seq1 = pF1KB5192.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KB5192/gi568815575f_48409821.tfa (gi568815575f:48409821_48620473), 210653 bp

>pF1KB5192 1383
>gi568815575f:48409821_48620473 (ChrX)

1-136  (100001-100136)   100% ->
137-329  (101475-101667)   100% ->
330-373  (102072-102115)   100% ->
374-555  (102506-102687)   100% ->
556-686  (102769-102899)   100% ->
687-704  (103015-103032)   100% ->
705-719  (104307-104321)   100% ->
720-845  (104420-104545)   100% ->
846-946  (104705-104805)   100% ->
947-1023  (105897-105973)   100% ->
1024-1087  (106070-106133)   100% ->
1088-1173  (106241-106326)   100% ->
1174-1284  (107363-107473)   100% ->
1285-1383  (110555-110653)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCTTTAGCCGCCAGGAATTTTTCCAGCAGCTACTGCAAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCTTTAGCCGCCAGGAATTTTTCCAGCAGCTACTGCAAGGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCCTGCCTACTGCCCAGCAGGGCCTTGACCAGATCTGGCTGCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTCCTGCCTACTGCCCAGCAGGGCCTTGACCAGATCTGGCTGCTCCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATCTGCCTCGCCTGCCGCCTCCTCTGGAGGCTCG         GGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100101 CCATCTGCCTCGCCTGCCGCCTCCTCTGGAGGCTCGGTA...AAGGGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCATCCTACCTGAAGCATGCAAGCACCGTGGCAGGCGGGTTCTTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101480 CCATCCTACCTGAAGCATGCAAGCACCGTGGCAGGCGGGTTCTTCAGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACCACTTCTTCCAGCTGCACATGGTTTGGGTCGTGCTGCTCAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101530 CTACCACTTCTTCCAGCTGCACATGGTTTGGGTCGTGCTGCTCAGCCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTGCTACCTCGTGCTGTTCCTCTGCCGACATTCCTCCCATCGAGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101580 TGTGCTACCTCGTGCTGTTCCTCTGCCGACATTCCTCCCATCGAGGCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCCTATCCGTCACCATCCTCATCTACCTACTCATGGG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101630 TTCCTATCCGTCACCATCCTCATCTACCTACTCATGGGGTA...CAGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATGCACATGGTAGACACCGTGACATGGCACAAGATGCGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102075 GATGCACATGGTAGACACCGTGACATGGCACAAGATGCGAGGTA...TAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGGCACAGATGATTGTGGCCATGAAGGCAGTGTCTCTGGGCTTCGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102506 GGGCACAGATGATTGTGGCCATGAAGGCAGTGTCTCTGGGCTTCGACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACCGGGGCGAGGTGGGTACGGTGCCCTCGCCAGTGGAGTTCATGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102556 GACCGGGGCGAGGTGGGTACGGTGCCCTCGCCAGTGGAGTTCATGGGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTCTACTTCGTGGGCACCATCGTCTTCGGGCCCTGGATATCCTTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102606 CCTCTACTTCGTGGGCACCATCGTCTTCGGGCCCTGGATATCCTTCCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCTACCTACAAGCTGTCCAAGGCCGCCCACTG         AGCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102656 GCTACCTACAAGCTGTCCAAGGCCGCCCACTGGTG...CAGAGCTGCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGCTGCAGAAGGTGGCCCGGAGCCTGGCACTGGCCCTGCTGTGCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102778 TGGCTGCAGAAGGTGGCCCGGAGCCTGGCACTGGCCCTGCTGTGCCTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGTCCACTTGCGTGGGCCCCTACCTCTTCCCGTACTTCATCCCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102828 GCTGTCCACTTGCGTGGGCCCCTACCTCTTCCCGTACTTCATCCCCCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACGGTGACCGCCTCCTTCGCAA         CAAGAAACGCAAAGCCAG 
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||>
 102878 ACGGTGACCGCCTCCTTCGCAAGTG...CAGCAAGAAACGCAAAGCCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705         GGGCACCATGGTAAG         GTGGCTGCGAGCCTACGA
        >>...>>>|||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103034 TA...TAGGGGCACCATGGTAAGGTG...CAGGTGGCTGCGAGCCTACGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAGTGCTGTCTCCTTCCACTTCAGCAACTATTTTGTGGGCTTTCTTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104438 GAGTGCTGTCTCCTTCCACTTCAGCAACTATTTTGTGGGCTTTCTTTCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGCCACGGCCACGTTGGCGGGGGCTGGCTTTACCGAGGAGAAGGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104488 AGGCCACGGCCACGTTGGCGGGGGCTGGCTTTACCGAGGAGAAGGATCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGGAATG         GGACCTGACGGTGTCCAAGCCACTGAATGTGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104538 CTGGAATGGTG...CAGGGACCTGACGGTGTCCAAGCCACTGAATGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCTGCCTCGGTCAATGGTGGAAGTTGTCACAAGCTGGAACCTGCCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104738 GCTGCCTCGGTCAATGGTGGAAGTTGTCACAAGCTGGAACCTGCCCATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTTATTGGCTAAATAACT         ATGTTTTCAAGAATGCTCTCCGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104788 CTTATTGGCTAAATAACTGTG...CAGATGTTTTCAAGAATGCTCTCCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTGGGGACCTTCTCGGCTGTGCTGGTCACCTATGCAGCCAGCGCCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105920 CTGGGGACCTTCTCGGCTGTGCTGGTCACCTATGCAGCCAGCGCCCTCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACAT         GGCTTCAGTTTCCACCTGGCTGCGGTCCTGCTGTCCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105970 ACATGTG...CAGGGCTTCAGTTTCCACCTGGCTGCGGTCCTGCTGTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGGCTTTTATCACTTACGTGGAGCATG         TCCTCCGGAAGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106107 TGGCTTTTATCACTTACGTGGAGCATGGTG...TAGTCCTCCGGAAGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTGGCTCGGATCCTCAGTGCCTGTGTCTTGTCAAAGCGGTGCCCGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106255 CTGGCTCGGATCCTCAGTGCCTGTGTCTTGTCAAAGCGGTGCCCGCCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CTGTTCGCACCAGCATCGCTTG         GGCCTGGGGGTGCGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106305 CTGTTCGCACCAGCATCGCTTGGTG...CAGGGCCTGGGGGTGCGAGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TAAACTTGCTCTTTGGAGCTCTGGCCATCTTCCACCTGGCCTACCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107382 TAAACTTGCTCTTTGGAGCTCTGGCCATCTTCCACCTGGCCTACCTGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TCCCTGTTTGATGTCGATGTGGATGACACCACAGAGGAGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107432 TCCCTGTTTGATGTCGATGTGGATGACACCACAGAGGAGCAGGTG...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1285  GGCTACGGCATGGCATACACTGTCCACAAGTGGTCAGAGCTCAGCTGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110554 GGGCTACGGCATGGCATACACTGTCCACAAGTGGTCAGAGCTCAGCTGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CCAGTCACTGGGTCACTTTTGGATGCTGGATCTTCTACCGTCTCATAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110604 CCAGTCACTGGGTCACTTTTGGATGCTGGATCTTCTACCGTCTCATAGGC