seq1 = pF1KB5229.tfa, 879 bp
seq2 = pF1KB5229/gi568815594f_165233371.tfa (gi568815594f:165233371_165441943), 208573 bp

>pF1KB5229 879
>gi568815594f:165233371_165441943 (Chr4)

1-255  (100001-100255)   100% ->
256-404  (104419-104567)   100% ->
405-531  (105282-105408)   100% ->
532-686  (106851-107005)   100% ->
687-879  (108381-108573)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACAAATGAAAGTGTCAGCATCTTTAGTTCAGCATCCTTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACAAATGAAAGTGTCAGCATCTTTAGTTCAGCATCCTTGGCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAATATGTAGATTCACTTTTACCTGAGAATCCTCTGCAAGAACCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAATATGTAGATTCACTTTTACCTGAGAATCCTCTGCAAGAACCATTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAATGCTTGGAACTATATGTTGAATAATTATACAAAGTTCCAGATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAATGCTTGGAACTATATGTTGAATAATTATACAAAGTTCCAGATTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACATGGGGATCCCTTATAGTTCATGAAGCCCTTTATTTCTTATTCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACATGGGGATCCCTTATAGTTCATGAAGCCCTTTATTTCTTATTCTGTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCTGGATTTTTATTTCAATTTATACCTTATATGAAAAAATACAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACCTGGATTTTTATTTCAATTTATACCTTATATGAAAAAATACAAAATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAAAG         GATAAGCCAGAGACATGGGAAAACCAATGGAAGTGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAAAGGTG...TAGGATAAGCCAGAGACATGGGAAAACCAATGGAAGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCAAAGTTCTTCTCTTTAATCACTTCTGTATCCAGCTGCCTTTGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104455 TTCAAAGTTCTTCTCTTTAATCACTTCTGTATCCAGCTGCCTTTGATTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGAACCTATTATTTTACAGAGTATTTCAATATTCCTTATGATTGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104505 TGGAACCTATTATTTTACAGAGTATTTCAATATTCCTTATGATTGGGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAATGCCAAGATG         GTATTTTCTTTTGGCAAGATGCTTTGGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104555 GAATGCCAAGATGGTA...AAGGTATTTTCTTTTGGCAAGATGCTTTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTGCAGTCATTGAAGATACTTGGCACTATTTTCTGCATAGACTCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105310 TGTGCAGTCATTGAAGATACTTGGCACTATTTTCTGCATAGACTCTTACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCACAAAAGAATATACAAGTATATTCATAAAGTTCATCATGAGTTTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105360 CCACAAAAGAATATACAAGTATATTCATAAAGTTCATCATGAGTTTCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532         GCTCCATTTGGAATGGAAGCTGAATATGCACATCCTTTGGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105410 TA...TAGGCTCCATTTGGAATGGAAGCTGAATATGCACATCCTTTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACTCTAATTCTTGGAACTGGATTTTTCATTGGAATCGTGCTTTTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106893 ACTCTAATTCTTGGAACTGGATTTTTCATTGGAATCGTGCTTTTGTGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCATGTAATTCTTCTTTGGGCATGGGTGACCATTCGTTTATTAGAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106943 TCATGTAATTCTTCTTTGGGCATGGGTGACCATTCGTTTATTAGAAACTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTGATGTCCATAG         TGGTTATGATATTCCTCTCAACCCTTTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106993 TTGATGTCCATAGGTG...CAGTGGTTATGATATTCCTCTCAACCCTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AATCTGATCCCTTTCTATGCTGGTTCTCGGCATCATGATTTCCACCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108409 AATCTGATCCCTTTCTATGCTGGTTCTCGGCATCATGATTTCCACCACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAACTTCATTGGAAACTATGCTTCAACATTTACATGGTGGGATCGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108459 GAACTTCATTGGAAACTATGCTTCAACATTTACATGGTGGGATCGAATTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTGGAACAGACTCTCAGTATAATGCCTATAATGAAAAGAGGAAGAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108509 TTGGAACAGACTCTCAGTATAATGCCTATAATGAAAAGAGGAAGAAGTTT

    900     .    :    .
    865 GAGAAAAAGACTGAA
        |||||||||||||||
 108559 GAGAAAAAGACTGAA