seq1 = pF1KB5142.tfa, 1293 bp
seq2 = pF1KB5142/gi568815584f_103235861.tfa (gi568815584f:103235861_103441049), 205189 bp

>pF1KB5142 1293
>gi568815584f:103235861_103441049 (Chr14)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-154  (100176-100257)   100% ->
155-327  (100817-100989)   100% ->
328-439  (101256-101367)   100% ->
440-585  (102467-102612)   100% ->
586-744  (102875-103033)   100% ->
745-906  (103312-103473)   100% ->
907-1071  (103779-103943)   100% ->
1072-1206  (104567-104701)   100% ->
1207-1293  (105103-105189)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGTCAATGTCAACCGCAGCGTGTCAGACCAGTTCTATCGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGTCAATGTCAACCGCAGCGTGTCAGACCAGTTCTATCGCTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGCCCCGTCTGATTGCCAAG         GTTGAGGGCAAAGGCAATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 GATGCCCCGTCTGATTGCCAAGGTA...TAGGTTGAGGGCAAAGGCAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAATCAAGACAGTTATAGTCAACATGGTTGACGTTGCAAAGGCGCTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100195 GAATCAAGACAGTTATAGTCAACATGGTTGACGTTGCAAAGGCGCTTAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGCCTCCAACGT         ATCCCACCAAATATTTTGGTTGTGAGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100245 CGGCCTCCAACGTGTA...TAGATCCCACCAAATATTTTGGTTGTGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGGAGCACAGACCCAGTTTGATGTTAAGAATGACCGTTACATTGTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100845 GGGAGCACAGACCCAGTTTGATGTTAAGAATGACCGTTACATTGTCAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GATCTCATGAGGCGAATAAGCTGCAAGACATGTTGGATGGATTCATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100895 GATCTCATGAGGCGAATAAGCTGCAAGACATGTTGGATGGATTCATTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAATTTGTTCTCTGTCCTGAATGTGAGAATCCTGAAACAGATTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100945 AAATTTGTTCTCTGTCCTGAATGTGAGAATCCTGAAACAGATTTGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328     CATGTCAATCCAAAGAAGCAAACAATAGGTAATTCTTGTAAAGCCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100995 .CAGCATGTCAATCCAAAGAAGCAAACAATAGGTAATTCTTGTAAAGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGGCTATCGAGGCATGCTTGACACACATCATAAACTCTGCACATTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101302 GTGGCTATCGAGGCATGCTTGACACACATCATAAACTCTGCACATTCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCAAAAACCCACCTG         AGAATAGTGACAGTGGTACAGGAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101352 CTCAAAAACCCACCTGGTG...TAGAGAATAGTGACAGTGGTACAGGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAAGAAAAAGAAAAGAAAAACAGAAAGGGCAAAGACAAGGAAAATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102492 GAAAGAAAAAGAAAAGAAAAACAGAAAGGGCAAAGACAAGGAAAATGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCGTATCCAGCAGTGAGACACCACCACCACCACCACCACCAAATGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102542 CCGTATCCAGCAGTGAGACACCACCACCACCACCACCACCAAATGAAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATCCTCCTCCACATACAATG         GAAGAAGAGGAGGATGATGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102592 AATCCTCCTCCACATACAATGGTG...CAGGAAGAAGAGGAGGATGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTGGGGAGAAGATACAACTGAGGAAGCTCAAAGGCGTCGAATGGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102895 CTGGGGAGAAGATACAACTGAGGAAGCTCAAAGGCGTCGAATGGATGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCAGTGACCATGCAAAAGTTCTGACACTCAGTGATGATTTGGAAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102945 TCAGTGACCATGCAAAAGTTCTGACACTCAGTGATGATTTGGAAAGAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTGAGGAGAGGGTCAATATCCTCTTTGATTTTGTTAAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102995 ATTGAGGAGAGGGTCAATATCCTCTTTGATTTTGTTAAGGTA...CAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAAGAAAGAAGAGGGTGTTATTGATTCATCTGACAAAGAAATCGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103314 AAAGAAAGAAGAGGGTGTTATTGATTCATCTGACAAAGAAATCGTTGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGCAGAAAGACTGGATGTAAAAGCCATGGGCCCTCTTGTTCTAACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103364 AAGCAGAAAGACTGGATGTAAAAGCCATGGGCCCTCTTGTTCTAACTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTTCTTTTTAATGAGAAGATTAGAGAACAGATTAAGAAATACAGGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103414 GTTCTTTTTAATGAGAAGATTAGAGAACAGATTAAGAAATACAGGCGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTTCCTACGA         TTTTGTCACAACAACAAAAAAGCCCAACGGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103464 TTTCCTACGAGTA...CAGTTTTGTCACAACAACAAAAAAGCCCAACGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCTTCTTCATGGTTTGGAGTGTGTGGTAGCAATGCATCAAGCTCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103810 ACCTTCTTCATGGTTTGGAGTGTGTGGTAGCAATGCATCAAGCTCAGCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCTCCAAGATTCCACATATCTTGAAGGAGATGTACGATGCAGACCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103860 ATCTCCAAGATTCCACATATCTTGAAGGAGATGTACGATGCAGACCTTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAAGAAGAGGTCATCATCAGCTGGTCGGAAAAG         GCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103910 AGAAGAAGAGGTCATCATCAGCTGGTCGGAAAAGGTG...TAGGCCTCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGAAATATGTCTCCAAAGAACTTGCCAAAGAGATTCGTGTCAAAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104574 AGAAATATGTCTCCAAAGAACTTGCCAAAGAGATTCGTGTCAAAGCAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCATTTATAAAATGGTTGAAGGAGGCAGAGGAAGAATCTTCTGGTGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104624 CCATTTATAAAATGGTTGAAGGAGGCAGAGGAAGAATCTTCTGGTGGCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAAGAAGATGAAGATGAGAACATTGAG         GTGGTGTATTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104674 AGAAGAAGATGAAGATGAGAACATTGAGGTA...CAGGTGGTGTATTCGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGGCTGCCAGTGTACCGAAAGTTGAGACTGTAAAGTCAGACAACAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105116 AGGCTGCCAGTGTACCGAAAGTTGAGACTGTAAAGTCAGACAACAAGGAT

   1350     .    :    .    :
   1270 GACGACATCGATATTGATGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||
 105166 GACGACATCGATATTGATGCCATT