seq1 = pF1KB5221.tfa, 996 bp
seq2 = pF1KB5221/gi568815587f_18296843.tfa (gi568815587f:18296843_18507278), 210436 bp

>pF1KB5221 996
>gi568815587f:18296843_18507278 (Chr11)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-244  (102589-102706)   100% ->
245-418  (103995-104168)   100% ->
419-592  (105998-106171)   98% ->
593-710  (106852-106969)   100% ->
711-834  (108607-108730)   100% ->
835-996  (110275-110436)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACTCTAAAGGATCAGCTGATTTATAATCTTCTAAAGGAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACTCTAAAGGATCAGCTGATTTATAATCTTCTAAAGGAAGAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCCCCCAGAATAAGATTACAGTTGTTGGGGTTGGTGCTGTTGGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCCCCCAGAATAAGATTACAGTTGTTGGGGTTGGTGCTGTTGGCATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGTGCCATCAGTATCTTAATGAAG         GACTTGGCAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 CCTGTGCCATCAGTATCTTAATGAAGGTA...TAGGACTTGGCAGATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGCTCTTGTTGATGTCATCGAAGACAAATTGAAGGGAGAGATGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102604 CTTGCTCTTGTTGATGTCATCGAAGACAAATTGAAGGGAGAGATGATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTCCAACATGGCAGCCTTTTCCTTAGAACACCAAAGATTGTCTCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102654 TCTCCAACATGGCAGCCTTTTCCTTAGAACACCAAAGATTGTCTCTGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAG         ACTATAATGTAACTGCAAACTCCAAGCTGGTCATTATC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102704 AAGGTT...TAGACTATAATGTAACTGCAAACTCCAAGCTGGTCATTATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACGGCTGGGGCACGTCAGCAAGAGGGAGAAAGCCGTCTTAATTTGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104033 ACGGCTGGGGCACGTCAGCAAGAGGGAGAAAGCCGTCTTAATTTGGTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCGTAACGTGAACATCTTTAAATTCATCATTCCTAATGTTGTAAAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104083 GCGTAACGTGAACATCTTTAAATTCATCATTCCTAATGTTGTAAAATACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCCGAACTGCAAGTTGCTTATTGTTTCAAATCCAG         TGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104133 GCCCGAACTGCAAGTTGCTTATTGTTTCAAATCCAGGTG...TAGTGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCTTGACCTACGTGGCTTGGAAGATAAGTGGTTTTCCCAAAAACCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106003 ATCTTGACCTACGTGGCTTGGAAGATAAGTGGTTTTCCCAAAAACCGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TATTGGAAGTGGTTGCAATCTGGATTCAGCCCGATTCCGTTACCTGATGG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 106053 TATTGGAAGCGGTTGCAATCTGGATTCAGCCCGATTCCGTTACCTAATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGAAAGGCTGGGAGTTCACCCATTAAGCTGTCATGGGTGGGTCCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106103 GGGAAAGGCTGGGAGTTCACCCATTAAGCTGTCATGGGTGGGTCCTTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAACATGGAGATTCCAGTG         TGCCTGTATGGAGTGGAATGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 106153 GAACATGGAGATTCCAGTGGTA...TAGTGCCTGTATGGAGTGGAATGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTTGCTGGTGTCTCTCTGAAGACTCTGCACCCAGATTTAGGGACTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106874 TGTTGCTGGTGTCTCTCTGAAGACTCTGCACCCAGATTTAGGGACTGATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGATAAGGAACAGTGGAAAGAGGTTCACAAGCAGGTGGTTGAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106924 AAGATAAGGAACAGTGGAAAGAGGTTCACAAGCAGGTGGTTGAGAGGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711      TGCTTATGAGGTGATCAAACTCAAAGGCTACACATCCTGGGCTAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106974 ..CAGTGCTTATGAGGTGATCAAACTCAAAGGCTACACATCCTGGGCTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGACTCTCTGTAGCAGATTTGGCAGAGAGTATAATGAAGAATCTTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108652 TGGACTCTCTGTAGCAGATTTGGCAGAGAGTATAATGAAGAATCTTAGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGGTGCACCCAGTTTCCACCATGATTAAG         GGTCTTTACGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108702 GGGTGCACCCAGTTTCCACCATGATTAAGGTA...CAGGGTCTTTACGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATAAAGGATGATGTCTTCCTTAGTGTTCCTTGCATTTTGGGACAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110287 ATAAAGGATGATGTCTTCCTTAGTGTTCCTTGCATTTTGGGACAGAATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AATCTCAGACCTTGTGAAGGTGACTCTGACTTCTGAGGAAGAGGCCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110337 AATCTCAGACCTTGTGAAGGTGACTCTGACTTCTGAGGAAGAGGCCCGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGAAGAAGAGTGCAGATACACTTTGGGGGATCCAAAAGGAGCTGCAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110387 TGAAGAAGAGTGCAGATACACTTTGGGGGATCCAAAAGGAGCTGCAATTT