seq1 = pF1KB5212.tfa, 1182 bp
seq2 = pF1KB5212/gi568815578f_58791727.tfa (gi568815578f:58791727_59010826), 219100 bp

>pF1KB5212 1182
>gi568815578f:58791727_59010826 (Chr20)

1-139  (100001-100139)   100% ->
140-212  (103886-103958)   100% ->
213-257  (107215-107259)   100% ->
258-312  (111805-111859)   100% ->
313-432  (111946-112065)   99% ->
433-530  (113657-113754)   100% ->
531-585  (117436-117490)   100% ->
586-659  (117624-117697)   100% ->
660-718  (117795-117853)   100% ->
719-839  (117958-118078)   100% ->
840-970  (118225-118355)   100% ->
971-1038  (118608-118675)   100% ->
1039-1182  (118957-119100)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTGCCTCGGGAACAGTAAGACCGAGGACCAGCGCAACGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTGCCTCGGGAACAGTAAGACCGAGGACCAGCGCAACGAGGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCAGCGTGAGGCCAACAAAAAGATCGAGAAGCAGCTGCAGAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGCAGCGTGAGGCCAACAAAAAGATCGAGAAGCAGCTGCAGAAGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGGTCTACCGGGCCACGCACCGCCTGCTGCTGCTGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100101 AGCAGGTCTACCGGGCCACGCACCGCCTGCTGCTGCTGGGTA...TAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGGAGAATCTGGTAAAAGCACCATTGTGAAGCAGATGAGGATCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103888 GCTGGAGAATCTGGTAAAAGCACCATTGTGAAGCAGATGAGGATCCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTTAATGGGTTTAATGGAGA         GGGCGGCGAAGAGGACCCGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103938 TGTTAATGGGTTTAATGGAGAGTA...AAGGGGCGGCGAAGAGGACCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCTGCAAGGAGCAACAGCGATGG         TGAGAAGGCAACCAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107235 AGGCTGCAAGGAGCAACAGCGATGGGTA...CAGTGAGAAGGCAACCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGCAGGACATCAAAAACAACCTGAAAGAGGCGATTGAA         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111821 GTGCAGGACATCAAAAACAACCTGAAAGAGGCGATTGAAGTA...CAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATTGTGGCCGCCATGAGCAACCTGGTGCCCCCCGTGGAGCTGGCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111948 CATTGTGGCCGCCATGAGCAACCTGGTGCCCCCCGTGGAGCTGGCCAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCGAGAACCAGTTCAGAGTGGACTACATTCTGAGTGTGATGAACGTGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 111998 CCGAGAACCAGTTCAGAGTGGACTACATCCTGAGTGTGATGAACGTGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACTTTGACTTCCCTCCC         GAATTCTATGAGCATGCCAAGGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112048 GACTTTGACTTCCCTCCCGTA...CAGGAATTCTATGAGCATGCCAAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCTGTGGGAGGATGAAGGAGTGCGTGCCTGCTACGAACGCTCCAACGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113680 TCTGTGGGAGGATGAAGGAGTGCGTGCCTGCTACGAACGCTCCAACGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACCAGCTGATTGACTGTGCCCAGTA         CTTCCTGGACAAGATC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113730 ACCAGCTGATTGACTGTGCCCAGTAGTA...CAGCTTCCTGGACAAGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACGTGATCAAGCAGGCTGACTATGTGCCGAGCGATCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 117452 GACGTGATCAAGCAGGCTGACTATGTGCCGAGCGATCAGGTG...CAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CCTGCTTCGCTGCCGTGTCCTGACTTCTGGAATCTTTGAGACCAAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117626 CCTGCTTCGCTGCCGTGTCCTGACTTCTGGAATCTTTGAGACCAAGTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGGTGGACAAAGTCAACTTCCA         CATGTTTGACGTGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117676 AGGTGGACAAAGTCAACTTCCAGTA...CAGCATGTTTGACGTGGGTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CAGCGCGATGAACGCCGCAAGTGGATCCAGTGCTTCAACG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117814 CAGCGCGATGAACGCCGCAAGTGGATCCAGTGCTTCAACGGTA...AAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TGTGACTGCCATCATCTTCGTGGTGGCCAGCAGCAGCTACAACATGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117959 TGTGACTGCCATCATCTTCGTGGTGGCCAGCAGCAGCTACAACATGGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TCCGGGAGGACAACCAGACCAACCGCCTGCAGGAGGCTCTGAACCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118009 TCCGGGAGGACAACCAGACCAACCGCCTGCAGGAGGCTCTGAACCTCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AAGAGCATCTGGAACAACAG         ATGGCTGCGCACCATCTCTGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118059 AAGAGCATCTGGAACAACAGGTT...TAGATGGCTGCGCACCATCTCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GATCCTGTTCCTCAACAAGCAAGATCTGCTCGCTGAGAAAGTCCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118246 GATCCTGTTCCTCAACAAGCAAGATCTGCTCGCTGAGAAAGTCCTTGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GGAAATCGAAGATTGAGGACTACTTTCCAGAATTTGCTCGCTACACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118296 GGAAATCGAAGATTGAGGACTACTTTCCAGAATTTGCTCGCTACACTACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CCTGAGGATG         CTACTCCCGAGCCCGGAGAGGACCCACGCGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 118346 CCTGAGGATGGTG...TAGCTACTCCCGAGCCCGGAGAGGACCCACGCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GACCCGGGCCAAGTACTTCATTCGAGATGAGTTTCTG         AGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 118639 GACCCGGGCCAAGTACTTCATTCGAGATGAGTTTCTGGTG...CAGAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TCAGCACTGCCAGTGGAGATGGGCGTCACTACTGCTACCCTCATTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118961 TCAGCACTGCCAGTGGAGATGGGCGTCACTACTGCTACCCTCATTTCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TGCGCTGTGGACACTGAGAACATCCGCCGTGTGTTCAACGACTGCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119011 TGCGCTGTGGACACTGAGAACATCCGCCGTGTGTTCAACGACTGCCGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CATCATTCAGCGCATGCACCTTCGTCAGTACGAGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119061 CATCATTCAGCGCATGCACCTTCGTCAGTACGAGCTGCTC