seq1 = pF1KB5220.tfa, 2106 bp
seq2 = pF1KB5220/gi568815593r_132596637.tfa (gi568815593r:132596637_132834479), 237843 bp

>pF1KB5220 2106
>gi568815593r:132596637_132834479 (Chr5)

(complement)

1-280  (99997-100275)   98% ->
281-425  (107982-108126)   100% ->
426-510  (108268-108352)   100% ->
511-616  (113766-113871)   100% ->
617-756  (117496-117635)   100% ->
757-954  (118038-118235)   100% ->
955-1129  (118549-118723)   100% ->
1130-1228  (123423-123521)   100% ->
1229-1394  (130851-131017)   98% ->
1395-1575  (131415-131595)   100% ->
1576-1686  (131812-131922)   100% ->
1687-1812  (132268-132393)   100% ->
1813-1866  (133780-133833)   100% ->
1867-1935  (134196-134264)   100% ->
1936-2060  (135185-135309)   100% ->
2061-2106  (137798-137843)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGATCAATAAATCAGAGAAGCCAGAAAGCTGCGATAATGTGAAGGT
        | -| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 AA CAGATCAATAAATCAGAGAAGCCAGAAAGCTGCGATAATGTGAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTTGTTAGGTGCCGGCCCCTCAATGAGAGAGAGAAATCAATGTGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 TGTTGTTAGGTGCCGGCCCCTCAATGAGAGAGAGAAATCAATGTGCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACAGGCTGTCAGTGTGGATGAGATGAGGGGAACTATCACTGTACATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100096 AACAGGCTGTCAGTGTGGATGAGATGAGGGGAACTATCACTGTACATAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTGATTCTTCCAATGAACCTCCAAAGACATTTACTTTTGATACTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100146 ACTGATTCTTCCAATGAACCTCCAAAGACATTTACTTTTGATACTGTTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGACCAGAGAGTAAACAACTTGATGTTTATAACTTAACTGCAAGACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100196 TGGACCAGAGAGTAAACAACTTGATGTTTATAACTTAACTGCAAGACCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTATTGATTCTGTACTTGAAGGCTACAATG         GGACTATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100246 TTATTGATTCTGTACTTGAAGGCTACAATGGTA...CAGGGACTATTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCATATGGACAAACCGGAACAGGCAAAACTTTTACCATGGAAGGTGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107993 GCATATGGACAAACCGGAACAGGCAAAACTTTTACCATGGAAGGTGTTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGCTATTCCTGAACTTAGAGGAATAATTCCCAATTCATTTGCTCACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108043 AGCTATTCCTGAACTTAGAGGAATAATTCCCAATTCATTTGCTCACATAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGGTCATATTGCAAAAGCGGAGGGTGATACAAG         ATTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108093 TTGGTCATATTGCAAAAGCGGAGGGTGATACAAGGTA...TAGATTTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTCGAGTGTCTTATTTGGAAATATATAATGAAGAAGTTCGTGACCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108275 GTTCGAGTGTCTTATTTGGAAATATATAATGAAGAAGTTCGTGACCTTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGCAAGGATCAGACACAAAGGTTAGAG         GTTAAAGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108325 GGGCAAGGATCAGACACAAAGGTTAGAGGTA...TAGGTTAAAGAAAGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGATGTGGGAGTTTATATCAAAGATTTATCAGCTTATGTGGTAAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113779 CTGATGTGGGAGTTTATATCAAAGATTTATCAGCTTATGTGGTAAATAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTGATGATATGGATAGAATTATGACGCTAGGCCACAAAAATC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113829 GCTGATGATATGGATAGAATTATGACGCTAGGCCACAAAAATCGTA...A

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    617   GTTCTGTTGGTGCAACTAATATGAACGAACATAGTTCCCGTTCCCATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117494 AGGTTCTGTTGGTGCAACTAATATGAACGAACATAGTTCCCGTTCCCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCATCTTTACAATTACTATAGAATGCAGTGAAAAAGGCATTGATGGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117544 CCATCTTTACAATTACTATAGAATGCAGTGAAAAAGGCATTGATGGTAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATGCATGTCAGGATGGGGAAGCTCCATCTTGTAGATCTTGCT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117594 ATGCATGTCAGGATGGGGAAGCTCCATCTTGTAGATCTTGCTGTA...TA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    757  GGTTCAGAAAGACAGGCAAAAACTGGAGCTACTGGACAGCGCCTAAAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118037 GGGTTCAGAAAGACAGGCAAAAACTGGAGCTACTGGACAGCGCCTAAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGCTACAAAAATCAATCTTTCACTTTCCACCCTTGGTAATGTAATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118087 AAGCTACAAAAATCAATCTTTCACTTTCCACCCTTGGTAATGTAATTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCTTGGTTGATGGAAAAAGCACTCATGTGCCTTATCGTAACTCTAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118137 GCCTTGGTTGATGGAAAAAGCACTCATGTGCCTTATCGTAACTCTAAACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GACTCGTCTTCTTCAGGATTCCTTAGGAGGAAATTCAAAAACCATGATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 118187 GACTCGTCTTCTTCAGGATTCCTTAGGAGGAAATTCAAAAACCATGATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    955         TGTGCAAATATTGGGCCAGCAGATTACAATTATGATGAAACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118237 TA...TAGTGTGCAAATATTGGGCCAGCAGATTACAATTATGATGAAACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATCAGTACATTACGGTATGCCAATCGTGCTAAGAATATTAAAAATAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118591 ATCAGTACATTACGGTATGCCAATCGTGCTAAGAATATTAAAAATAAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TAGAATTAATGAAGATCCAAAGGATGCTTTGCTGCGTCAGTTCCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118641 TAGAATTAATGAAGATCCAAAGGATGCTTTGCTGCGTCAGTTCCAGAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AAATAGAAGAACTGAAAAAGAAGCTTGAAGAAG         GAGAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 118691 AAATAGAAGAACTGAAAAAGAAGCTTGAAGAAGGTA...AAGGAGAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATATCAGGCTCTGATATCAGTGGGTCAGAGGAAGATGATGATGAAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123431 ATATCAGGCTCTGATATCAGTGGGTCAGAGGAAGATGATGATGAAGAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGAGGTTGGAGAAGATGGAGAGAAAAGGAAAAAAAGAAGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 123481 TGAGGTTGGAGAAGATGGAGAGAAAAGGAAAAAAAGAAGGGGTA...ATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 A TCAAGCAGGAAAAAAGAAAGTCTCCCCAGACAAGATGATTGAAATGCA
        |-||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130851 ATTCAAATAGGAAAAAAGAAAGTCTCCCCAGACAAGATGATTGAAATGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1278 AGCAAAAATTGATGAGGAGAGAAAAGCACTTGAAACAAAGCTCGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130901 AGCAAAAATTGATGAGGAGAGAAAAGCACTTGAAACAAAGCTCGACATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1328 AAGAAGAAGAAAGAAACAAGGCTAGAGCTGAATTAGAGAAACGGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130951 AAGAAGAAGAAAGAAACAAGGCTAGAGCTGAATTAGAGAAACGGGAAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1378 GATCTTCTTAAAGCCCA         ACAAGAGCATCAGTCTTTGCTGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 131001 GATCTTCTTAAAGCCCAGTG...CAGACAAGAGCATCAGTCTTTGCTGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1419 AAAATTATCTGCCCTGGAAAAGAAGGTAATTGTTGGTGGGGTTGACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131439 AAAATTATCTGCCCTGGAAAAGAAGGTAATTGTTGGTGGGGTTGACTTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1469 TGGCCAAAGCTGAGGAACAAGAGAAACTTCTTGAAGAATCTAACATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131489 TGGCCAAAGCTGAGGAACAAGAGAAACTTCTTGAAGAATCTAACATGGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1519 CTGGAAGAAAGGAGGAAAAGAGCAGAGCAACTTCGCAGAGAACTTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131539 CTGGAAGAAAGGAGGAAAAGAGCAGAGCAACTTCGCAGAGAACTTGAGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1569 AAAAGAG         CAAGAACGCTTGGATATTGAAGAAAAATATACCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131589 AAAAGAGGTA...TAGCAAGAACGCTTGGATATTGAAGAAAAATATACCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1610 GTTTGCAAGAGGAAGCACAGGGAAAGACCAAGAAGTTAAAGAAAGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131846 GTTTGCAAGAGGAAGCACAGGGAAAGACCAAGAAGTTAAAGAAAGTTTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1660 ACTATGCTGATGGCTGCAAAGTCAGAG         ATGGCTGATCTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 131896 ACTATGCTGATGGCTGCAAAGTCAGAGGTT...TAGATGGCTGATCTCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 ACAAGAACATCAGAGGGAAATTGAAGGCCTACTGGAGAACATTCGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132282 ACAAGAACATCAGAGGGAAATTGAAGGCCTACTGGAGAACATTCGGCAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 TTAGCCGGGAGCTTCGACTTCAGATGCTTATTATTGATAACTTTATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132332 TTAGCCGGGAGCTTCGACTTCAGATGCTTATTATTGATAACTTTATACCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 CGGGATTATCAG         GAAATGATTGAAAACTATGTCCATTGGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 132382 CGGGATTATCAGGTA...AAGGAAATGATTGAAAACTATGTCCATTGGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 TGAAGACATAGGAGAATGGCAGCTA         AAATGTGTTGCTTATA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 133809 TGAAGACATAGGAGAATGGCAGCTAGTG...GAGAAATGTGTTGCTTATA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 CAGGAAATAACATGAGGAAGCAAACCCCAGTACCTGATAAAAAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134212 CAGGAAATAACATGAGGAAGCAAACCCCAGTACCTGATAAAAAGGAGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 GAT         CCCTTTGAGGTGGACCTTTCTCACGTGTATCTTGCCTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134262 GATGTA...TAGCCCTTTGAGGTGGACCTTTCTCACGTGTATCTTGCCTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 TACTGAGGAGAGTCTGCGTCAGTCTTTGATGAAACTAGAAAGACCACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135223 TACTGAGGAGAGTCTGCGTCAGTCTTTGATGAAACTAGAAAGACCACGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 CTTCAAAGGGGAAAGCAAGGCCAAAGACAGGGAGAAG         AAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 135273 CTTCAAAGGGGAAAGCAAGGCCAAAGACAGGGAGAAGGTA...CAGAAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 CGTTCTGCAAAGCCTGAAACTGTAATTGACTCTTTACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137802 CGTTCTGCAAAGCCTGAAACTGTAATTGACTCTTTACTGCAG