seq1 = pF1KB5235.tfa, 1527 bp
seq2 = pF1KB5235/gi568815593r_140574260.tfa (gi568815593r:140574260_140791304), 217045 bp

>pF1KB5235 1527
>gi568815593r:140574260_140791304 (Chr5)

(complement)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-180  (100361-100450)   100% ->
181-300  (108086-108205)   100% ->
301-396  (111422-111517)   100% ->
397-522  (112178-112303)   100% ->
523-630  (113290-113397)   100% ->
631-729  (113552-113650)   100% ->
730-823  (113885-113978)   100% ->
824-951  (114189-114316)   100% ->
952-1194  (114409-114651)   100% ->
1195-1311  (116172-116288)   100% ->
1312-1458  (116480-116626)   100% ->
1459-1527  (116977-117045)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGCGTGCGGCGCTGGAGGAGCTGGTGAAACTTCAGGGAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGCGTGCGGCGCTGGAGGAGCTGGTGAAACTTCAGGGAGAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGCGAGGCCTCAAGCAGCAGAAGGCCAGCGCCGAGCTG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 CGTGCGAGGCCTCAAGCAGCAGAAGGCCAGCGCCGAGCTGGTG...CAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCGAGGAGGAGGTGGCGAAACTCCTGAAACTGAAGGCACAGCTGGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100362 TCGAGGAGGAGGTGGCGAAACTCCTGAAACTGAAGGCACAGCTGGGTCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGAAAGCAAACAGAAATTTGTGCTCAAAACCCCCAAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100412 GATGAAAGCAAACAGAAATTTGTGCTCAAAACCCCCAAGGTA...AAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACAAGAGACTATAGTCCCCGGCAGATGGCAGTTCGCGAGAAGGTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108088 CACAAGAGACTATAGTCCCCGGCAGATGGCAGTTCGCGAGAAGGTGTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACGTAATCATCCGTTGCTTCAAGCGCCACGGTGCAGAAGTCATTGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108138 ACGTAATCATCCGTTGCTTCAAGCGCCACGGTGCAGAAGTCATTGATACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGTATTTGAACTAAAG         GAAACACTGATGGGAAAGTATGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108188 CCTGTATTTGAACTAAAGGTG...CAGGAAACACTGATGGGAAAGTATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAAGACTCCAAGCTTATCTATGACCTGAAGGACCAGGGCGGGGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111445 GGAAGACTCCAAGCTTATCTATGACCTGAAGGACCAGGGCGGGGAGCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTCCCTTCGCTATGACCTCACT         GTTCCTTTTGCTCGGTAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111495 TGTCCCTTCGCTATGACCTCACTGTA...CAGGTTCCTTTTGCTCGGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTGGCAATGAATAAACTGACCAACATTAAACGCTACCACATAGCAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112196 TTGGCAATGAATAAACTGACCAACATTAAACGCTACCACATAGCAAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATATCGGCGGGATAACCCAGCCATGACCCGTGGCCGATACCGGGAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112246 ATATCGGCGGGATAACCCAGCCATGACCCGTGGCCGATACCGGGAATTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCAGTGT         GATTTTGACATTGCTGGGAACTTTGATCCCATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112296 ACCAGTGTGTG...CAGGATTTTGACATTGCTGGGAACTTTGATCCCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATCCCTGATGCAGAGTGCCTGAAGATCATGTGCGAGATCCTGAGTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113323 ATCCCTGATGCAGAGTGCCTGAAGATCATGTGCGAGATCCTGAGTTCACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCAGATAGGCGACTTCCTGGTCAAG         GTAAACGATCGACGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113373 TCAGATAGGCGACTTCCTGGTCAAGGTC...CAGGTAAACGATCGACGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTCTAGATGGGATGTTTGCTATCTGTGGTGTTTCTGACAGCAAGTTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113568 TTCTAGATGGGATGTTTGCTATCTGTGGTGTTTCTGACAGCAAGTTCCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACCATCTGCTCCTCAGTAGACAAGCTGGACAAG         GTGTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113618 ACCATCTGCTCCTCAGTAGACAAGCTGGACAAGGTA...TAGGTGTCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAAGAGGTGAAGAATGAGATGGTGGGAGAGAAGGGCCTTGCACCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113893 GGAAGAGGTGAAGAATGAGATGGTGGGAGAGAAGGGCCTTGCACCTGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGCTGACCGCATTGGGGACTATGTCCAGCAACATG         GTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113943 TGGCTGACCGCATTGGGGACTATGTCCAGCAACATGGTG...CAGGTGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTATCCCTGGTGGAACAGCTGCTCCAGGATCCTAAACTATCCCAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114194 GTATCCCTGGTGGAACAGCTGCTCCAGGATCCTAAACTATCCCAAAACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCAGGCCTTGGAGGGCCTGGGAGACCTGAAGTTGCTCTTTGAGTACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114244 GCAGGCCTTGGAGGGCCTGGGAGACCTGAAGTTGCTCTTTGAGTACCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCCTATTTGGCATTGATGACAAA         ATCTCCTTTGACCTGAGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114294 CCCTATTTGGCATTGATGACAAAGTG...CAGATCTCCTTTGACCTGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTTGCTCGAGGGCTGGATTACTACACTGGGGTGATCTATGAGGCAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114427 CTTGCTCGAGGGCTGGATTACTACACTGGGGTGATCTATGAGGCAGTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCTACAGACCCCAGCCCAGGCAGGGGAAGAGCCCCTGGGTGTGGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114477 GCTACAGACCCCAGCCCAGGCAGGGGAAGAGCCCCTGGGTGTGGGCAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGCTGCTGGAGGACGCTATGATGGGCTAGTGGGCATGTTCGACCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114527 TGGCTGCTGGAGGACGCTATGATGGGCTAGTGGGCATGTTCGACCCCAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGGCGCAAGGTGCCATGTGTGGGGCTCAGCATTGGGGTGGAGCGGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114577 GGGCGCAAGGTGCCATGTGTGGGGCTCAGCATTGGGGTGGAGCGGATTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTCCATCGTGGAACAGAGACTAGAG         GCTTTGGAGGAGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114627 CTCCATCGTGGAACAGAGACTAGAGGTA...CAGGCTTTGGAGGAGAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TACGGACCACGGAGACACAGGTGCTTGTGGCATCTGCACAGAAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116188 TACGGACCACGGAGACACAGGTGCTTGTGGCATCTGCACAGAAGAAGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTAGAGGAAAGACTAAAGCTTGTCTCAGAACTGTGGGATGCTGGGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116238 CTAGAGGAAAGACTAAAGCTTGTCTCAGAACTGTGGGATGCTGGGATCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 G         GCTGAGCTGCTGTACAAGAAGAACCCAAAGCTACTGAACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116288 GGTA...CAGGCTGAGCTGCTGTACAAGAAGAACCCAAAGCTACTGAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGTTACAGTACTGTGAGGAGGCAGGCATCCCACTGGTGGCTATCATCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116520 AGTTACAGTACTGTGAGGAGGCAGGCATCCCACTGGTGGCTATCATCGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAGCAGGAACTCAAGGATGGGGTCATCAAGCTCCGTTCAGTGACGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116570 GAGCAGGAACTCAAGGATGGGGTCATCAAGCTCCGTTCAGTGACGAGCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGAAGAG         GTGGATGTCCGAAGAGAAGACCTTGTGGAGGAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116620 GGAAGAGGTG...CAGGTGGATGTCCGAAGAGAAGACCTTGTGGAGGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1493 TCAAAAGGAGAACAGGCCAGCCCCTCTGCATCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117011 TCAAAAGGAGAACAGGCCAGCCCCTCTGCATCTGC