seq1 = pF1KB5231.tfa, 2130 bp
seq2 = pF1KB5231/gi568815596r_231355449.tfa (gi568815596r:231355449_231563318), 207870 bp

>pF1KB5231 2130
>gi568815596r:231355449_231563318 (Chr2)

(complement)

1-18  (98966-98983)   100% ->
19-135  (100003-100119)   100% ->
136-613  (101302-101779)   100% ->
614-811  (102453-102650)   100% ->
812-898  (102755-102841)   100% ->
899-1040  (103026-103167)   100% ->
1041-1165  (104194-104318)   100% ->
1166-1289  (104930-105053)   100% ->
1290-1447  (105519-105676)   100% ->
1448-1571  (106195-106318)   100% ->
1572-1705  (106555-106688)   100% ->
1706-1832  (107183-107309)   100% ->
1833-2056  (107695-107918)   100% ->
2057-2130  (108052-108125)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAAGCTCGCGAAG         GCAGGTAAAAATCAAGGTGACCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  98966 ATGGTGAAGCTCGCGAAGGTA...TAGGCAGGTAAAAATCAAGGTGACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAAGAAAATGGCTCCTCCTCCAAAGGAGGTAGAAGAAGATAGTGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100026 CAAGAAAATGGCTCCTCCTCCAAAGGAGGTAGAAGAAGATAGTGAAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAAATGTCAGAAGATGAAGAAGATGATAGCAGTGGAGAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100076 AGGAAATGTCAGAAGATGAAGAAGATGATAGCAGTGGAGAAGAGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    GTCGTCATACCTCAGAAGAAAGGCAAGAAGGCTGCTGCAACCTCAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101299 AAGGTCGTCATACCTCAGAAGAAAGGCAAGAAGGCTGCTGCAACCTCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAGAAGGTGGTCGTTTCCCCAACAAAAAAGGTTGCAGTTGCCACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101349 AAAGAAGGTGGTCGTTTCCCCAACAAAAAAGGTTGCAGTTGCCACACCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAAGAAAGCAGCTGTCACTCCAGGCAAAAAGGCAGCAGCAACACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101399 CCAAGAAAGCAGCTGTCACTCCAGGCAAAAAGGCAGCAGCAACACCTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAAGACAGTTACACCAGCCAAAGCAGTTACCACACCTGGCAAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 AAGAAGACAGTTACACCAGCCAAAGCAGTTACCACACCTGGCAAGAAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCCACACCAGGCAAAGCATTGGTAGCAACTCCTGGTAAGAAGGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101499 AGCCACACCAGGCAAAGCATTGGTAGCAACTCCTGGTAAGAAGGGTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATCCCAGCCAAGGGGGCAAAGAATGGCAAGAATGCCAAGAAGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101549 CCATCCCAGCCAAGGGGGCAAAGAATGGCAAGAATGCCAAGAAGGAAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGTGATGAAGAGGAGGATGATGACAGTGAGGAGGATGAGGAGGATGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101599 AGTGATGAAGAGGAGGATGATGACAGTGAGGAGGATGAGGAGGATGACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGACGAGGATGAGGATGAAGATGAAATTGAACCAGCAGCGATGAAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101649 GGACGAGGATGAGGATGAAGATGAAATTGAACCAGCAGCGATGAAAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CAGCTGCTGCCCCTGCCTCAGAGGATGAGGACGATGAGGATGACGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101699 CAGCTGCTGCCCCTGCCTCAGAGGATGAGGACGATGAGGATGACGAAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GATGAGGATGACGATGACGATGAGGAAGATG         ACTCTGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101749 GATGAGGATGACGATGACGATGAGGAAGATGGTA...CAGACTCTGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGAAGCTATGGAGACTACACCAGCCAAAGGAAAGAAAGCTGCAAAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102463 AGAAGCTATGGAGACTACACCAGCCAAAGGAAAGAAAGCTGCAAAAGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTCCTGTGAAAGCCAAGAACGTGGCTGAGGATGAAGATGAAGAAGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102513 TTCCTGTGAAAGCCAAGAACGTGGCTGAGGATGAAGATGAAGAAGAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GATGAGGACGAGGATGACGACGACGACGAAGATGATGAAGATGATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102563 GATGAGGACGAGGATGACGACGACGACGAAGATGATGAAGATGATGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGAAGATGATGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAAG         AGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102613 TGAAGATGATGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAAGGTA...CAGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTGTCAAAGAAGCACCTGGAAAACGAAAGAAGGAAATGGCCAAACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102758 CTGTCAAAGAAGCACCTGGAAAACGAAAGAAGGAAATGGCCAAACAGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCAGCTCCTGAAGCCAAGAAACAGAAAGTGGAAG         GCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102808 GCAGCTCCTGAAGCCAAGAAACAGAAAGTGGAAGGTA...CAGGCACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACCGACTACGGCTTTCAATCTCTTTGTTGGAAACCTAAACTTTAACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103033 ACCGACTACGGCTTTCAATCTCTTTGTTGGAAACCTAAACTTTAACAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTGCTCCTGAATTAAAAACTGGTATCAGCGATGTTTTTGCTAAAAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103083 CTGCTCCTGAATTAAAAACTGGTATCAGCGATGTTTTTGCTAAAAATGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTTGCTGTTGTGGATGTCAGAATTGGTATGACTAG         GAAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103133 CTTGCTGTTGTGGATGTCAGAATTGGTATGACTAGGTA...AAGGAAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGGTTATGTGGATTTTGAATCTGCTGAAGACCTGGAGAAAGCGTTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104200 TGGTTATGTGGATTTTGAATCTGCTGAAGACCTGGAGAAAGCGTTGGAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCACTGGTTTGAAAGTCTTTGGCAATGAAATTAAACTAGAGAAACCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104250 TCACTGGTTTGAAAGTCTTTGGCAATGAAATTAAACTAGAGAAACCAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGAAAAGACAGTAAGAAAG         AGCGAGATGCGAGAACACTTTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104300 GGAAAAGACAGTAAGAAAGGTA...TAGAGCGAGATGCGAGAACACTTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGCTAAAAATCTCCCTTACAAAGTCACTCAGGATGAATTGAAAGAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104952 GGCTAAAAATCTCCCTTACAAAGTCACTCAGGATGAATTGAAAGAAGTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTGAAGATGCTGCGGAGATCAGATTAGTCAGCAAGGATGGGAAAAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105002 TTGAAGATGCTGCGGAGATCAGATTAGTCAGCAAGGATGGGAAAAGTAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GG         GATTGCTTATATTGAATTTAAGACAGAAGCTGATGCAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105052 GGGTA...CAGGATTGCTTATATTGAATTTAAGACAGAAGCTGATGCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GAAAACCTTTGAAGAAAAGCAGGGAACAGAGATCGATGGGCGATCTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105558 GAAAACCTTTGAAGAAAAGCAGGGAACAGAGATCGATGGGCGATCTATTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCCTGTACTATACTGGAGAGAAAGGTCAAAATCAAGACTATAGAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105608 CCCTGTACTATACTGGAGAGAAAGGTCAAAATCAAGACTATAGAGGTGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAGAATAGCACTTGGAGTG         GTGAATCAAAAACTCTGGTTTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105658 AAGAATAGCACTTGGAGTGGTA...CAGGTGAATCAAAAACTCTGGTTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AAGCAACCTCTCCTACAGTGCAACAGAAGAAACTCTTCAGGAAGTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106217 AAGCAACCTCTCCTACAGTGCAACAGAAGAAACTCTTCAGGAAGTATTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGAAAGCAACTTTTATCAAAGTACCCCAGAACCAAAATGGCAAATCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106267 AGAAAGCAACTTTTATCAAAGTACCCCAGAACCAAAATGGCAAATCTAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GG         GTATGCATTTATAGAGTTTGCTTCATTCGAAGACGCTAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106317 GGGTA...CAGGTATGCATTTATAGAGTTTGCTTCATTCGAAGACGCTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGAAGCTTTAAATTCCTGTAATAAAAGGGAAATTGAGGGCAGAGCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106594 AGAAGCTTTAAATTCCTGTAATAAAAGGGAAATTGAGGGCAGAGCAATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GGCTGGAGTTGCAAGGACCCAGGGGATCACCTAATGCCAGAAGCC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106644 GGCTGGAGTTGCAAGGACCCAGGGGATCACCTAATGCCAGAAGCCGTA..

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706     AGCCATCCAAAACTCTGTTTGTCAAAGGCCTGTCTGAGGATACCAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106694 .CAGAGCCATCCAAAACTCTGTTTGTCAAAGGCCTGTCTGAGGATACCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TGAAGAGACATTAAAGGAGTCATTTGACGGCTCCGTTCGGGCAAGGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107229 TGAAGAGACATTAAAGGAGTCATTTGACGGCTCCGTTCGGGCAAGGATAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TTACTGACCGGGAAACTGGGTCCTCCAAAGG         GTTTGGTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107279 TTACTGACCGGGAAACTGGGTCCTCCAAAGGGTA...TAGGTTTGGTTTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GTAGACTTCAACAGTGAGGAGGATGCCAAAGCTGCCAAGGAGGCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107705 GTAGACTTCAACAGTGAGGAGGATGCCAAAGCTGCCAAGGAGGCCATGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 AGACGGTGAAATTGATGGAAATAAAGTTACCTTGGACTGGGCCAAACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107755 AGACGGTGAAATTGATGGAAATAAAGTTACCTTGGACTGGGCCAAACCTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 AGGGTGAAGGTGGCTTCGGGGGTCGTGGTGGAGGCAGAGGCGGCTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107805 AGGGTGAAGGTGGCTTCGGGGGTCGTGGTGGAGGCAGAGGCGGCTTTGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GGACGAGGTGGTGGTAGAGGAGGCCGAGGAGGATTTGGTGGCAGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107855 GGACGAGGTGGTGGTAGAGGAGGCCGAGGAGGATTTGGTGGCAGAGGCCG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GGGAGGCTTTGGAG         GGCGAGGAGGCTTCCGAGGAGGCAGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107905 GGGAGGCTTTGGAGGTA...TAGGGCGAGGAGGCTTCCGAGGAGGCAGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2084 GAGGAGGAGGTGACCACAAGCCACAAGGAAAGAAGACGAAGTTTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108079 GAGGAGGAGGTGACCACAAGCCACAAGGAAAGAAGACGAAGTTTGAA