seq1 = pF1KB5179.tfa, 1185 bp
seq2 = pF1KB5179/gi568815596f_85439288.tfa (gi568815596f:85439288_85643769), 204482 bp

>pF1KB5179 1185
>gi568815596f:85439288_85643769 (Chr2)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-169  (101796-101873)   100% ->
170-292  (101968-102090)   100% ->
293-405  (102346-102458)   100% ->
406-549  (102542-102685)   99% ->
550-768  (102868-103086)   100% ->
769-951  (103278-103460)   100% ->
952-1085  (103614-103747)   100% ->
1086-1185  (104383-104482)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGGACAGCTCAACGGCTTCCACGAGGCGTTCATCGAGGAGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGGACAGCTCAACGGCTTCCACGAGGCGTTCATCGAGGAGGGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTCCTTTTCACCTCAGAGTCGGTCGGGGAAGGCCACCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 ATTCCTTTTCACCTCAGAGTCGGTCGGGGAAGGCCACCCAGGTG...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAAGATTTGTGACCAAATCAGTGATGCTGTCCTTGATGCCCACCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101796 ATAAGATTTGTGACCAAATCAGTGATGCTGTCCTTGATGCCCACCTTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGATCCTGATGCCAAAGTAGCTTGTG         AAACTGTTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101846 CAGGATCCTGATGCCAAAGTAGCTTGTGGTA...TAGAAACTGTTGCTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AACTGGAATGATCCTTCTTGCTGGGGAAATTACATCCAGAGCTGCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101981 AACTGGAATGATCCTTCTTGCTGGGGAAATTACATCCAGAGCTGCTGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTACCAGAAAGTGGTTCGTGAAGCTGTTAAACACATTGGATATGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102031 ACTACCAGAAAGTGGTTCGTGAAGCTGTTAAACACATTGGATATGATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTTCCAAAG         GTTTTGACTACAAGACTTGTAACGTGCTGGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102081 TCTTCCAAAGGTG...TAGGTTTTGACTACAAGACTTGTAACGTGCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCCTTGGAGCAACAGTCACCAGATATTGCTCAAGGTGTTCATCTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102377 AGCCTTGGAGCAACAGTCACCAGATATTGCTCAAGGTGTTCATCTTGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAAATGAAGAAGACATTGGTGCTGGAGACCAG         GGCTTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102427 GAAATGAAGAAGACATTGGTGCTGGAGACCAGGTA...TAGGGCTTAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTGGCTATGCCACCGATGAAACTGAGGAGTGTATGCCTTTAACCATTGT
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102551 TTTGGCTATGCCACTGATGAAACTGAGGAGTGTATGCCTTTAACCATTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTGGCACACAAGCTAAATGCCAAACTGGCAGAACTACGCCGTAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102601 CTTGGCACACAAGCTAAATGCCAAACTGGCAGAACTACGCCGTAATGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTTGCCTTGGTTACGCCCTGATTCTAAAACTCAA         GTTACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102651 CTTTGCCTTGGTTACGCCCTGATTCTAAAACTCAAGTA...AAGGTTACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGCAGTATATGCAGGATCGAGGTGCTGTGCTTCCCATCAGAGTCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102874 GTGCAGTATATGCAGGATCGAGGTGCTGTGCTTCCCATCAGAGTCCACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AATTGTTATATCTGTTCAGCATGATGAAGAGGTTTGTCTTGATGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102924 AATTGTTATATCTGTTCAGCATGATGAAGAGGTTTGTCTTGATGAAATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGGATGCCCTAAAGGAGAAAGTCATCAAAGCAGTTGTGCCTGCGAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102974 GGGATGCCCTAAAGGAGAAAGTCATCAAAGCAGTTGTGCCTGCGAAATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTTGATGAGGATACAATCTACCACCTACAGCCAAGTGGCAGATTTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103024 CTTGATGAGGATACAATCTACCACCTACAGCCAAGTGGCAGATTTGTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGTGGGCCTCAG         GGTGATGCTGGTTTGACTGGACGCAAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103074 TGGTGGGCCTCAGGTA...CAGGGTGATGCTGGTTTGACTGGACGCAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCATTGTGGACACTTATGGCGGTTGGGGTGCTCATGGAGGAGGTGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103306 TCATTGTGGACACTTATGGCGGTTGGGGTGCTCATGGAGGAGGTGCCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCAGGAAAGGATTATACCAAGGTCGACCGTTCAGCTGCTTATGCTGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103356 TCAGGAAAGGATTATACCAAGGTCGACCGTTCAGCTGCTTATGCTGCTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTGGGTGGCAAAATCCCTTGTTAAAGGAGGTCTGTGCCGGAGGGTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103406 TTGGGTGGCAAAATCCCTTGTTAAAGGAGGTCTGTGCCGGAGGGTTCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTCAG         GTCTCTTATGCTATTGGAGTTTCTCATCCATTATCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103456 TTCAGGTA...TAGGTCTCTTATGCTATTGGAGTTTCTCATCCATTATCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCTCCATTTTCCATTATGGTACCTCTCAGAAGAGTGAGAGAGAGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103650 ATCTCCATTTTCCATTATGGTACCTCTCAGAAGAGTGAGAGAGAGCTATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAGATTGTGAAGAAGAATTTCGATCTCCGCCCTGGGGTCATTGTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103700 AGAGATTGTGAAGAAGAATTTCGATCTCCGCCCTGGGGTCATTGTCAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1086        GGATCTGGATCTGAAGAAGCCAATTTATCAGAGGACTGCAGCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103750 A...CAGGGATCTGGATCTGAAGAAGCCAATTTATCAGAGGACTGCAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TATGGCCACTTTGGTAGGGACAGCTTCCCATGGGAAGTGCCCAAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104426 TATGGCCACTTTGGTAGGGACAGCTTCCCATGGGAAGTGCCCAAAAAGCT

   1250     .
   1179 TAAATAT
        |||||||
 104476 TAAATAT