seq1 = pF1KB5141.tfa, 1569 bp
seq2 = pF1KB5141/gi568815582f_46784716.tfa (gi568815582f:46784716_47028994), 244279 bp

>pF1KB5141 1569
>gi568815582f:46784716_47028994 (Chr16)

1-243  (100001-100243)   100% ->
244-333  (112933-113022)   100% ->
334-442  (115967-116075)   100% ->
443-576  (122127-122260)   100% ->
577-820  (124969-125212)   99% ->
821-900  (131913-131992)   100% ->
901-1037  (133906-134042)   100% ->
1038-1212  (137527-137701)   100% ->
1213-1368  (139674-139829)   100% ->
1369-1481  (142210-142322)   100% ->
1482-1569  (144192-144279)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCGGGCGGCGGCGCTGGTCCGGCGGGGCTGTGGTCCCCGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCGGGCGGCGGCGCTGGTCCGGCGGGGCTGTGGTCCCCGGACCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTCCTGGGGCCGCAGCCAGAGCAGCGCGGCCGCCGAGGCCTCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCTCCTGGGGCCGCAGCCAGAGCAGCGCGGCCGCCGAGGCCTCGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTCAAGGTGCGGCCCGAGCGCAGCCGGCGCGAGCGCATCCTCACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTCAAGGTGCGGCCCGAGCGCAGCCGGCGCGAGCGCATCCTCACGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGTCCATGAACCCGCAGGTGAAGGCGGTGGAGTACGCCGTGCGGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGTCCATGAACCCGCAGGTGAAGGCGGTGGAGTACGCCGTGCGGGGACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCGTGCTCAAGGCCGGCGAGATCGAGCTCGAGCTGCAGCGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100201 CATCGTGCTCAAGGCCGGCGAGATCGAGCTCGAGCTGCAGCGGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    244   GGTATCAAAAAGCCATTCACAGAGGTCATCCGAGCCAACATCGGGGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112931 AGGGTATCAAAAAGCCATTCACAGAGGTCATCCGAGCCAACATCGGGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCCAGGCTATGGGGCAGCAGCCAATCACCTTCCTCCGGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112981 GCCCAGGCTATGGGGCAGCAGCCAATCACCTTCCTCCGGCAGGTG...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334  GTGATGGCACTATGCACCTACCCAAACCTGCTGGACAGCCCCAGCTTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115966 GGTGATGGCACTATGCACCTACCCAAACCTGCTGGACAGCCCCAGCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAAGATGCTAAGAAACGTGCCCGGCGGATCCTGCAGGCTTGTGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116016 CAGAAGATGCTAAGAAACGTGCCCGGCGGATCCTGCAGGCTTGTGGCGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACAGCCTGG         GGTCCTACAGTGCTAGCCAGGGTGTCAACTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 116066 AACAGCCTGGGTG...CAGGGTCCTACAGTGCTAGCCAGGGTGTCAACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCCGTGAAGATGTGGCTGCCTACATCACCAGGAGGGATGGCGGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122158 CATCCGTGAAGATGTGGCTGCCTACATCACCAGGAGGGATGGCGGTGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGCGGACCCCGACAACATCTACCTGACCACGGGAGCTAGTGACGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122208 CTGCGGACCCCGACAACATCTACCTGACCACGGGAGCTAGTGACGGCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCT         ACGATCCTGAAGATCCTCGTCTCCGGGGGCGGCAAGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122258 TCTGTA...CAGACGATCCTGAAGATCCTCGTCTCCGGGGGCGGCAAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACGGACAGGTGTGATGATCCCCATCCCACAATACCCCCTCTATTCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 125007 ACGGACAGGTGTGATGATCCCCATCCCACAATATCCCCTCTATTCAGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCATCTCTGAGCTCGACGCCATCCAGGTGAATTACTACCTGGACGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125057 TCATCTCTGAGCTCGACGCCATCCAGGTGAATTACTACCTGGACGAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACTGCTGGGCGCTGAATGTGAATGAGCTCCGGCGGGCGGTGCAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125107 AACTGCTGGGCGCTGAATGTGAATGAGCTCCGGCGGGCGGTGCAGGAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAAAGACCACTGTGATCCTAAGGTGCTCTGCATAATCAACCCTGGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125157 CAAAGACCACTGTGATCCTAAGGTGCTCTGCATAATCAACCCTGGGAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCACAG         GCCAGGTACAAAGCAGAAAGTGCATAGAAGATGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125207 CCACAGGTC...TAGGCCAGGTACAAAGCAGAAAGTGCATAGAAGATGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATCCACTTTGCCTGGGAAGAGAAGCTCTTTCTCCTGGCTGATGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 131948 ATCCACTTTGCCTGGGAAGAGAAGCTCTTTCTCCTGGCTGATGAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901     GTGTACCAGGACAACGTGTACTCTCCAGATTGCAGATTCCACTCCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131998 .CAGGTGTACCAGGACAACGTGTACTCTCCAGATTGCAGATTCCACTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCAAGAAGGTGCTGTACGAGATGGGGCCCGAGTACTCCAGCAACGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133952 TCAAGAAGGTGCTGTACGAGATGGGGCCCGAGTACTCCAGCAACGTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTCGCCTCCTTCCACTCCACCTCCAAGGGCTACATGGGCGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 134002 CTCGCCTCCTTCCACTCCACCTCCAAGGGCTACATGGGCGAGTA...CAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GTGTGGTTACAGAGGAGGCTACATGGAGGTGATCAACCTGCACCCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137527 GTGTGGTTACAGAGGAGGCTACATGGAGGTGATCAACCTGCACCCTGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCAAGGGCCAGCTGGTGAAGCTGCTGTCGGTGCGCCTGTGCCCCCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137577 TCAAGGGCCAGCTGGTGAAGCTGCTGTCGGTGCGCCTGTGCCCCCCAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCTGGGCAGGCCGCCATGGACATTGTCGTGAACCCCCCGGTGGCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137627 TCTGGGCAGGCCGCCATGGACATTGTCGTGAACCCCCCGGTGGCAGGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGAGTCCTTTGAGCAATTCAGCCGA         GAGAAGGAGTCGGTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 137677 GGAGTCCTTTGAGCAATTCAGCCGAGTG...CAGGAGAAGGAGTCGGTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGGGTAATCTGGCCAAAAAAGCAAAGCTGACGGAAGACCTGTTTAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139690 TGGGTAATCTGGCCAAAAAAGCAAAGCTGACGGAAGACCTGTTTAACCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTCCCAGGAATTCACTGCAACCCCTTGCAGGGGGCCATGTACGCCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139740 GTCCCAGGAATTCACTGCAACCCCTTGCAGGGGGCCATGTACGCCTTCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TCGGATCTTCATTCCTGCCAAAGCTGTGGAGGCTGCTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 139790 TCGGATCTTCATTCCTGCCAAAGCTGTGGAGGCTGCTCAGGTC...TAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCCATCAAATGGCTCCAGACATGTTCTACTGCATGAAGCTCCTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142211 CCCATCAAATGGCTCCAGACATGTTCTACTGCATGAAGCTCCTGGAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACTGGCATCTGTGTCGTGCCCGGCAGTGGCTTTGGGCAGAGGGAAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142261 ACTGGCATCTGTGTCGTGCCCGGCAGTGGCTTTGGGCAGAGGGAAGGCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TTACCACTTCAG         GATGACTATCCTCCCTCCAGTGGAGAAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 142311 TTACCACTTCAGGTA...CAGGATGACTATCCTCCCTCCAGTGGAGAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TGAAAACGGTGCTGCAGAAGGTGAAAGACTTCCACATCAACTTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144221 TGAAAACGGTGCTGCAGAAGGTGAAAGACTTCCACATCAACTTCCTGGAG

   1650     .
   1561 AAGTACGCG
        |||||||||
 144271 AAGTACGCG