seq1 = pF1KB5184.tfa, 1818 bp
seq2 = pF1KB5184/gi568815575f_54709332.tfa (gi568815575f:54709332_54915679), 206348 bp

>pF1KB5184 1818
>gi568815575f:54709332_54915679 (ChrX)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-537  (100391-100882)   99% ->
538-846  (101490-101798)   99% ->
847-910  (101919-101982)   100% ->
911-990  (102243-102322)   98% ->
991-1085  (102826-102920)   100% ->
1086-1165  (103614-103693)   100% ->
1166-1208  (103787-103829)   100% ->
1209-1271  (104157-104219)   100% ->
1272-1386  (105330-105444)   100% ->
1387-1818  (105917-106348)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGACACAAGCGAGAGTGGTGCAGGTCTAACTCGCTTCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGTCTGACACAAGCGAGAGTGGTGCAGGTCTAACTCGCTTCCAGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GCTGAAGCTTCAGAAAAGGACAGTAGCTCGATGATGCAGACTCTGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGGCTGAAGCTTCAGAAAAGGACAGTAGCTCGATGATGCAGACTCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGACAGTGACCCAGAATGTGGAGGTCCCAGAGACACCGAAGGCCTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100437 TGACAGTGACCCAGAATGTGGAGGTCCCAGAGACACCGAAGGCCTCAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCACTGGAGGTCTCAGAGGATGTGAAGGTCTCAAAAGCCTCTGGGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100487 GCACTGGAGGTCTCAGAGGATGTGAAGGTCTCAAAAGCCTCTGGGGTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGGCCACAGAGGTCTCAAAGACCCCAGAGGCTCGGGAGGCACCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100537 AAAGGCCACAGAGGTCTCAAAGACCCCAGAGGCTCGGGAGGCACCTGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCAGGCCTCGTCTACTACTCAGCTGACTGATACCCAGGTTCTGGCAGCT
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100587 CCCAGGCCTCATCTACTACTCAGCTGACTGATACCCAGGTTCTGGCAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAAACAAGAGTCTAGCAGCTGACACCAAGAAACAGAATGCTGACCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100637 GAAAACAAGAGTCTAGCAGCTGACACCAAGAAACAGAATGCTGACCCGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCTGTGACAATGCCTGCCACTGAGACCAAAAAGGTCAGCCATGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100687 GGCTGTGACAATGCCTGCCACTGAGACCAAAAAGGTCAGCCATGTGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATACGAAGGTCAATACAAAGGCTCAGGAGACTGAGGCTGCACCCTCTCAG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100737 ATACAAAGGTCAATACAAAGGCTCAGGAGACTGAGGCTGCACCCTCTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCCCAGCAGATGAACCTGAGCCTGAGAGTGCAGCTGCCCAGTCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100787 GCCCCAGCAGATGAACCTGAGCCTGAGAGTGCAGCTGCCCAGTCTCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAATCAGGATACTCGGCCCAAGGTCAAAGCCAAGAAAGCCCGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100837 GAATCAGGATACTCGGCCCAAGGTCAAAGCCAAGAAAGCCCGAAAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538      GTGAAGCATCTGGATGGGGAAGAGGATGGCAGCAGTGATCAGAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100887 ..CAGGTGAAGCATCTGGATGGGGAAGAGGATGGCAGCAGTGATCAGAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGGCTTCTGGAACCACAGGTGGCCGAAGGGTCTCAAAGGCTCTAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 101535 CAGGCTTCTGGAACCACAGGTGGCCGAAGGGTCTCAAAGGCCCTAATGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTCAATGGCCCGCAGGGCTTCAAGGGGTCCCATAGCCTTTTGGGCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101585 CTCAATGGCCCGCAGGGCTTCAAGGGGTCCCATAGCCTTTTGGGCCCGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GGGCATCAAGGACTCGGTTGGCTGCTTGGGCCCGGAGAGCCTTGCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101635 GGGCATCAAGGACTCGGTTGGCTGCTTGGGCCCGGAGAGCCTTGCTCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTGAGATCACCTAAAGCCCGTAGGGGCAAGGCTCGCCGTAGAGCTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101685 CTGAGATCACCTAAAGCCCGTAGGGGCAAGGCTCGCCGTAGAGCTGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCTCCAGTCATCCCAAGAGCCTGAAGCACCACCACCTCGGGATGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101735 GCTCCAGTCATCCCAAGAGCCTGAAGCACCACCACCTCGGGATGTGGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTTTGCAAGGGAGG         GCAAATGATTTGGTGAAGTACCTTTTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101785 TTTTGCAAGGGAGGGTA...CAGGCAAATGATTTGGTGAAGTACCTTTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCTAAAGACCAGACGAAGATTCCCATCAAGCGCTCGG         ACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101946 GCTAAAGACCAGACGAAGATTCCCATCAAGCGCTCGGGTA...CAGACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTGAAGGACATCATCAAAGAATACACTGATGTGTACCCCGAAATCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102247 GCTGAAGGACATCATCAAAGAATACACTGATGTGTACCCCGAAATCATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AACGAGCAGGCTATTCTTTGGAGAAG         GTATTTGGGATTCAA
        |||||||||||||||| |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102297 AACGAGCAGGCTATTCCTTGGAGAAGGTG...CAGGTATTTGGGATTCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTGAAGGAAATTGATAAGAATGACCACTTGTACATTCTTCTCAGCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102841 TTGAAGGAAATTGATAAGAATGACCACTTGTACATTCTTCTCAGCACCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGAGCCCACTGATGCAGGCATACTGGGAAC         GACTAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102891 AGAGCCCACTGATGCAGGCATACTGGGAACGTA...TAGGACTAAGGACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CACCCAAGCTGGGTCTGCTCATGGTGCTTCTTAGCATCATCTTCATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103625 CACCCAAGCTGGGTCTGCTCATGGTGCTTCTTAGCATCATCTTCATGAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGAAATCGGTCCAGTGAGG         CTGTCATCTGGGAGGTGCTGCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103675 GGAAATCGGTCCAGTGAGGGTG...CAGCTGTCATCTGGGAGGTGCTGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAAGTTGGGGCTGCGCCCTGG         GATACATCATTCACTCTTTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103809 CAAGTTGGGGCTGCGCCCTGGGTA...CAGGATACATCATTCACTCTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GGGACGTGAAGAAGCTCATCACTGATGAGTTTGTGAAGCAGAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104177 GGGACGTGAAGAAGCTCATCACTGATGAGTTTGTGAAGCAGAAGTA...A

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1272   GTACCTGGACTATGCCAGAGTCCCCAATAGCAATCCCCCTGAATATGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105328 AGGTACCTGGACTATGCCAGAGTCCCCAATAGCAATCCCCCTGAATATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GTTCTTCTGGGGCCTGCGCTCTTACTATGAGACCAGCAAGATGAAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105378 GTTCTTCTGGGGCCTGCGCTCTTACTATGAGACCAGCAAGATGAAAGTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCAAGTTTGCCTGCAAG         GTACAAAAGAAGGATCCCAAGGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105428 TCAAGTTTGCCTGCAAGGTA...CAGGTACAAAAGAAGGATCCCAAGGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TGGGCAGCTCAGTACCGAGAGGCGATGGAAGCAGATTTGAAGGCTGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 105941 TGGGCAGCTCAGTACCGAGAGGCGATGGAAGCGGATTTGAAGGCTGCAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGAGGCTGCAGCTGAAGCCAAGGCTAGGGCCGAGATTAGAGCTCGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105991 TGAGGCTGCAGCTGAAGCCAAGGCTAGGGCCGAGATTAGAGCTCGAATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCATTGGGCTCGGCTCGGAGAATGCTGCCGGGCCCTGCAACTGGGACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106041 GCATTGGGCTCGGCTCGGAGAATGCTGCCGGGCCCTGCAACTGGGACGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GCTGATATCGGACCCTGGGCCAAAGCCCGGATCCAGGCGGGAGCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106091 GCTGATATCGGACCCTGGGCCAAAGCCCGGATCCAGGCGGGAGCAGAAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TAAAGCCAAAGCCCAAGAGAGTGGCAGTGCCAGCACTGGTGCCAGTACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 106141 TAAAGCCAAAGCCCAAGAGAGTGGCAGTGCCAGCACTGGTGCCAGTACCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GTACCAATAACAGTGCCAGTGCCAGTGCCAGCACCAGTGGTGGCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106191 GTACCAATAACAGTGCCAGTGCCAGTGCCAGCACCAGTGGTGGCTTCAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GCTGGTGCCAGCCTGACCGCCACTCTCACATTTGGGCTCTTCGCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106241 GCTGGTGCCAGCCTGACCGCCACTCTCACATTTGGGCTCTTCGCTGGCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TGGTGGAGCTGGTGCCAGCACCAGTGGCAGCTCTGGTGCCTGTGGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106291 TGGTGGAGCTGGTGCCAGCACCAGTGGCAGCTCTGGTGCCTGTGGTTTCT

   1900     .
   1811 CCTACAAG
        ||||||||
 106341 CCTACAAG