGAGCCCTTCTTTGAAAGCCCTCTGACTGATTGCACCAGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCCTTTGATGGACCCCTCAGCCCGCCGCTCAGCATCAATGGCAACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTCCTTTGATGGACCCCTCAGCCCGCCGCTCAGCATCAATGGCAACTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTTTCAAACACGAACCGTCCGCCGAGTTTGAGAAAAATTATGCCTTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTTTCAAACACGAACCGTCCGCCGAGTTTGAGAAAAATTATGCCTTTACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATGCACTATCCTGCAGCGACACTGGCAGGGGCCCAAAGCCACGGATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATGCACTATCCTGCAGCGACACTGGCAGGGGCCCAAAGCCACGGATCAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTTCTCAGGCACCGCTGCCCCTCGCTGCGAGATCCCCATAGACAATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTTCTCAGGCACCGCTGCCCCTCGCTGCGAGATCCCCATAGACAATATTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGTCCTTCGATAGCCATTCACATCATGAGCGAGTCATGAGTGCCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGTCCTTCGATAGCCATTCACATCATGAGCGAGTCATGAGTGCCCAGCTC

   1050     .    :    .
   1051 AATGCCATATTTCATGAT
        ||||||||||||||||||
 101051 AATGCCATATTTCATGAT