seq1 = pF1KB5227.tfa, 1482 bp
seq2 = pF1KB5227/gi568815581f_32250286.tfa (gi568815581f:32250286_32469756), 219471 bp

>pF1KB5227 1482
>gi568815581f:32250286_32469756 (Chr17)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-168  (101501-101627)   100% ->
169-307  (108218-108356)   100% ->
308-475  (110313-110480)   100% ->
476-551  (110607-110682)   100% ->
552-599  (111183-111230)   100% ->
600-670  (112629-112699)   100% ->
671-828  (115045-115202)   100% ->
829-921  (116380-116472)   100% ->
922-1164  (117487-117729)   100% ->
1165-1324  (119010-119169)   100% ->
1325-1482  (119314-119471)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCGCAAGAAGAAGAAGCAGCTGAAGCCGTGGTGCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGGGTCGCAAGAAGAAGAAGCAGCTGAAGCCGTGGTGCTGGTA...CAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTATTGTAATAGAGATTTTGATGATGAGAAGATCCTTATTCAGCACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GTATTGTAATAGAGATTTTGATGATGAGAAGATCCTTATTCAGCACCAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCAAAGCATTTTAAATGCCATATATGTCACAAGAAATTGTATACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 AAGCAAAGCATTTTAAATGCCATATATGTCACAAGAAATTGTATACAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGGCTTAGCTATTCATTGCATGCAG         GTACATAAAGAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101601 CCTGGCTTAGCTATTCATTGCATGCAGGTA...TAGGTACATAAAGAAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AATAGATGCCGTACCAAATGCAATACCTGGAAGAACAGACATAGAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108232 AATAGATGCCGTACCAAATGCAATACCTGGAAGAACAGACATAGAGTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAATATATGGTATGGAAGGTATTCCAGAAAAAGACATGGATGAAAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108282 AAATATATGGTATGGAAGGTATTCCAGAAAAAGACATGGATGAAAGACGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGACTTCTTGAACAGAAAACACAAG         AAAGTCAAAAAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108332 CGACTTCTTGAACAGAAAACACAAGGTA...CAGAAAGTCAAAAAAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCAACAAGATGATTCTGATGAATATGATGATGACGACTCTGCAGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110329 GCAACAAGATGATTCTGATGAATATGATGATGACGACTCTGCAGCCTCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTTCATTTCAGCCACAGCCTGTTCAACCTCAGCAAGGTTATATTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110379 CTTCATTTCAGCCACAGCCTGTTCAACCTCAGCAAGGTTATATTCCTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGGCACAGCCAGGACTGCCACCAGTACCAGGAGCACCAGGAATGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110429 ATGGCACAGCCAGGACTGCCACCAGTACCAGGAGCACCAGGAATGCCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AG         GCATACCTCCATTAATGCCAGGTGTTCCTCCTCTGATGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110479 AGGTA...TAGGCATACCTCCATTAATGCCAGGTGTTCCTCCTCTGATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGGAATGCCACCAGTTATGCCAGGCATGCCACCTGG         ATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110646 CAGGAATGCCACCAGTTATGCCAGGCATGCCACCTGGGTA...CAGATTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CATCATCAGAGAAAATACACCCAGTCATTTTGCGGTGAAAACAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111187 CATCATCAGAGAAAATACACCCAGTCATTTTGCGGTGAAAACATGTA...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600    AATGATGCCAATGGGTGGAATGATGCCACCTGGACCAGGAATACCAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112626 TAGAATGATGCCAATGGGTGGAATGATGCCACCTGGACCAGGAATACCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTCTGATGCCTGGAATGCCACCAG         GTATGCCCCCACCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112676 CTCTGATGCCTGGAATGCCACCAGGTA...CAGGTATGCCCCCACCTGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CCACGTCCTGGAATTCCTCCAATGACTCAAGCACAGGCTGTTTCAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115062 CCACGTCCTGGAATTCCTCCAATGACTCAAGCACAGGCTGTTTCAGCGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGGTATTCTTAATAGACCACCTGCACCAACAGCAACTGTACCTGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115112 AGGTATTCTTAATAGACCACCTGCACCAACAGCAACTGTACCTGCCCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGCCTCCAGTTACTAAGCCTCTTTTCCCCAGTGCTGGACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 115162 AGCCTCCAGTTACTAAGCCTCTTTTCCCCAGTGCTGGACAGGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATGGGGACACCTGTCACAAGCTCAAGTACAGCTTCATCCAATTCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116380 ATGGGGACACCTGTCACAAGCTCAAGTACAGCTTCATCCAATTCAGAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCTGTCTGCATCTTCTAAAGCTCTGTTTCCTAGCACAGCACAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 116430 TCTGTCTGCATCTTCTAAAGCTCTGTTTCCTAGCACAGCACAAGTA...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922   GCTCAGGCAGCTGTCCAAGGACCTGTTGGTACAGATTTCAAACCCTTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117485 AGGCTCAGGCAGCTGTCCAAGGACCTGTTGGTACAGATTTCAAACCCTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AATAGTACCCCTGCAACAACTACAGAACCCCCAAAGCCTACATTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117535 AATAGTACCCCTGCAACAACTACAGAACCCCCAAAGCCTACATTCCCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TTATACACAGTCTACAGCTTCAACAACTAGTACAACAAATAGTACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117585 TTATACACAGTCTACAGCTTCAACAACTAGTACAACAAATAGTACTGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTAAACCAGCGGCTTCAATAACAAGTAAGCCTGCTACACTTACAACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117635 CTAAACCAGCGGCTTCAATAACAAGTAAGCCTGCTACACTTACAACAACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGTGCAACCAGTAAGTTGATCCATCCAGATGAGGATATATCCCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 117685 AGTGCAACCAGTAAGTTGATCCATCCAGATGAGGATATATCCCTGGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165     GAAGAGAGAAGGGCACAGTTACCTAAGTATCAACGTAATCTTCCTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117735 .CAGGAAGAGAGAAGGGCACAGTTACCTAAGTATCAACGTAATCTTCCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGCCAGGACAGGCCCCCATCGGTAATCCACCAGTTGGACCAATTGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119056 GGCCAGGACAGGCCCCCATCGGTAATCCACCAGTTGGACCAATTGGAGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATGATGCCACCACAGCCAGGCATCCCACAGCAACAAGGAATGAGACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119106 ATGATGCCACCACAGCCAGGCATCCCACAGCAACAAGGAATGAGACCCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AATGCCACCTCATG         GTCAGTATGGTGGTCATCATCAAGGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 119156 AATGCCACCTCATGGTA...TAGGTCAGTATGGTGGTCATCATCAAGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGCCAGGATACCTTCCTGGTGCTATGCCCCCGTATGGGCAGGGACCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119341 TGCCAGGATACCTTCCTGGTGCTATGCCCCCGTATGGGCAGGGACCGCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ATGGTGCCCCCTTACCAGGGTGGGCCTCCTCGACCTCCGATGGGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119391 ATGGTGCCCCCTTACCAGGGTGGGCCTCCTCGACCTCCGATGGGAATGAG

   1550     .    :    .    :    .    :
   1452 ACCTCCTGTAATGTCGCAAGGTGGCCGTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 119441 ACCTCCTGTAATGTCGCAAGGTGGCCGTTAC