seq1 = pF1KB5166.tfa, 474 bp
seq2 = pF1KB5166/gi568815587r_33759359.tfa (gi568815587r:33759359_33969386), 210028 bp

>pF1KB5166 474
>gi568815587r:33759359_33969386 (Chr11)

(complement)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-257  (104570-104785)   100% ->
258-474  (109812-110028)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTCGGCCATCGAAAGGAAGAGCCTGGACCCTTCAGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGTCCTCGGCCATCGAAAGGAAGAGCCTGGACCCTTCAGAGTA...CAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGAACCAGTGGATGAGGTGCTGCAGATCCCCCCATCCCTGCTGACATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104570 GGAACCAGTGGATGAGGTGCTGCAGATCCCCCCATCCCTGCTGACATGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGGCTGCCAGCAGAACATTGGGGACCGCTACTTCCTGAAGGCCATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104620 GCGGCTGCCAGCAGAACATTGGGGACCGCTACTTCCTGAAGGCCATCGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGTACTGGCACGAGGACTGCCTGAGCTGCGACCTCTGTGGCTGCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104670 CAGTACTGGCACGAGGACTGCCTGAGCTGCGACCTCTGTGGCTGCCGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGTGAGGTGGGGCGGCGCCTCTACTACAAACTGGGCCGGAAGCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104720 GGGTGAGGTGGGGCGGCGCCTCTACTACAAACTGGGCCGGAAGCTCTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAGAGACTATCTCAG         GCTTTTTGGGCAAGACGGTCTCTGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104770 GGAGAGACTATCTCAGGTA...CAGGCTTTTTGGGCAAGACGGTCTCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCATCCTGTGACAAGCGGATTCGTGCCTATGAGATGACAATGCGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109837 GCATCCTGTGACAAGCGGATTCGTGCCTATGAGATGACAATGCGGGTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGACAAAGTGTATCACCTGGAATGTTTCAAGTGCGCCGCCTGTCAGAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 109887 AGACAAAGTGTATCACCTGGAATGTTTCAAATGCGCCGCCTGTCAGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTTCTGTGTAGGTGACAGATACCTCCTCATCAACTCTGACATAGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109937 ATTTCTGTGTAGGTGACAGATACCTCCTCATCAACTCTGACATAGTGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAACAGGACATCTACGAGTGGACTAAGATCAATGGGATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109987 GAACAGGACATCTACGAGTGGACTAAGATCAATGGGATGATA