seq1 = pF1KB5181.tfa, 1968 bp
seq2 = pF1KB5181/gi568815576f_37508861.tfa (gi568815576f:37508861_37732708), 223848 bp

>pF1KB5181 1968
>gi568815576f:37508861_37732708 (Chr22)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-128  (105330-105414)   100% ->
129-255  (108062-108188)   100% ->
256-354  (109588-109686)   100% ->
355-478  (111378-111501)   100% ->
479-579  (111953-112053)   100% ->
580-660  (112756-112836)   100% ->
661-801  (114467-114607)   100% ->
802-883  (114692-114773)   100% ->
884-991  (116109-116216)   100% ->
992-1144  (116937-117089)   100% ->
1145-1209  (120602-120666)   100% ->
1210-1382  (121138-121310)   100% ->
1383-1579  (122043-122239)   100% ->
1580-1749  (123136-123305)   100% ->
1750-1860  (123545-123655)   100% ->
1861-1968  (123741-123848)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCGCGATGGAGCCGGAGACTCTGGAGGCGCGAATCA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGAGCCCGCGATGGAGCCGGAGACTCTGGAGGCGCGAATCAGTG...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   ATAGAGCCACGAACCCCCTGAACAAGGAGCTCGACTGGGCCAGCATCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105328 AGATAGAGCCACGAACCCCCTGAACAAGGAGCTCGACTGGGCCAGCATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGGCTTCTGCGAGCAGCTCAACGAGGACTTTGAGGG         GCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105378 ACGGCTTCTGCGAGCAGCTCAACGAGGACTTTGAGGGGTA...CAGGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCACTCGCCACCCGGCTGCTGGCCCACAAGATCCAGTCCCCACAGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108066 CCACTCGCCACCCGGCTGCTGGCCCACAAGATCCAGTCCCCACAGGAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAGGCGATCCAGGCCTTGACGGTGAGAAGGGGAGAGGCCACCATCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108116 GGAGGCGATCCAGGCCTTGACGGTGAGAAGGGGAGAGGCCACCATCCGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCCGCCATGTGACGACACCAAG         GTGCTGGAAACATGCATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108166 CCCCGCCATGTGACGACACCAAGGGA...CAGGTGCTGGAAACATGCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGAGCTGCGGCAAGCGGTTCCACGACGAAGTGGGCAAGTTCCGCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109606 AAGAGCTGCGGCAAGCGGTTCCACGACGAAGTGGGCAAGTTCCGCTTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAACGAGCTCATCAAGGTCGTGTCTCCCAAG         TATCTGGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109656 CAACGAGCTCATCAAGGTCGTGTCTCCCAAGGTT...AAGTATCTGGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTCGGACATCGGAGAAGGTGAAGAACAAGATCTTGGAGCTCCTCTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111388 CTCGGACATCGGAGAAGGTGAAGAACAAGATCTTGGAGCTCCTCTACAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGGACAGTGGGCCTGCCCGAGGAGGTGAAAATCGCAGAGGCCTACCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111438 TGGACAGTGGGCCTGCCCGAGGAGGTGAAAATCGCAGAGGCCTACCAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTAAAGAAGCAGG         GGATTGTAAAGTCCGACCCCAAGCTTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111488 GCTAAAGAAGCAGGGTG...CAGGGATTGTAAAGTCCGACCCCAAGCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAGATGACACTACCTTTCCCCTTCCTCCTCCACGGCCGAAGAATGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111980 CAGATGACACTACCTTTCCCCTTCCTCCTCCACGGCCGAAGAATGTGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTTGAAGATGAGGAGAAATCCAAG         ATGCTGGCCCGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112030 TTTGAAGATGAGGAGAAATCCAAGGTG...CAGATGCTGGCCCGCCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAAGAGCTCCCATCCCGAAGACCTCCGCGCAGCCAATAAGCTCATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112773 GAAGAGCTCCCATCCCGAAGACCTCCGCGCAGCCAATAAGCTCATCAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGATGGTGCAGGAG         GACCAGAAGCGGATGGAGAAGATCTCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112823 AGATGGTGCAGGAGGTA...CAGGACCAGAAGCGGATGGAGAAGATCTCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGAGGGTGAATGCCATCGAGGAGGTGAACAACAATGTGAAACTGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114494 AAGAGGGTGAATGCCATCGAGGAGGTGAACAACAATGTGAAACTGCTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAGATGGTGATGAGCCACAGCCAGGGCGGCGCAGCAGCTGGCAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114544 GGAGATGGTGATGAGCCACAGCCAGGGCGGCGCAGCAGCTGGCAGCAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGACCTCATGAAG         GAACTGTACCAGCGCTGTGAGCGGATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 114594 AGGACCTCATGAAGGTG...CAGGAACTGTACCAGCGCTGTGAGCGGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CGGCCCACGCTCTTCCGACTGGCGAGTGACACAGAGGACAATGATGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114719 CGGCCCACGCTCTTCCGACTGGCGAGTGACACAGAGGACAATGATGAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTTAG         CGGAGATCCTGCAGGCCAATGACAACCTCACCCAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114769 CTTAGGTG...CAGCGGAGATCCTGCAGGCCAATGACAACCTCACCCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGATCAACCTGTATAAGCAGCTGGTGCGGGGTGAGGAGGTCAACGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116145 TGATCAACCTGTATAAGCAGCTGGTGCGGGGTGAGGAGGTCAACGGTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCCACAGCCGGCTCCATCCCTG         GGAGCACCTCGGCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 116195 GCCACAGCCGGCTCCATCCCTGGTG...CAGGGAGCACCTCGGCCCTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GGATCTCTCAGGCCTGGATCTCCCGCCTGCGGGCACCACCTACCCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116956 GGATCTCTCAGGCCTGGATCTCCCGCCTGCGGGCACCACCTACCCAGCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGCCCACCCGCCCTGGCGAGCAGGCCAGCCCTGAGCAGCCCAGTGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117006 TGCCCACCCGCCCTGGCGAGCAGGCCAGCCCTGAGCAGCCCAGTGCCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GTTTCCCTGCTTGACGACGAGCTCATGTCTCTGG         GCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117056 GTTTCCCTGCTTGACGACGAGCTCATGTCTCTGGGTG...CAGGCCTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TGACCCCACACCCCCTTCAGGCCCAAGCCTGGATGGTACCGGATGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120609 TGACCCCACACCCCCTTCAGGCCCAAGCCTGGATGGTACCGGATGGAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GCTTCCAG         TCGTCGGATGCCACTGAGCCCCCAGCCCCTGCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120659 GCTTCCAGGTA...CAGTCGTCGGATGCCACTGAGCCCCCAGCCCCTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTGGCCCAGGCCCCCAGTATGGAAAGCCGACCCCCAGCGCAGACATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121171 CTGGCCCAGGCCCCCAGTATGGAAAGCCGACCCCCAGCGCAGACATCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GCCAGCAAGCAGCGGTCTGGACGACCTAGACCTCCTGGGGAAGACCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121221 GCCAGCAAGCAGCGGTCTGGACGACCTAGACCTCCTGGGGAAGACCCTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGCAGCAGTCGCTGCCCCCGGAATCCCAGCAAGTGCGGTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 121271 TGCAGCAGTCGCTGCCCCCGGAATCCCAGCAAGTGCGGTGGTG...AAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GAGAAGCAGCAGCCAACCCCCCGGCTCACACTCCGGGACCTGCAGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122044 GAGAAGCAGCAGCCAACCCCCCGGCTCACACTCCGGGACCTGCAGAATAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GAGCAGCAGCTGCAGCTCCCCCAGCTCCAGCGCCACCAGCCTTCTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122094 GAGCAGCAGCTGCAGCTCCCCCAGCTCCAGCGCCACCAGCCTTCTCCACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CCGTGTCCCCAGAGCCCCCCAGGCCTCCGCAGCAGCCCGTACCAACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122144 CCGTGTCCCCAGAGCCCCCCAGGCCTCCGCAGCAGCCCGTACCAACCGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CTCTCACTGGCCAGCATCACTGTGCCCCTGGAGTCCATCAAACCCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 122194 CTCTCACTGGCCAGCATCACTGTGCCCCTGGAGTCCATCAAACCCAGTG.

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1580      GCAACATCCTGCCCGTGACTGTGTATGACCAGCACGGCTTCCGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122244 ..CAGGCAACATCCTGCCCGTGACTGTGTATGACCAGCACGGCTTCCGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCCTCTTCCATTTTGCCCGGGACCCACTGCCAGGGCGCTCCGACGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123181 TCCTCTTCCATTTTGCCCGGGACCCACTGCCAGGGCGCTCCGACGTGCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GTGGTGGTGGTTTCCATGCTGAGCACCGCCCCCCAGCCCATCCGCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123231 GTGGTGGTGGTTTCCATGCTGAGCACCGCCCCCCAGCCCATCCGCAACAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CGTGTTCCAGTCAGCTGTCCCCAAG         GTTATGAAGGTGAAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 123281 CGTGTTCCAGTCAGCTGTCCCCAAGGTG...CAGGTTATGAAGGTGAAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGCAGCCACCCTCGGGCACGGAGCTGCCAGCTTTTAACCCCATCGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123561 TGCAGCCACCCTCGGGCACGGAGCTGCCAGCTTTTAACCCCATCGTCCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CCCTCAGCAATCACCCAGGTCCTGCTGCTTGCCAACCCCCAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 123611 CCCTCAGCAATCACCCAGGTCCTGCTGCTTGCCAACCCCCAGAAGGTA..

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861     GAGAAGGTTCGCCTCCGCTACAAGCTCACCTTCACCATGGGTGACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123661 .CAGGAGAAGGTTCGCCTCCGCTACAAGCTCACCTTCACCATGGGTGACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 AGACCTACAACGAGATGGGGGATGTGGACCAGTTCCCCCCACCTGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123787 AGACCTACAACGAGATGGGGGATGTGGACCAGTTCCCCCCACCTGAAACC

   2100     .    :
   1957 TGGGGTAGCCTC
        ||||||||||||
 123837 TGGGGTAGCCTC