seq1 = pF1KB5154.tfa, 1884 bp
seq2 = pF1KB5154/gi568815590f_38005551.tfa (gi568815590f:38005551_38239068), 233518 bp

>pF1KB5154 1884
>gi568815590f:38005551_38239068 (Chr8)

1-188  (100001-100188)   100% ->
189-255  (100828-100894)   100% ->
256-401  (101471-101616)   100% ->
402-490  (104829-104917)   100% ->
491-585  (105189-105283)   100% ->
586-681  (108642-108737)   100% ->
682-777  (109355-109450)   100% ->
778-853  (111100-111175)   100% ->
854-947  (113720-113813)   100% ->
948-1165  (115382-115599)   100% ->
1166-1333  (122741-122908)   99% ->
1334-1527  (123208-123401)   100% ->
1528-1620  (127904-127996)   100% ->
1621-1719  (130118-130216)   100% ->
1720-1779  (133266-133325)   100% ->
1780-1884  (133414-133518)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCAGGAGCAGGACCTGGCCAGGAAGCGGGTGCCGGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCAGGAGCAGGACCTGGCCAGGAAGCGGGTGCCGGGCCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGGAGCGGTCGCAAATGCAACAGGGGCAGAAGAGGGGGAGATGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAGGAGCGGTCGCAAATGCAACAGGGGCAGAAGAGGGGGAGATGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGTGGCAGCGGGAGCAGCCGCTCCTCCTGGAGAGGGGATCTCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGTGGCAGCGGGAGCAGCCGCTCCTCCTGGAGAGGGGATCTCTGCTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGACAGTTGAGCCCAGTTCCGGGGAGGCTGAAGGCGG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100151 CCGACAGTTGAGCCCAGTTCCGGGGAGGCTGAAGGCGGGTA...TAGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCAAACTTGGTCGATGTAAGCGGTGGCTTGGAGACAGAATCATCTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100831 GGCAAACTTGGTCGATGTAAGCGGTGGCTTGGAGACAGAATCATCTAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAAAAGATACACTA         GAAGGTGCTGGGGATACATCAGAGGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100881 GAAAAGATACACTAGTA...CAGGAAGGTGCTGGGGATACATCAGAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGGATACTCAGGCGGGCTCCGTGGATGAAGAGAATGGCCGACAGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 ATGGATACTCAGGCGGGCTCCGTGGATGAAGAGAATGGCCGACAGTTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGGTAGAGCTGCAATGTGGGATTTGTACAAAATGGTTCACGGCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101548 TGAGGTAGAGCTGCAATGTGGGATTTGTACAAAATGGTTCACGGCTGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CATTTGGCATAGATACCTC         ATCCTGTCTACCTTTCATGACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101598 CATTTGGCATAGATACCTCGTG...CAGATCCTGTCTACCTTTCATGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACTACAGTTTTCATTGCAACGTCTGCCATCACAGTGGGAATACCTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104851 AACTACAGTTTTCATTGCAACGTCTGCCATCACAGTGGGAATACCTATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTCCGGAAGCAAGCAA         ACTTGAAGGAAATGTGCCTTAGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104901 CCTCCGGAAGCAAGCAAGTA...TAGACTTGAAGGAAATGTGCCTTAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTTGGCCAACCTGACATGGCAGTCCCGAACACAGGATGAACATCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105213 CTTTGGCCAACCTGACATGGCAGTCCCGAACACAGGATGAACATCCGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAATGTTCTCCAAAGATAAG         GATATTATACCATTTATTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105263 ACAATGTTCTCCAAAGATAAGGTA...TAGGATATTATACCATTTATTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAAATACTGGGAGTGCATGACAACCAGACAGAGACCTGGGAAAATGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108662 TAAATACTGGGAGTGCATGACAACCAGACAGAGACCTGGGAAAATGACTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGCCAAATAACATTGTTAAAACAATG         AGTAAAGAAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108712 GGCCAAATAACATTGTTAAAACAATGGTA...TAGAGTAAAGAAAGAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTATTCTTGGTAAAGGAACACCCAGATCCAGGCAGTAAAGATCCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109370 GTATTCTTGGTAAAGGAACACCCAGATCCAGGCAGTAAAGATCCAGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGATTACCCCAAATTTGGACTTTTGGATCAG         GACCTTAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109420 AGATTACCCCAAATTTGGACTTTTGGATCAGGTA...CAGGACCTTAGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACATTGGTCCTGCTTATGACAACCAAAAACAGAGCAGTGCTGTGTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111110 ACATTGGTCCTGCTTATGACAACCAAAAACAGAGCAGTGCTGTGTCTACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGTGGGAATTTAAATG         GGGGAATTGCAGCAGGAAGCAGCGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111160 AGTGGGAATTTAAATGGTA...AAGGGGGAATTGCAGCAGGAAGCAGCGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAAAGGACGAGGAGCCAAGCGCAAACAGCAGGATGGAGGGACCACAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113745 AAAAGGACGAGGAGCCAAGCGCAAACAGCAGGATGGAGGGACCACAGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCACCAAGAAGGCCCGGAG         TGACCCTTTGTTTTCTGCTCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113795 CCACCAAGAAGGCCCGGAGGTG...CAGTGACCCTTTGTTTTCTGCTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGCCTTCCCCCTCATGGCTACCCATTGGAACACCCGTTTAACAAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115404 CGCCTTCCCCCTCATGGCTACCCATTGGAACACCCGTTTAACAAAGATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTATCGGTATATTCTAGCTGAGCCTGATCCGCACGCCCCTGACCCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115454 CTATCGGTATATTCTAGCTGAGCCTGATCCGCACGCCCCTGACCCCGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCTGGAACTTGACTGCTGGGCAGGAAAACCTATTCCTGGAGACCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115504 AGCTGGAACTTGACTGCTGGGCAGGAAAACCTATTCCTGGAGACCTCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGAGCCTGCTTGTATGAACGGGTTTTGTTAGCCCTACATGATCGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 115554 AGAGCCTGCTTGTATGAACGGGTTTTGTTAGCCCTACATGATCGAGGTA.

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166      CTCCCCAGTTAAAGATCTCAGATGACCGGCTGACTGTGGTTGGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115604 ..CAGCTCCCCAGTTAAAGATCTCAGATGACCGGCTGACTGTGGTTGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGAAGGGCTACTCTATGGTGAGGGCCTCTCATGGAGTACGGAAGGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 122786 AGAAGGGCTACTCTATGGTGAGGGCCTCTCATGGAGTACGGAAAGGTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGGTATTTTGAAATCACTGTGGATGAGATGCCACCAGATACCGCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122836 TGGTATTTTGAAATCACTGTGGATGAGATGCCACCAGATACCGCTGCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACTGGGTTGGTCCCAGCCCCTAG         GAAACCTTCAAGCTCCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 122886 ACTGGGTTGGTCCCAGCCCCTAGGTA...CAGGAAACCTTCAAGCTCCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TAGGTTATGATAAATTTAGCTATTCTTGGCGGAGCAAAAAGGGAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123226 TAGGTTATGATAAATTTAGCTATTCTTGGCGGAGCAAAAAGGGAACCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTCCACCAGTCCATTGGCAAACACTACTCTTCTGGCTATGGACAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123276 TTCCACCAGTCCATTGGCAAACACTACTCTTCTGGCTATGGACAGGGAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CGTCCTGGGATTTTATATTAATCTTCCTGAAGACACAGAGACAGCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123326 CGTCCTGGGATTTTATATTAATCTTCCTGAAGACACAGAGACAGCCAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CATTGCCAGACACATACAAAGATAAG         GCTTTGATAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 123376 CATTGCCAGACACATACAAAGATAAGGTG...AAGGCTTTGATAAAATTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AAGAGTTATTTGTATTTTGAGGAAAAAGACTTTGTGGATAAAGCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127919 AAGAGTTATTTGTATTTTGAGGAAAAAGACTTTGTGGATAAAGCAGAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GAGCCTGAAGCAGACTCCCCATAGTGAG         ATAATATTTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 127969 GAGCCTGAAGCAGACTCCCCATAGTGAGGTG...CAGATAATATTTTATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AAAATGGTGTCAATCAAGGTGTGGCTTACAAAGATATTTTTGAGGGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130131 AAAATGGTGTCAATCAAGGTGTGGCTTACAAAGATATTTTTGAGGGGGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TACTTCCCAGCCATCTCACTGTACAAGAGCTGCACG         GTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 130181 TACTTCCCAGCCATCTCACTGTACAAGAGCTGCACGGTA...CAGGTTTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CATTAACTTTGGACCATGCTTCAAGTATCCTCCGAAGGATCTCACTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133271 CATTAACTTTGGACCATGCTTCAAGTATCCTCCGAAGGATCTCACTTACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GCCCT         ATGAGTGACATGGGCTGGGGCGCCGTGGTAGAGCAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133321 GCCCTGTG...CAGATGAGTGACATGGGCTGGGGCGCCGTGGTAGAGCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ACCCTGGCTGACGTCTTGTATCACGTGGAGACAGAAGTGGATGGGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133450 ACCCTGGCTGACGTCTTGTATCACGTGGAGACAGAAGTGGATGGGAGGCG

   2000     .    :    .
   1866 CAGTCCCCCATGGGAACCC
        |||||||||||||||||||
 133500 CAGTCCCCCATGGGAACCC