seq1 = pF1KB5177.tfa, 651 bp
seq2 = pF1KB5177/gi568815596f_162247577.tfa (gi568815596f:162247577_162459552), 211976 bp

>pF1KB5177 651
>gi568815596f:162247577_162459552 (Chr2)

1-27  (96673-96699)   100% ->
28-192  (100002-100166)   100% ->
193-262  (104762-104831)   98% ->
263-306  (108862-108905)   100% ->
307-454  (109182-109329)   100% ->
455-568  (111468-111581)   100% ->
569-627  (111918-111976)   100% ->
628-651  (112641-112664)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTACCCGGGATACGGAGGAGGG         TTTGGAAATTTTAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  96673 ATGGCCTACCCGGGATACGGAGGAGGGGTG...TAGTTTGGAAATTTTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CATTCAGGTGCCAGGAATGCAGATGGGACAGCCAGTGCCAGAAACAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 CATTCAGGTGCCAGGAATGCAGATGGGACAGCCAGTGCCAGAAACAGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCTATACTCCTCGATGGATACTCTGGGCCAGCATATTCAGACACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 CAGCTATACTCCTCGATGGATACTCTGGGCCAGCATATTCAGACACTTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCTCAGCTGGTGACTCCGTGTATACTTACTTCAGTGCTGTTGCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100116 TCCTCAGCTGGTGACTCCGTGTATACTTACTTCAGTGCTGTTGCTGGACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 G         GATGGTGAAGTGGATGCTGAAGAACTTCAGAGATGTTTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100166 GGTG...CAGGATGGTGAAGTGGATGCTGAAGAACTTCAGAGATGTTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACAGGCTGGAATTAATGGAACTTACTCTC         CCTTCAGTTTG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104802 CACAGTCTGGAATTAATGGAACTTACTCTCGTG...CAGCCTTCAGTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAACCTGCAGAATTATGATTGCCATGTTGGAT         AGAGATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108873 GAAACCTGCAGAATTATGATTGCCATGTTGGATGTA...CAGAGAGATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CACAGGAAAAATGGGATTTAATGCATTCAAAGAGCTATGGGCAGCTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109190 CACAGGAAAAATGGGATTTAATGCATTCAAAGAGCTATGGGCAGCTCTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGCCTGGAAGGAAAACTTCATGACTGTTGATCAAGATGGAAGTGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109240 ATGCCTGGAAGGAAAACTTCATGACTGTTGATCAAGATGGAAGTGGCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTAGAACATCATGAGTTGCGTCAAGCCATTGGTCTTATGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109290 GTAGAACATCATGAGTTGCGTCAAGCCATTGGTCTTATGGGTA...TAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTATAGGTTGAGTCCTCAAACATTAACTACTATTGTTAAACGTTATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111469 TTATAGGTTGAGTCCTCAAACATTAACTACTATTGTTAAACGTTATAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGAATGGCAGAATTTTCTTTGATGATTATGTTGCTTGCTGTGTGAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111519 AGAATGGCAGAATTTTCTTTGATGATTATGTTGCTTGCTGTGTGAAGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGAGCATTGACAG         ATTTCTTTAGGAAAAGAGACCACTTGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111569 CGAGCATTGACAGGTA...AAGATTTCTTTAGGAAAAGAGACCACTTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACAAGGGTCTGCGAATTTCATATATGACGAT         TTTTTGCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111946 ACAAGGGTCTGCGAATTTCATATATGACGATGTG...TAGTTTTTGCAGG

    700     .    :
    638 GCACTATGGCAATT
        ||||||||||||||
 112651 GCACTATGGCAATT