seq1 = pF1KB5188.tfa, 1266 bp
seq2 = pF1KB5188/gi568815576f_40579446.tfa (gi568815576f:40579446_40781925), 202480 bp

>pF1KB5188 1266
>gi568815576f:40579446_40781925 (Chr22)

1-289  (100001-100289)   99% ->
290-1266  (101504-102480)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGTGGGAGCCATGAAGAAGGGAGTGGGGAGGGCAGTTGGGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGTGGGAGCCATGAAGAAGGGAGTGGGGAGGGCAGTTGGGCTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCGGCAGCGGCTGCCAGGCTACGGAGGAAGACCCCCTTCCCGACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100051 AGGCGGCAGCGGCTGCCAGGCTACGGAGGAAGACCCCCTTCCCAACTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCTTGCGCTCCGGGACAAGGTGGCAGGCGCTGGAGGCTGCCGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCTTGCGCTCCGGGACAAGGTGGCAGGCGCTGGAGGCTGCCGCAGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGTGGGTGGAGGGGAGCTCAGCTCGGTTGTGGGAGCAGGCGACCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGTGGGTGGAGGGGAGCTCAGCTCGGTTGTGGGAGCAGGCGACCGGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGCTGGATGGACCTGGAAGCCTCGCTGCTGCCCACTGGTCCCAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100201 TGGCTGGATGGACCTGGAAGCCTCGCTGCTGCCCACTGGTCCCAACGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAACACCTCTGATGGCCCCGATAACCTCACTTCGGCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100251 GCAACACCTCTGATGGCCCCGATAACCTCACTTCGGCAGGTG...CAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCACCTCCTCGCACGGGGAGCATCTCCTACATCAACATCATCATGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101506 TCACCTCCTCGCACGGGGAGCATCTCCTACATCAACATCATCATGCCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTGTTCGGCACCATCTGCCTCCTGGGCATCATCGGGAACTCCACGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101556 GGTGTTCGGCACCATCTGCCTCCTGGGCATCATCGGGAACTCCACGGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCTTCGCGGTCGTGAAGAAGTCCAAGCTGCACTGGTGCAACAACGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101606 TCTTCGCGGTCGTGAAGAAGTCCAAGCTGCACTGGTGCAACAACGTCCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GACATCTTCATCATCAACCTCTCGGTAGTAGATCTCCTCTTTCTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101656 GACATCTTCATCATCAACCTCTCGGTAGTAGATCTCCTCTTTCTCCTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATGCCCTTCATGATCCACCAGCTCATGGGCAATGGGGTGTGGCACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101706 CATGCCCTTCATGATCCACCAGCTCATGGGCAATGGGGTGTGGCACTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGGAGACCATGTGCACCCTCATCACGGCCATGGATGCCAATAGTCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101756 GGGAGACCATGTGCACCCTCATCACGGCCATGGATGCCAATAGTCAGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACCAGCACCTACATCCTGACCGCCATGGCCATTGACCGCTACCTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101806 ACCAGCACCTACATCCTGACCGCCATGGCCATTGACCGCTACCTGGCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGTCCACCCCATCTCTTCCACGAAGTTCCGGAAGCCCTCTGTGGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101856 TGTCCACCCCATCTCTTCCACGAAGTTCCGGAAGCCCTCTGTGGCCACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGGTGATCTGCCTCCTGTGGGCCCTCTCCTTCATCAGCATCACCCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101906 TGGTGATCTGCCTCCTGTGGGCCCTCTCCTTCATCAGCATCACCCCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGGCTGTATGCCAGACTCATCCCCTTCCCAGGAGGTGCAGTGGGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101956 TGGCTGTATGCCAGACTCATCCCCTTCCCAGGAGGTGCAGTGGGCTGCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATACGCCTGCCCAACCCAGACACTGACCTCTACTGGTTCACCCTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102006 CATACGCCTGCCCAACCCAGACACTGACCTCTACTGGTTCACCCTGTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGTTTTTCCTGGCCTTTGCCCTGCCTTTTGTGGTCATCACAGCCGCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102056 AGTTTTTCCTGGCCTTTGCCCTGCCTTTTGTGGTCATCACAGCCGCATAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTGAGGATCCTGCAGCGCATGACGTCCTCAGTGGCCCCCGCCTCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102106 GTGAGGATCCTGCAGCGCATGACGTCCTCAGTGGCCCCCGCCTCCCAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAGCATCCGGCTGCGGACAAAGAGGGTGACCCGCACAGCCATCGCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102156 CAGCATCCGGCTGCGGACAAAGAGGGTGACCCGCACAGCCATCGCCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GTCTGGTCTTCTTTGTGTGCTGGGCACCCTACTATGTGCTACAGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102206 GTCTGGTCTTCTTTGTGTGCTGGGCACCCTACTATGTGCTACAGCTGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CAGTTGTCCATCAGCCGCCCGACCCTCACCTTTGTCTACTTATACAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102256 CAGTTGTCCATCAGCCGCCCGACCCTCACCTTTGTCTACTTATACAATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGCCATCAGCTTGGGCTATGCCAACAGCTGCCTCAACCCCTTTGTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102306 GGCCATCAGCTTGGGCTATGCCAACAGCTGCCTCAACCCCTTTGTGTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TCGTGCTCTGTGAGACGTTCCGCAAACGCTTGGTCCTGTCGGTGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102356 TCGTGCTCTGTGAGACGTTCCGCAAACGCTTGGTCCTGTCGGTGAAGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GCAGCCCAGGGGCAGCTTCGCGCTGTCAGCAACGCTCAGACGGCTGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102406 GCAGCCCAGGGGCAGCTTCGCGCTGTCAGCAACGCTCAGACGGCTGACGA

   1250     .    :    .    :    .
   1242 GGAGAGGACAGAAAGCAAAGGCACC
        |||||||||||||||||||||||||
 102456 GGAGAGGACAGAAAGCAAAGGCACC