seq1 = pF1KB5183.tfa, 1302 bp
seq2 = pF1KB5183/gi568815586f_6815833.tfa (gi568815586f:6815833_7022797), 206965 bp

>pF1KB5183 1302
>gi568815586f:6815833_7022797 (Chr12)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-181  (100585-100680)   100% ->
182-240  (100839-100897)   100% ->
241-310  (101206-101275)   100% ->
311-444  (101749-101882)   100% ->
445-667  (102108-102330)   100% ->
668-865  (103734-103931)   100% ->
866-1067  (105749-105950)   100% ->
1068-1176  (106224-106332)   100% ->
1177-1235  (106512-106570)   100% ->
1236-1302  (106899-106965)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCATAGAGAAGATCTGGGCCCGGGAGATCCTGGACTCCCGCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCATAGAGAAGATCTGGGCCCGGGAGATCCTGGACTCCCGCGGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCACAGTGGAGGTGGATCTCTATACTGCCAAAG         GTCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CCCCACAGTGGAGGTGGATCTCTATACTGCCAAAGGTA...TAGGTCTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCGGGCTGCAGTGCCCAGTGGAGCCTCTACGGGCATCTATGAGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100591 TCCGGGCTGCAGTGCCCAGTGGAGCCTCTACGGGCATCTATGAGGCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCTGAGGGATGGAGACAAACAGCGTTACTTAGGCAAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100641 GAGCTGAGGGATGGAGACAAACAGCGTTACTTAGGCAAAGGTG...CAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTCCTGAAGGCAGTGGACCACATCAACTCCACCATCGCGCCAGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100840 TGTCCTGAAGGCAGTGGACCACATCAACTCCACCATCGCGCCAGCCCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAGCTCA         GGTCTCTCTGTGGTGGAGCAAGAGAAACTGGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100890 TCAGCTCAGTG...CAGGGTCTCTCTGTGGTGGAGCAAGAGAAACTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AACCTGATGCTGGAGTTGGATGGGACTGAGAACAAAT         CCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101239 AACCTGATGCTGGAGTTGGATGGGACTGAGAACAAATGTG...TAGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GTTTGGGGCCAATGCCATCCTGGGTGTGTCTCTGGCCGTGTGTAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101753 GTTTGGGGCCAATGCCATCCTGGGTGTGTCTCTGGCCGTGTGTAAGGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGGCAGCTGAGCGGGAACTGCCCCTGTATCGCCACATTGCTCAGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101803 GGGCAGCTGAGCGGGAACTGCCCCTGTATCGCCACATTGCTCAGCTGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGGAACTCAGACCTCATCCTGCCTGTGCCG         GCCTTCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101853 GGGAACTCAGACCTCATCCTGCCTGTGCCGGTG...CAGGCCTTCAACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GATCAATGGTGGCTCTCATGCTGGCAACAAGCTGGCCATGCAGGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102119 GATCAATGGTGGCTCTCATGCTGGCAACAAGCTGGCCATGCAGGAGTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGATCCTCCCAGTGGGAGCTGAGAGCTTTCGGGATGCCATGCGACTAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102169 TGATCCTCCCAGTGGGAGCTGAGAGCTTTCGGGATGCCATGCGACTAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCAGAGGTCTACCATACACTCAAGGGAGTCATCAAGGACAAATACGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102219 GCAGAGGTCTACCATACACTCAAGGGAGTCATCAAGGACAAATACGGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGATGCCACCAATGTGGGGGATGAAGGTGGCTTTGCCCCCAATATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102269 GGATGCCACCAATGTGGGGGATGAAGGTGGCTTTGCCCCCAATATCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAACAGTGAAG         CCTTGGAGCTGGTGAAGGAAGCCATCGAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102319 AGAACAGTGAAGGTG...CAGCCTTGGAGCTGGTGAAGGAAGCCATCGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGGCTGGCTACACGGAAAAGATCGTTATTGGCATGGATGTTGCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103763 AAGGCTGGCTACACGGAAAAGATCGTTATTGGCATGGATGTTGCTGCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGAGTTTTATCGTGATGGCAAATATGACTTGGACTTCAAGTCTCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103813 AGAGTTTTATCGTGATGGCAAATATGACTTGGACTTCAAGTCTCCCACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATCCTTCCCGATACATCACTGGGGACCAGCTGGGGGCACTCTACCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103863 ATCCTTCCCGATACATCACTGGGGACCAGCTGGGGGCACTCTACCAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTGTCAGGGACTATCCTG         TGGTCTCCATTGAGGACCCATT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103913 TTTGTCAGGGACTATCCTGGTG...CAGTGGTCTCCATTGAGGACCCATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGACCAGGATGATTGGGCTGCCTGGTCCAAGTTCACAGCCAATGTAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105771 TGACCAGGATGATTGGGCTGCCTGGTCCAAGTTCACAGCCAATGTAGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCCAGATTGTGGGTGATGACCTGACAGTGACCAACCCAAAACGTATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105821 TCCAGATTGTGGGTGATGACCTGACAGTGACCAACCCAAAACGTATTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGGGCAGTGGAAGAAAAGGCCTGCAACTGTCTGCTGCTCAAGGTCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105871 CGGGCAGTGGAAGAAAAGGCCTGCAACTGTCTGCTGCTCAAGGTCAACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GATCGGCTCGGTCACTGAAGCCATCCAAGC         GTGCAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105921 GATCGGCTCGGTCACTGAAGCCATCCAAGCGTG...CAGGTGCAAGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCCAGGAGAATGGCTGGGGGGTCATGGTGAGTCATCGCTCAGGAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106235 CCCAGGAGAATGGCTGGGGGGTCATGGTGAGTCATCGCTCAGGAGAGACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGGACACATTCATTGCTGACCTGGTGGTGGGGCTGTGCACAGGCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106285 GAGGACACATTCATTGCTGACCTGGTGGTGGGGCTGTGCACAGGCCAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1177        ATCAAGACTGGTGCCCCGTGCCGTTCTGAACGTCTGGCTAAAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106335 G...CAGATCAAGACTGGTGCCCCGTGCCGTTCTGAACGTCTGGCTAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACAACCAGCTCATGAG         AATTGAGGAAGAGCTGGGGGATGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106555 ACAACCAGCTCATGAGGTG...CAGAATTGAGGAAGAGCTGGGGGATGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCTCGCTTTGCCGGACATAACTTCCGTAATCCCAGTGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106924 GCTCGCTTTGCCGGACATAACTTCCGTAATCCCAGTGTGCTG