seq1 = pF1KB5205.tfa, 1629 bp
seq2 = pF1KB5205/gi568815596f_73139642.tfa (gi568815596f:73139642_73352858), 213217 bp

>pF1KB5205 1629
>gi568815596f:73139642_73352858 (Chr2)

1-160  (99998-100155)   98% ->
161-267  (100796-100902)   100% ->
268-393  (103363-103488)   100% ->
394-446  (104356-104408)   100% ->
447-618  (104903-105074)   100% ->
619-783  (108121-108285)   100% ->
784-972  (109350-109538)   100% ->
973-1070  (110178-110275)   100% ->
1071-1203  (110665-110797)   100% ->
1204-1410  (111585-111791)   99% ->
1411-1629  (112999-113217)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCCCACACCAGTTATCCTATTGAAAGAGGGGACTGATAGCTCCCA
         |-|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 CT A GCCCACACCAGTTATCCTATTGAAAGAGGGGACTGATAGCTCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCATCCCCCAGCTTGTGAGTAACATCAGTGCCTGCCAGGTGATTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 AGGCATCCCCCAGCTTGTGAGTAACATCAGTGCCTGCCAGGTGATTGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCTGTAAGAACTACCCTGGGTCCCCGTGGCATGGACAAGCTTATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100096 AGGCTGTAAGAACTACCCTGGGTCCCCGTGGCATGGACAAGCTTATTGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGGCAGAG         GCAAAGCAACAATTTCTAATGATGGGGCCAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100146 GATGGCAGAGGTA...AAGGCAAAGCAACAATTTCTAATGATGGGGCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATTCTGAAACTTCTTGATGTTGTCCATCCTGCAGCAAAGACTTTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100827 AATTCTGAAACTTCTTGATGTTGTCCATCCTGCAGCAAAGACTTTGGTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACATTGCCAAATCCCAAGATGCTGAG         GTGGGTGATGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100877 ACATTGCCAAATCCCAAGATGCTGAGGTA...CAGGTGGGTGATGGCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCTCAGTGACCTTGCTGGCTGCAGAGTTTCTGAAGCAGGTGAAACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103378 ACCTCAGTGACCTTGCTGGCTGCAGAGTTTCTGAAGCAGGTGAAACCCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTGGAGGAAGGTTTACACCCCCAGATCATCATTCGAGCTTTCCGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103428 TGTGGAGGAAGGTTTACACCCCCAGATCATCATTCGAGCTTTCCGCACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCACCCAGCTG         GCAGTTAACAAGATCAAAGAGATTGCTGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103478 CCACCCAGCTGGTA...CAGGCAGTTAACAAGATCAAAGAGATTGCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCGTGAAGAAGGCAGATAAAGT         GGAGCAGAGGAAGCTGCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104386 ACCGTGAAGAAGGCAGATAAAGTGTA...CAGGGAGCAGAGGAAGCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGAAAAGTGTGCCATGACCGCTCTGAGCTCCAAGCTGATCTCCCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104921 GGAAAAGTGTGCCATGACCGCTCTGAGCTCCAAGCTGATCTCCCAGCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGCTTTCTTTGCTAAGATGGTGGTGGATGCAGTGATGATGCTCGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104971 AAGCTTTCTTTGCTAAGATGGTGGTGGATGCAGTGATGATGCTCGATGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTGCTGCAGCTTAAAATGATTGGAATCAAGAAGGTACAGGGTGGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105021 TTGCTGCAGCTTAAAATGATTGGAATCAAGAAGGTACAGGGTGGAGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGAG         GATTCTCAGCTGGTAGCTGGTGTTGCATTCAAGAAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105071 CGAGGTA...CAGGATTCTCAGCTGGTAGCTGGTGTTGCATTCAAGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTTTCTCTTACGCTGGGTTTGAAATGCAACCCAAAAAGTACCACAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108158 CTTTCTCTTACGCTGGGTTTGAAATGCAACCCAAAAAGTACCACAATCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGATTGCCCTTTTGAATGTCGAGCTCGAGTTGAAAGCTGAGAAAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108208 AAGATTGCCCTTTTGAATGTCGAGCTCGAGTTGAAAGCTGAGAAAGACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGCTGAGATAAGAGTCCACACAGTTGAG         GATTATCAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108258 TGCTGAGATAAGAGTCCACACAGTTGAGGTA...CAGGATTATCAGGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGTTGATGCTGAGTGGAACATTCTCTATGACAAGTTAGAGAAGATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109363 TTGTTGATGCTGAGTGGAACATTCTCTATGACAAGTTAGAGAAGATCCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CATTCTGGAGCCAAAGTTGTCTTGTCCAAACTCCCCATTGGGGATGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109413 CATTCTGGAGCCAAAGTTGTCTTGTCCAAACTCCCCATTGGGGATGTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACCCAGTACTTTGCTGACAGGGACATGTTCTGTGCTGGCCGAGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109463 CACCCAGTACTTTGCTGACAGGGACATGTTCTGTGCTGGCCGAGTACCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGAGGATCTGAAGAGGACAATGATG         GCCTGTGGAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109513 AGGAGGATCTGAAGAGGACAATGATGGTA...TAGGCCTGTGGAGGCTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCCAGACCAGTGTGAATGCTCTGTCAGCAGATGTGCTGGGTCGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110193 ATCCAGACCAGTGTGAATGCTCTGTCAGCAGATGTGCTGGGTCGATGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGTGTTTGAAGAGACCCAGATTGGAGGCGAGAG         GTACAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110243 GGTGTTTGAAGAGACCCAGATTGGAGGCGAGAGGTG...TAGGTACAATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTTTTACTGGCTGCCCCAAGGCCAAGACATGCACCTTCATTCTCCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110673 TTTTTACTGGCTGCCCCAAGGCCAAGACATGCACCTTCATTCTCCGTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGCGCCGAGCAGTTTATGGAGGAGACAGAGCGGTCCCTGCATGATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110723 GGCGCCGAGCAGTTTATGGAGGAGACAGAGCGGTCCCTGCATGATGCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATGATCGTCAGGAGGGCCATCAAG         AATGATTCAGTGGTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110773 CATGATCGTCAGGAGGGCCATCAAGGTA...CAGAATGATTCAGTGGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTGGTGGCGGGGCCATTGAGATGGAACTCTCCAAGTACCTGCGGGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111601 CTGGTGGCGGGGCCATTGAGATGGAACTCTCCAAGTACCTGCGGGATTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCAAGGACTATTCCAGGAAAACAGCAGCTGTTGATTGGGGCTTATGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 111651 TCAAGGACTATTCCAGGAAAACAGCAGCTGTTGATTGGGGCATATGCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGCCTTGGAGATTATCCCACGCCAGCTGTGTGACAATGCTGGCTTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111701 GGCCTTGGAGATTATCCCACGCCAGCTGTGTGACAATGCTGGCTTTGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCACAAACATTCTCAACAAGCTGCGGGCTCGGCATGCCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111751 CCACAAACATTCTCAACAAGCTGCGGGCTCGGCATGCCCAGGTG...TAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGGGGTACATGGTATGGAGTAGACATCAACAACGAGGACATTGCTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112999 GGGGGTACATGGTATGGAGTAGACATCAACAACGAGGACATTGCTGACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CTTTGAAGCTTTCGTGTGGGAGCCAGCTATGGTGCGGATCAATGCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113049 CTTTGAAGCTTTCGTGTGGGAGCCAGCTATGGTGCGGATCAATGCGCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CAGCAGCCTCTGAGGCTGCGTGCCTGATCGTGTCTGTAGATGAAACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113099 CAGCAGCCTCTGAGGCTGCGTGCCTGATCGTGTCTGTAGATGAAACCATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AAGAACCCCCGCTCGACTGTGGATGCTCCCACAGCAGCAGGCCGGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113149 AAGAACCCCCGCTCGACTGTGGATGCTCCCACAGCAGCAGGCCGGGGCCG

   1700     .    :    .
   1611 TGGTCGTGGCCGCCCCCAC
        |||||||||||||||||||
 113199 TGGTCGTGGCCGCCCCCAC